131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2912 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2912  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.562363 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2779  protein of unknown function RIO1  98.99 
 
 		 297 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2871  protein of unknown function RIO1  96.97 
 
 		 297 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3036  protein of unknown function RIO1  91.58 
 
 		 314 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5502  hypothetical protein  77.78 
 
 		 297 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0658  hypothetical protein  79.19 
 
 		 298 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.390403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63200  hypothetical protein  78.11 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0748  RIO1/ZK632.3/MJ0444 family protein  80.87 
 
 		 298 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0811  protein of unknown function RIO1  78.45 
 
 		 295 aa  471  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0650  hypothetical protein  79.87 
 
 		 298 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0611  hypothetical protein  69.34 
 
 		 282 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.14502 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0697  protein of unknown function RIO1  67.5 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0664  protein of unknown function RIO1  68.21 
 
 		 285 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0129863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3358  protein of unknown function RIO1  68.21 
 
 		 285 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3677  protein of unknown function RIO1  67.5 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000162658  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0676  protein of unknown function RIO1  67.5 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.295058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0707  protein of unknown function RIO1  67.5 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.938334  normal  0.753401 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3973  hypothetical protein  66.2 
 
 		 285 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3392  protein of unknown function RIO1  68.12 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0663  protein of unknown function RIO1  66.79 
 
 		 285 aa  381  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.24041  normal  0.125481 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2995  protein of unknown function RIO1  67.27 
 
 		 282 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3148  protein of unknown function RIO1  71.53 
 
 		 285 aa  377  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1558  putative RIO1/ZK632.3/MJ0444 family protein  63.96 
 
 		 286 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0385053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1606  protein of unknown function RIO1  69.4 
 
 		 275 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000519001  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0659  protein of unknown function RIO1  67.38 
 
 		 286 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2139  protein of unknown function RIO1  62.68 
 
 		 287 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.262343  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0163  protein of unknown function RIO1  64.06 
 
 		 284 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1034  RIO-type serine/threonine protein kinase  66.18 
 
 		 282 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0400289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0706  protein of unknown function RIO1  66.07 
 
 		 285 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0194  protein of unknown function RIO1  68.12 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.892648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3802  protein of unknown function RIO1  66.9 
 
 		 284 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.652997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1386  protein of unknown function RIO1  62.86 
 
 		 282 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3868  protein of unknown function RIO1  66.67 
 
 		 286 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0326481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2078  hypothetical protein  65.33 
 
 		 285 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1866  hypothetical protein  62.95 
 
 		 278 aa  365  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.012692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2037  protein of unknown function RIO1  64.36 
 
 		 283 aa  364  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2390  RIO1 family protein kinase  67.25 
 
 		 283 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000122794  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1675  hypothetical protein  67.25 
 
 		 283 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000990489  normal  0.170325 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2488  protein of unknown function RIO1  67.25 
 
 		 283 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.473839  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0977  hypothetical protein  62.95 
 
 		 285 aa  364  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3113  protein of unknown function RIO1  66.29 
 
 		 284 aa  363  2e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0593615 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5882  protein of unknown function RIO1  64.23 
 
 		 285 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1271  RIO-like kinase  62.86 
 
 		 284 aa  362  3e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159097  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4056  protein of unknown function RIO1  64 
 
 		 308 aa  359  3e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4795  hypothetical protein  61.57 
 
 		 285 aa  353  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.367167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2237  hypothetical protein  61.7 
 
 		 283 aa  351  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  0.195225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1654  protein of unknown function RIO1  57.34 
 
 		 299 aa  347  1e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000363916  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3183  protein of unknown function RIO1  64.75 
 
 		 286 aa  346  3e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0781  protein of unknown function RIO1  64.44 
 
 		 284 aa  345  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000948828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02913  RIO1//family protein  57.65 
 
 		 286 aa  326  2.0000000000000001e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2195  protein of unknown function RIO1  50 
 
 		 412 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1682  protein of unknown function RIO1  49.58 
 
 		 411 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.179514  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1753  protein of unknown function RIO1  49.58 
 
 		 417 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.107958  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3105  protein of unknown function RIO1  49.58 
 
 		 450 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.052568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6050  hypothetical protein  38.57 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3233  protein of unknown function RIO1  37.56 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2984  Serine/threonine protein kinase involved in cell cycle control-like protein  39.71 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.513296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2197  protein of unknown function RIO1  42.93 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0148625  hitchhiker  0.00120245 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06240  serine/threonine protein kinase involved in cell cycle control  36.2 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6141  protein of unknown function RIO1  38.57 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487286  normal  0.0422512 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0361  protein of unknown function RIO1  33.02 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0701  Non-specific serine/threonine protein kinase  38.22 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.577267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2087  RIO-like kinase  38.16 
 
 		 291 aa  106  5e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3650  RIO-like kinase  38.76 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3064  protein of unknown function RIO1  37.62 
 
 		 308 aa  103  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.128757 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3291  protein of unknown function RIO1  38.28 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160109 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5852  protein of unknown function RIO1  39.71 
 
 		 387 aa  99.4  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.445195  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0654  non-specific serine/threonine protein kinase  34.48 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.106036  normal  0.167973 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1605  Non-specific serine/threonine protein kinase  34.16 
 
 		 338 aa  96.3  6e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0170  protein of unknown function RIO1  36.11 
 
 		 265 aa  95.9  8e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2660  protein of unknown function RIO1  35.62 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.365628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1442  protein of unknown function RIO1  33.95 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.296233  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0186  RIO-like kinase  33.01 
 
 		 254 aa  91.3  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0203142  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1785  hypothetical protein  30.59 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0947  protein of unknown function RIO1  29.82 
 
 		 264 aa  89  8e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0852  non-specific serine/threonine protein kinase  33.49 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.738588 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2464  protein of unknown function RIO1  32.69 
 
 		 256 aa  86.7  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000000196699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2456  protein of unknown function RIO1  32.35 
 
 		 259 aa  86.3  6e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0288  non-specific serine/threonine protein kinase  32.51 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.414498  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1476  non-specific serine/threonine protein kinase  32.51 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.525707  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1626  non-specific serine/threonine protein kinase  32.02 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1002  protein of unknown function RIO1  32.02 
 
 		 273 aa  83.2  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397015  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0594  non-specific serine/threonine protein kinase  31.13 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.881106  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1749  hypothetical protein  30.14 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.963768  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06363  Extragenic suppressor of the bimD6 mutationPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:O13330]  30.67 
 
 		 558 aa  80.9  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.46432  normal  1 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01780  extragenic suppressor of bimD6 mutation, putative  27.92 
 
 		 622 aa  81.3  0.00000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0773  protein of unknown function RIO1  31.92 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.5402  hitchhiker  0.00560977 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1180  protein of unknown function RIO1  31.92 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1850  protein of unknown function RIO1  30.62 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0857988 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82126  protein serine kinase  25.33 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.103532 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46310  predicted protein  29.65 
 
 		 1269 aa  73.9  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.789471  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0739  protein of unknown function RIO1  31.46 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000129617  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0196  serine/threonine protein kinase  29.77 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.797756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0498  non-specific serine/threonine protein kinase  29.82 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.30075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_2858  predicted protein  34.04 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.850153 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2499  protein of unknown function RIO1  29.11 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1280  RIO-like kinase  26.13 
 
 		 254 aa  68.6  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2401  serine/threonine protein kinase  32.16 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.225173  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0513  protein of unknown function RIO1  31.1 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2841  serine/threonine protein kinase  31.86 
 
 		 381 aa  65.9  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0659409  normal  0.112308 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>