75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0417 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0417  L-rhamnose 1-epimerase  100 
 
 		 104 aa  220  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.373765  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0496  L-rhamnose 1-epimerase  93.27 
 
 		 104 aa  206  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3488  L-rhamnose 1-epimerase  77.88 
 
 		 104 aa  186  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3612  L-rhamnose 1-epimerase  76.7 
 
 		 104 aa  172  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5353  L-rhamnose 1-epimerase  73.79 
 
 		 104 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4432  L-rhamnose 1-epimerase  73.79 
 
 		 104 aa  171  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4292  L-rhamnose 1-epimerase  73.79 
 
 		 104 aa  171  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.350342 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4075  L-rhamnose 1-epimerase  74.04 
 
 		 104 aa  171  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.649015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3759  L-rhamnose 1-epimerase  74.04 
 
 		 104 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4083  L-rhamnose 1-epimerase  73.79 
 
 		 104 aa  171  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4129  L-rhamnose 1-epimerase  73.79 
 
 		 104 aa  171  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0748  hypothetical protein  74.04 
 
 		 104 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0511039 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3849  L-rhamnose 1-epimerase  74.04 
 
 		 104 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4116  L-rhamnose 1-epimerase  73.79 
 
 		 104 aa  171  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03787  L-rhamnose mutarotase  72.82 
 
 		 104 aa  169  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03736  hypothetical protein  72.82 
 
 		 104 aa  169  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4257  L-rhamnose 1-epimerase  71.84 
 
 		 104 aa  167  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4286  L-rhamnose 1-epimerase  71.84 
 
 		 104 aa  167  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4438  L-rhamnose 1-epimerase  70.87 
 
 		 104 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4372  L-rhamnose 1-epimerase  70.87 
 
 		 104 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4326  L-rhamnose 1-epimerase  70.87 
 
 		 104 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.272019 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4381  L-rhamnose 1-epimerase  73.47 
 
 		 99 aa  164  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1358  L-rhamnose 1-epimerase  68.27 
 
 		 104 aa  149  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1149  L-rhamnose 1-epimerase  49.04 
 
 		 104 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.52416  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3786  L-rhamnose 1-epimerase  54.37 
 
 		 104 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4919  L-rhamnose 1-epimerase  42.72 
 
 		 103 aa  103  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0331686  normal  0.318925 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0965  L-rhamnose 1-epimerase  41.35 
 
 		 104 aa  101  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6232  L-rhamnose 1-epimerase  45 
 
 		 104 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6634  L-rhamnose 1-epimerase  45 
 
 		 104 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6401  L-rhamnose 1-epimerase  45 
 
 		 104 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.588698  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2208  L-rhamnose 1-epimerase  46.08 
 
 		 106 aa  99.8  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3401  L-rhamnose 1-epimerase  44 
 
 		 106 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.207239  normal  0.325252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5686  L-rhamnose 1-epimerase  42 
 
 		 107 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4230  L-rhamnose 1-epimerase  40.78 
 
 		 107 aa  93.6  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6714  L-rhamnose 1-epimerase  40.59 
 
 		 106 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6270  L-rhamnose 1-epimerase  40.59 
 
 		 107 aa  92.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203804  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2598  hypothetical protein  39.81 
 
 		 104 aa  91.7  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.477414  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5813  L-rhamnose 1-epimerase  39.6 
 
 		 106 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.641251  normal  0.0735318 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3566  L-rhamnose 1-epimerase  40.59 
 
 		 106 aa  90.9  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.478649  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3493  L-rhamnose 1-epimerase  39.81 
 
 		 104 aa  89.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.118887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1210  L-rhamnose 1-epimerase  40.4 
 
 		 104 aa  89.4  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2123  hypothetical protein  37.25 
 
 		 106 aa  86.7  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0247927  normal  0.886826 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1033  hypothetical protein  38 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.889586  normal  0.718477 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1807  L-rhamnose 1-epimerase  41.84 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2981  L-rhamnose 1-epimerase  40.78 
 
 		 104 aa  85.1  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0297257  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2430  hypothetical protein  36.89 
 
 		 112 aa  84.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.878455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3465  hypothetical protein  39.39 
 
 		 108 aa  84.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.237628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09140  L-rhamnose 1-epimerase  40.62 
 
 		 103 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.435762  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3700  protein of unknown function DUF718  39 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0229  L-rhamnose 1-epimerase  37.86 
 
 		 104 aa  79.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.187644  normal  0.116954 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3307  hypothetical protein  42.59 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1027  protein of unknown function DUF718  33.96 
 
 		 104 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.160295 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3314  protein of unknown function DUF718  38.18 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130115 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3456  hypothetical protein  38.18 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.022732 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2729  hypothetical protein  35.45 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.727532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3108  protein of unknown function DUF718  38.68 
 
 		 115 aa  62.8  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4480  hypothetical protein  34.44 
 
 		 108 aa  62  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4393  hypothetical protein  34.44 
 
 		 108 aa  62  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.278522  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2300  protein of unknown function DUF718  35.51 
 
 		 105 aa  61.6  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.60391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2457  hypothetical protein  34.58 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4774  hypothetical protein  33.33 
 
 		 108 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3394  hypothetical protein  29.36 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384678 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3612  protein of unknown function DUF718  36.7 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.175398  normal  0.641333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0974  protein of unknown function DUF718  32.41 
 
 		 106 aa  54.3  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0885  protein of unknown function DUF718  34.91 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01009  DUF718 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G12860)  31.25 
 
 		 114 aa  51.6  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0197794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05800  hypothetical protein  34.95 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0314  hypothetical protein  32.05 
 
 		 110 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0801  protein of unknown function DUF718  31.13 
 
 		 108 aa  47.4  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.771693 
 
 
-
 
NC_004310  BR0240  hypothetical protein  30 
 
 		 114 aa  45.4  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4951  protein of unknown function DUF718  28.87 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4974  hypothetical protein  31.25 
 
 		 109 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651142  normal  0.112627 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0564  protein of unknown function DUF718  28.57 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2270  hypothetical protein  27.5 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.767622  normal  0.824523 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01960  conserved hypothetical protein  24.75 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>