141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0838 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0815  cytochrome o ubiquinol oxidase, protein CyoD  100 
 
 
110 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.777876  normal  0.286762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0838  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  100 
 
 
110 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0852  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  99.09 
 
 
110 aa  219  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4373  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  92.73 
 
 
110 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4645  cytochrome C oxidase subunit IV  66.67 
 
 
111 aa  147  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0687902  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1144  cytochrome C oxidase subunit IV  63.3 
 
 
110 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.534452  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1328  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV  61.47 
 
 
110 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3076  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  54.13 
 
 
110 aa  114  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.137735  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1087  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.54 
 
 
112 aa  113  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000016211  hitchhiker  0.00000345803 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3101  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.09 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.794205  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3063  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.09 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0288718  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3244  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.09 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0957  cytochrome C oxidase subunit IV  48.15 
 
 
111 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0221  cytochrome C oxidase subunit IV  52.43 
 
 
109 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2885  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.07 
 
 
110 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0653  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  48.65 
 
 
113 aa  107  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1040  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.27 
 
 
110 aa  107  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0716905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00380  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00204944  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3180  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0010287  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0513  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.100063  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0985  cytochrome C oxidase subunit IV  54.64 
 
 
116 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00384  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00359073  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3272  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.27 
 
 
110 aa  107  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0504  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0464  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0363486  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3204  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.696195  hitchhiker  0.0000689246 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0469  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.20834  normal  0.536254 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00006  cytOchrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.45 
 
 
111 aa  107  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0351  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
109 aa  105  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3792  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  48.08 
 
 
110 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0738  cytochrome O ubiquinol oxidase subunit IV  53.76 
 
 
113 aa  105  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.696429  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4221  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50 
 
 
113 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0896  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.71 
 
 
108 aa  104  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0268918  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1292  cytochrome C oxidase subunit IV  50.46 
 
 
112 aa  102  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000269538  hitchhiker  0.00373128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4034  cytochrome C oxidase subunit IV  48.08 
 
 
113 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0487  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.17 
 
 
109 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.180792  hitchhiker  0.00474421 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0479  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.17 
 
 
109 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.042541  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0498  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.17 
 
 
109 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.785767 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3861  cytochrome C oxidase subunit IV  50.49 
 
 
113 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.109268  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0542  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.17 
 
 
109 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0395228  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0481  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  47.17 
 
 
109 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142176  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0045  ubiquinol oxidase subunit IV  43.52 
 
 
121 aa  101  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1634  CyoD  44.55 
 
 
110 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0123557  normal  0.142512 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0045  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.52 
 
 
121 aa  101  4e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488235  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4353  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.04 
 
 
113 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4149  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.04 
 
 
113 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1293  cytochrome C oxidase subunit IV  53.33 
 
 
105 aa  99.8  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3826  cytochrome C oxidase subunit IV  48.08 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0869814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0369  cytochrome C oxidase subunit IV  49.48 
 
 
108 aa  99.8  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0051  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  41.82 
 
 
122 aa  99.4  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0119042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1212  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.64 
 
 
110 aa  98.6  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.435881 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3971  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  44.66 
 
 
114 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.878418  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1785  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.73 
 
 
110 aa  98.6  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0951  cytochrome c oxidase subunit IV  47.62 
 
 
116 aa  98.2  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.421532  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0430  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  52.81 
 
 
111 aa  98.6  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5373  cytochrome C oxidase subunit IV  42.73 
 
 
110 aa  97.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3917  cytochrome C oxidase subunit IV  52.87 
 
 
113 aa  97.8  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03909  cytochrome o ubiquinol oxidase protein (Ubiquinol oxidase chain D)  46.6 
 
 
123 aa  97.1  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2914  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit IV  43.93 
 
 
121 aa  96.7  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.561242 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0600  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0197  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2836  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0990  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.429446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1372  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2414  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.576225  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1569  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2876  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75136  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2717  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.187776  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2713  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2775  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.214236  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2569  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0228  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1726  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.668264  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3160  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  48.94 
 
 
122 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000234388 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0482  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  96.3  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2811  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  48.94 
 
 
122 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.710086 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6009  cytochrome C oxidase subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103399  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2068  cytochrome C oxidase subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2087  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47160  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  57.58 
 
 
111 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.197452  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4070  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  57.58 
 
 
111 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.717625  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5012  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  41.82 
 
 
110 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937774  normal  0.0602721 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1143  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.05 
 
 
113 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245205  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0092  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  46.46 
 
 
107 aa  92.8  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.441229  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1974  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.64 
 
 
110 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2104  cytochrome C oxidase subunit IV  43.64 
 
 
110 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4049  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42.2 
 
 
129 aa  90.9  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.164785  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1505  cytochrome C oxidase subunit IV  41.96 
 
 
128 aa  90.5  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.104323  normal  0.347157 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5790  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  38.89 
 
 
121 aa  90.5  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.07815 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5827  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42 
 
 
125 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.652974 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1741  cytochrome ubiquinol oxidase subunit IV  41.44 
 
 
127 aa  88.6  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.148517  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0598  cytochrome C oxidase subunit IV  44.76 
 
 
130 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3454  cytochrome C oxidase subunit IV  47.31 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1734  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.45 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7138  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  38.94 
 
 
133 aa  86.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.574714  normal  0.600348 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3646  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  39.09 
 
 
113 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0239  cytochrome C oxidase subunit IV  43.81 
 
 
130 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6213  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  44.44 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261979  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5988  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  38.05 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5732  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.45 
 
 
140 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  hitchhiker  0.00723652 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>