35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2342 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2342  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  774    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0301397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2701  hypothetical protein  60.6 
 
 		 380 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0359673 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1193  hypothetical protein  61.89 
 
 		 397 aa  462  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.735987 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2897  hypothetical protein  60.27 
 
 		 380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.559953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0086  beta-glucosidase/6-phospho-beta- glucosidase/beta-galactosidase  57.99 
 
 		 392 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.183317 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5612  glycosyl transferase group 1  53.74 
 
 		 763 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.48049  normal  0.331243 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5687  glycosyl transferase group 1  53.07 
 
 		 765 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1304  beta-glucosidase/6-phospho-beta-glucosidase/ beta -galactosidase  50.27 
 
 		 381 aa  362  5.0000000000000005e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.718248 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3624  hypothetical protein  42.36 
 
 		 383 aa  266  5e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.183604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2150  amine oxidase  39.83 
 
 		 1293 aa  253  3e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017557  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0222  amine oxidase  37.87 
 
 		 402 aa  242  9e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0751337  normal  0.686886 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20600  glycoside hydrolase family 1  24.48 
 
 		 424 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3623  glycoside hydrolase family protein  28.41 
 
 		 431 aa  89.7  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.635142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5470  glycoside hydrolase family 1  28.41 
 
 		 446 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5261  glycoside hydrolase family 1  24.87 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03060  beta-glucosidase/6-phospho-beta- glucosidase/beta-galactosidase  27.75 
 
 		 433 aa  72.8  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4161  glycoside hydrolase family 1  27.19 
 
 		 451 aa  70.1  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.167873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2008  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.61 
 
 		 723 aa  63.9  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2019  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.52 
 
 		 738 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.240233  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1882  glycosy hydrolase family protein  21.54 
 
 		 427 aa  53.1  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.31737  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1402  Beta-glucosidase  25.75 
 
 		 452 aa  53.1  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00588198  normal  0.0441628 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4295  Beta-glucosidase  22.7 
 
 		 447 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4111  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.91 
 
 		 730 aa  51.6  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1394  Beta-glucosidase  23.68 
 
 		 444 aa  50.8  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.534606  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0493  beta-galactosidase  31.4 
 
 		 446 aa  49.7  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0462  Beta-glucosidase  21.19 
 
 		 418 aa  49.3  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.626526  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.44 
 
 		 730 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04820  Beta-glucosidase  22.35 
 
 		 432 aa  47.4  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0266886  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5888  beta-galactosidase  23.85 
 
 		 470 aa  46.6  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2084  Beta-glucosidase  24.36 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.483435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3481  glycoside hydrolase family 1  21.08 
 
 		 470 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3174  beta-galactosidase  21.77 
 
 		 451 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00114145  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1428  glycoside hydrolase family protein  18.63 
 
 		 442 aa  44.3  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.574986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3706  beta-glucosidase  21.19 
 
 		 443 aa  43.5  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3044  beta-glucosidase  30.77 
 
 		 461 aa  42.7  0.01  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>