More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1144 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1144  thioredoxin  100 
 
 		 421 aa  851    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  46.73 
 
 		 146 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6113  thioredoxin  34.74 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  46.73 
 
 		 146 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000771604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  46.79 
 
 		 108 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  46.73 
 
 		 109 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  44.86 
 
 		 108 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  43.93 
 
 		 108 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2362  thioredoxin  43.93 
 
 		 108 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0224789  normal  0.140308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1825  thioredoxin  43.93 
 
 		 108 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0606148  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0950  thioredoxin  43.93 
 
 		 108 aa  107  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.263431  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  46.73 
 
 		 108 aa  107  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  43.93 
 
 		 108 aa  106  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  45.79 
 
 		 108 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  44.86 
 
 		 108 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  42.06 
 
 		 108 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  42.06 
 
 		 108 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  42.06 
 
 		 108 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  43.4 
 
 		 108 aa  104  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  43.4 
 
 		 109 aa  103  8e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  43.4 
 
 		 109 aa  103  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  47.83 
 
 		 109 aa  103  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  44.33 
 
 		 106 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  43.93 
 
 		 108 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  101  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  42.06 
 
 		 108 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  100  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2309  thioredoxin  38.32 
 
 		 108 aa  100  7e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000756824  normal  0.11067 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3336  thioredoxin  42.16 
 
 		 259 aa  99.8  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  99.8  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3003  hypothetical protein  41.12 
 
 		 108 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2864  hypothetical protein  41.12 
 
 		 108 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  40.59 
 
 		 111 aa  99  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  41.12 
 
 		 108 aa  99.4  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  43.93 
 
 		 108 aa  99.4  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  99  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  40.19 
 
 		 108 aa  99  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  40.19 
 
 		 108 aa  98.6  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  99  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  42.99 
 
 		 108 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  99  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  42.99 
 
 		 112 aa  98.2  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  40.37 
 
 		 110 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  39.25 
 
 		 120 aa  98.2  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  42.11 
 
 		 116 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  97.4  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0646  thioredoxin  44.44 
 
 		 111 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.755097  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  38.32 
 
 		 108 aa  97.4  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  42.86 
 
 		 106 aa  97.1  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  39.25 
 
 		 108 aa  97.1  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1006  thioredoxin  40.19 
 
 		 259 aa  97.1  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  38.32 
 
 		 108 aa  96.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  39.62 
 
 		 108 aa  96.7  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  41.35 
 
 		 110 aa  96.3  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  39.25 
 
 		 108 aa  96.7  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  39.25 
 
 		 108 aa  96.7  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  41.12 
 
 		 108 aa  96.3  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2347  thioredoxin  40.38 
 
 		 147 aa  95.9  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0135047  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  40.19 
 
 		 108 aa  95.5  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  40 
 
 		 108 aa  95.9  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0363  thioredoxin  39.42 
 
 		 109 aa  95.9  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>