More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1289 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1289  GDP-fucose synthetase  100 
 
 
357 aa  745    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.77 
 
 
362 aa  530  1e-149  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02915  GDP-fucose synthetase  58.5 
 
 
362 aa  448  1e-125  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0734964  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1764  GDP-fucose synthetase  55.65 
 
 
353 aa  418  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.50784  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1427  GDP-fucose synthetase  51.13 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.328576  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0706  GDP-fucose synthetase  49.58 
 
 
370 aa  369  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  51.27 
 
 
312 aa  370  1e-101  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.72 
 
 
309 aa  367  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.25 
 
 
347 aa  366  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.96 
 
 
376 aa  366  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.55 
 
 
320 aa  364  1e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  54.52 
 
 
314 aa  361  1e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.74 
 
 
309 aa  359  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.72 
 
 
306 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.01 
 
 
313 aa  351  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.69 
 
 
309 aa  349  4e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.7 
 
 
320 aa  348  1e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.87 
 
 
324 aa  347  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.87 
 
 
324 aa  347  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.44 
 
 
311 aa  347  3e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.01 
 
 
310 aa  345  7e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.02 
 
 
321 aa  345  7e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.88 
 
 
322 aa  343  2e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  48.7 
 
 
308 aa  343  2.9999999999999997e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0425  GDP-fucose synthetase  47.51 
 
 
346 aa  343  4e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.57 
 
 
324 aa  342  7e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.7 
 
 
313 aa  342  8e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.14 
 
 
308 aa  342  8e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.57 
 
 
312 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.14 
 
 
316 aa  340  2e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.88 
 
 
321 aa  338  9e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.28 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1612  GDP-L-fucose synthetase  46.48 
 
 
349 aa  336  5e-91  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  50.57 
 
 
327 aa  335  9e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
366 aa  333  4e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  51.57 
 
 
320 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.14 
 
 
331 aa  330  2e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.168438  normal  0.238091 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1765  GDP-fucose synthetase  43.94 
 
 
353 aa  328  1.0000000000000001e-88  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0212946  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.27 
 
 
337 aa  327  3e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.878977  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2730  GDP-L-fucose synthetase  49.44 
 
 
326 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  48.59 
 
 
321 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  48.59 
 
 
321 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  48.13 
 
 
322 aa  324  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  47.85 
 
 
321 aa  323  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  47.85 
 
 
321 aa  323  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  47.85 
 
 
321 aa  323  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  47.85 
 
 
321 aa  323  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
321 aa  323  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  47.56 
 
 
321 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.56 
 
 
321 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  47.56 
 
 
321 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  48.59 
 
 
321 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.42 
 
 
314 aa  322  5e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.43 
 
 
326 aa  322  6e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  48.31 
 
 
321 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  46.89 
 
 
308 aa  322  8e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  48.31 
 
 
321 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  48.31 
 
 
314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.59 
 
 
323 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.29 
 
 
320 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.99 
 
 
321 aa  318  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  46.31 
 
 
316 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.53 
 
 
319 aa  317  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  47.59 
 
 
323 aa  315  9e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.76 
 
 
312 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.28 
 
 
321 aa  314  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  47.28 
 
 
321 aa  314  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.97 
 
 
325 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.63 
 
 
324 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.63 
 
 
310 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  46.99 
 
 
321 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
322 aa  312  5.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  45.82 
 
 
319 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  46.82 
 
 
319 aa  310  2e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.11 
 
 
331 aa  311  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  45.48 
 
 
321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.05 
 
 
332 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0705  GDP-fucose synthetase  41.06 
 
 
350 aa  310  4e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.7 
 
 
320 aa  308  9e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.9 
 
 
335 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
333 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  44.35 
 
 
322 aa  305  6e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14001  putative fucose synthetase  44.35 
 
 
322 aa  305  8.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.881279  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.24 
 
 
308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.84 
 
 
321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2116  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  46.13 
 
 
319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  46.8 
 
 
316 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  46.36 
 
 
333 aa  299  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.98 
 
 
318 aa  298  1e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  45.24 
 
 
311 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.35 
 
 
314 aa  297  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1315  NAD dependent epimerase/dehydratase  43.68 
 
 
332 aa  295  8e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.48 
 
 
316 aa  295  9e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.63 
 
 
321 aa  295  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.22 
 
 
313 aa  292  6e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.11 
 
 
306 aa  291  9e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 
329 aa  291  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.1 
 
 
324 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.1 
 
 
324 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
305 aa  290  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>