44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2897 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2897  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  785    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.559953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2701  hypothetical protein  82.23 
 
 		 380 aa  655    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0359673 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2342  hypothetical protein  60.27 
 
 		 380 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0301397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1193  hypothetical protein  62.75 
 
 		 397 aa  454  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.735987 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5612  glycosyl transferase group 1  51.7 
 
 		 763 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.48049  normal  0.331243 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5687  glycosyl transferase group 1  53.3 
 
 		 765 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0086  beta-glucosidase/6-phospho-beta- glucosidase/beta-galactosidase  55.1 
 
 		 392 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.183317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1304  beta-glucosidase/6-phospho-beta-glucosidase/ beta -galactosidase  49.6 
 
 		 381 aa  370  1e-101  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.718248 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3624  hypothetical protein  40.61 
 
 		 383 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.183604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2150  amine oxidase  39.24 
 
 		 1293 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017557  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0222  amine oxidase  39.22 
 
 		 402 aa  242  9e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0751337  normal  0.686886 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20600  glycoside hydrolase family 1  23.48 
 
 		 424 aa  93.6  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5470  glycoside hydrolase family 1  26.57 
 
 		 446 aa  92.8  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3623  glycoside hydrolase family protein  26.88 
 
 		 431 aa  85.5  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.635142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4161  glycoside hydrolase family 1  30.49 
 
 		 451 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.167873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2008  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.43 
 
 		 723 aa  66.2  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03060  beta-glucosidase/6-phospho-beta- glucosidase/beta-galactosidase  25.3 
 
 		 433 aa  62.8  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6082  glycoside hydrolase family 1  25.92 
 
 		 436 aa  56.6  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1316  Beta-glucosidase  22.22 
 
 		 443 aa  54.3  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2019  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.96 
 
 		 738 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.240233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2607  Beta-glucosidase  22.13 
 
 		 443 aa  52.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.776876  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0462  Beta-glucosidase  21.09 
 
 		 418 aa  52.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.626526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1183  Beta-glucosidase  22.22 
 
 		 451 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0012185  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4111  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.22 
 
 		 730 aa  51.2  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1428  glycoside hydrolase family protein  20.79 
 
 		 442 aa  50.8  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.574986  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3174  beta-galactosidase  21.96 
 
 		 451 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00114145  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1216  beta-glucosidase  21.22 
 
 		 451 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.282879  normal  0.209165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1131  Beta-glucosidase  21.54 
 
 		 451 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.563632  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5888  beta-galactosidase  22.7 
 
 		 470 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.76 
 
 		 730 aa  48.5  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04820  Beta-glucosidase  20.37 
 
 		 432 aa  48.5  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0266886  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1147  beta-galactosidase  23.53 
 
 		 446 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.94123 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4005  glycoside hydrolase family protein  23.24 
 
 		 437 aa  48.5  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4295  Beta-glucosidase  21.34 
 
 		 447 aa  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161333 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1327  glycoside hydrolase family 1  20.95 
 
 		 474 aa  46.6  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.294079  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1402  Beta-glucosidase  22.52 
 
 		 452 aa  46.2  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00588198  normal  0.0441628 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0727  glycoside hydrolase family protein  21.86 
 
 		 357 aa  45.4  0.001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4014  glycoside hydrolase family protein  21.93 
 
 		 443 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.92245  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1578  beta-glucosidase  22.22 
 
 		 450 aa  45.8  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2084  Beta-glucosidase  22.86 
 
 		 440 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.483435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2526  glycoside hydrolase family 1  21.1 
 
 		 388 aa  44.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1708  glycoside hydrolase family protein  23.3 
 
 		 356 aa  44.3  0.003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.913199  normal  0.0276874 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2438  glycoside hydrolase family 1  21.58 
 
 		 468 aa  44.3  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0255622  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2841  glycoside hydrolase family protein  22.45 
 
 		 467 aa  43.5  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>