More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0212 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0212  NADH dehydrogenase I chain J  100 
 
 
171 aa  333  5e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0165  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  48.15 
 
 
161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3433  NADH dehydrogenase I, J subunit  46.01 
 
 
163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.757359  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1939  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  47.93 
 
 
172 aa  128  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.507112 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0322  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  50.62 
 
 
161 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0153  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  45.24 
 
 
160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0171  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  45.12 
 
 
160 aa  122  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.619928  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3300  NADH dehydrogenase subunit J  39.13 
 
 
186 aa  107  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.792245  normal  0.731039 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1500  NADH dehydrogenase subunit J  40.7 
 
 
186 aa  106  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2764  NADH dehydrogenase subunit J  40.7 
 
 
186 aa  106  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.148334  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2666  NADH dehydrogenase subunit J  40.35 
 
 
184 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02205  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1377  NADH dehydrogenase (quinone)  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0544601  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3419  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02165  hypothetical protein  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2656  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1372  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780748  normal  0.259355 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2504  NADH dehydrogenase subunit J  40.35 
 
 
184 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2434  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2459  NADH dehydrogenase subunit J  40.35 
 
 
184 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2429  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2559  NADH dehydrogenase subunit J  40.35 
 
 
184 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0464102  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2573  NADH dehydrogenase subunit J  39.31 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2548  NADH dehydrogenase subunit J  40.35 
 
 
184 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1402  NADH dehydrogenase (quinone)  42.59 
 
 
183 aa  104  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.363648  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2824  NADH dehydrogenase subunit J  39.77 
 
 
184 aa  104  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0975508  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3817  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  35.76 
 
 
172 aa  102  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.214735  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2823  NADH dehydrogenase subunit J  36.26 
 
 
203 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.869313  normal  0.0684756 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1462  NADH dehydrogenase subunit J  36.93 
 
 
181 aa  101  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1568  NADH dehydrogenase subunit J  36.93 
 
 
181 aa  101  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.788173  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1808  NADH dehydrogenase subunit J  36.93 
 
 
181 aa  101  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.544246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2542  NADH dehydrogenase (quinone)  39.31 
 
 
181 aa  100  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1112  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  43.21 
 
 
166 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.121165  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1119  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  41.82 
 
 
167 aa  98.2  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.693883  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3215  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  40.22 
 
 
174 aa  95.9  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2157  NADH dehydrogenase subunit J  35.75 
 
 
216 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2278  NADH dehydrogenase subunit J  35.75 
 
 
216 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.425688  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5568  NADH dehydrogenase subunit J  35.75 
 
 
216 aa  94.4  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.152827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1628  NADH dehydrogenase subunit J  35.75 
 
 
216 aa  94.4  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2264  NADH dehydrogenase subunit J  35.75 
 
 
216 aa  94.4  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95038  normal  0.114346 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2240  NADH dehydrogenase subunit J  35.75 
 
 
216 aa  94.4  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.204099  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1882  NADH dehydrogenase subunit J  36.11 
 
 
210 aa  94.4  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.633846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2205  NADH dehydrogenase subunit J  36.11 
 
 
210 aa  94.4  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4127  NADH dehydrogenase subunit J  43.12 
 
 
166 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1738  NADH dehydrogenase subunit J  43.12 
 
 
166 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188353  normal  0.147019 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2000  NADH dehydrogenase subunit J  36.26 
 
 
222 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.232284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3699  NADH dehydrogenase subunit J  42.5 
 
 
166 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.437346  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1865  NADH dehydrogenase subunit J  41.88 
 
 
166 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1756  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  37.36 
 
 
203 aa  92.8  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28520  NADH dehydrogenase subunit J  41.46 
 
 
166 aa  92.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334326  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3205  NADH dehydrogenase subunit J  33.7 
 
 
229 aa  92  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00105562  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1751  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  39.52 
 
 
201 aa  91.3  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1013  NADH dehydrogenase subunit J  38.55 
 
 
183 aa  91.3  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1351  NADH dehydrogenase I, J subunit  39.41 
 
 
164 aa  90.1  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3205  NADH dehydrogenase subunit J  39.16 
 
 
169 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0415591  normal  0.16673 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2052  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  39.18 
 
 
212 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.432383  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3247  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.84 
 
 
217 aa  89  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.968108  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0592  NADH dehydrogenase I, J subunit  36.42 
 
 
239 aa  88.6  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0829267  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1691  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  36.21 
 
 
234 aa  88.6  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1272  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  36.31 
 
 
222 aa  88.6  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.48558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3373  NADH dehydrogenase I, J subunit  39.52 
 
 
169 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3611  NADH dehydrogenase subunit J  39.63 
 
 
166 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4079  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  35.37 
 
 
172 aa  88.2  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.965894  normal  0.0565222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2561  NADH dehydrogenase subunit J  38.65 
 
 
166 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4001  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  35.03 
 
 
167 aa  88.2  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.34885e-17 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4235  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.8 
 
 
168 aa  88.2  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000857433  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3124  NADH dehydrogenase (quinone)  48.23 
 
 
203 aa  88.2  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1037  NADH dehydrogenase subunit J  35.39 
 
 
216 aa  88.2  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.307574  normal  0.37068 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29900  NADH dehydrogenase subunit J  38.65 
 
 
166 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.242692  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0881  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  36.31 
 
 
221 aa  87.8  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0936  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
225 aa  87.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0874597  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3917  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  33.33 
 
 
167 aa  87.8  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1070  NADH dehydrogenase subunit J  33.33 
 
 
218 aa  87.4  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0581  NADH dehydrogenase (quinone)  36.42 
 
 
247 aa  87.4  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0846324  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2053  NADH dehydrogenase subunit J  34.27 
 
 
210 aa  86.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.151289 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1433  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.23 
 
 
215 aa  87  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.469547  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0970  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
240 aa  87  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209513  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1151  NADH dehydrogenase I chain J  38.86 
 
 
211 aa  86.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2804  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  36.87 
 
 
223 aa  86.7  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.606138  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1820  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1444  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0728  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.51537  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3217  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  34.83 
 
 
204 aa  86.7  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1308  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1139  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.352541  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1021  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  40.56 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1100  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.2 
 
 
201 aa  86.3  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1190  NADH dehydrogenase subunit J  35.96 
 
 
205 aa  86.7  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.52315  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1299  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.949255  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0422  NADH dehydrogenase subunit J  34.44 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3129  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  33.33 
 
 
170 aa  85.5  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0966  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.2 
 
 
222 aa  85.1  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0759428 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1292  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  39.02 
 
 
169 aa  85.1  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3626  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.29 
 
 
196 aa  85.1  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0734484 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2868  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  32.46 
 
 
205 aa  84.7  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.363352  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1270  NADH dehydrogenase subunit J  33.52 
 
 
204 aa  84.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0752785  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0347  NADH dehydrogenase I, J subunit  35.84 
 
 
167 aa  84.3  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1502  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6  35.23 
 
 
219 aa  84.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00317987  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3630  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6  40.61 
 
 
166 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1031  NADH dehydrogenase subunit J  32.96 
 
 
206 aa  83.2  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.37217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>