53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3923 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3923  Hpt protein  100 
 
 		 115 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4362  Hpt protein  92.86 
 
 		 112 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.397774 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1505  Hpt protein  92.86 
 
 		 112 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181753  normal  0.0676696 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3687  Hpt protein  73.21 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.556263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1543  Hpt domain-containing protein  50.45 
 
 		 115 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.964594  normal  0.816916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1965  Hpt domain protein  50 
 
 		 118 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.097827  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3450  hypothetical protein  45.54 
 
 		 118 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2818  Hpt protein  48.25 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0345931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1785  hypothetical protein  49.12 
 
 		 116 aa  93.2  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20800  histidine phosphotransfer domain-containing protein  49.12 
 
 		 116 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34350  histidine-containing phosphotransfer protein  46.36 
 
 		 115 aa  84  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223554  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1990  Hpt protein  38.24 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2193  Hpt protein  36.73 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 		 1692 aa  54.7  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 		 1499 aa  53.5  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0165  Hpt domain-containing protein  33.03 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 		 936 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 738 aa  51.6  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1820 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 1020 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3215  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 1030 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1213  Hpt domain-containing protein  31.91 
 
 		 128 aa  50.4  0.000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.765008 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1152  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 1025 aa  50.1  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 1118 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3215  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 1020 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 		 705 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.74 
 
 		 818 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 		 1240 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 977 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  36.73 
 
 		 968 aa  48.9  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 818 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3860  Hpt protein  32.08 
 
 		 119 aa  47.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0951737 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 		 1369 aa  46.2  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  33.98 
 
 		 793 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2022  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 		 1258 aa  46.6  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  27.43 
 
 		 727 aa  46.2  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  45 
 
 		 1433 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.84 
 
 		 1202 aa  45.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 1069 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 		 965 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 781 aa  44.3  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  30.23 
 
 		 751 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0985  Hpt domain-containing protein  34.09 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2178  hypothetical protein  30.38 
 
 		 113 aa  43.5  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.162847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0943  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 1384 aa  43.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.292303  normal  0.468485 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 		 929 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3509  two-component system sensor  41.25 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 		 1550 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 		 1305 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1723  response regulator receiver and Hpt phospho transfer protein  32.69 
 
 		 285 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4411  Hpt domain-containing protein  30 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.337185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  30.38 
 
 		 1574 aa  40.8  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2648  Hpt protein  34.67 
 
 		 116 aa  40.8  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.1707  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>