132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt08 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt08  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07729  tRNA-Trp  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0058  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt028  tRNA-Trp  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.145529  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt029  tRNA-Sec  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0658058  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0010  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000288959  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0010  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000948194  hitchhiker  0.0000000000358204 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0045  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0202623  normal  0.372348 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0361577  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0645  tRNA-Sec  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  88.37 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1579  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1614  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.614815 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>