34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3974 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3974    100 
 
 		 321 bp  636    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3172  peptidase M20D, amidohydrolase  89.09 
 
 		 1263 bp  61.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3289    89.09 
 
 		 1262 bp  61.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00553872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2262  peptidase M20D, amidohydrolase  94.12 
 
 		 1170 bp  52  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.891111  normal  0.0931897 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0877  amidohydrolase  94.12 
 
 		 1164 bp  52  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4686  amidohydrolase  96.67 
 
 		 1158 bp  52  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.694379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2379  amidohydrolase  96.67 
 
 		 1209 bp  52  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26260  putative hydrolase  94.12 
 
 		 1170 bp  52  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.474103  normal  0.713071 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0853  peptidase M20D, amidohydrolase  93.94 
 
 		 1296 bp  50.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0991  amidohydrolase  96.43 
 
 		 1218 bp  48.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4300  peptidase M20D, amidohydrolase  96.43 
 
 		 1239 bp  48.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6019  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1170 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1569  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115888  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1624  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.538958  hitchhiker  0.00444937 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1589  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.855495  normal  0.041045 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1550  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.388214  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4797  peptidase M20D, amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0940  peptidase M20D, amidohydrolase  93.75 
 
 		 1317 bp  48.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1169  peptidase M20D, amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5896  amidohydrolase  88.64 
 
 		 1188 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0480348 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1649  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0186  amidohydrolase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2549  amidohydrolase  100 
 
 		 1170 bp  46.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.475258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3187  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1167 bp  46.1  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0033512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0610  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1170 bp  46.1  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00962709  normal  0.632979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4012  amidohydrolase  100 
 
 		 1179 bp  46.1  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.873821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4250  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1173 bp  46.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.456638  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3314  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1173 bp  46.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3565  peptidase M20D, amidohydrolase  93.55 
 
 		 1173 bp  46.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5885  amidohydrolase  100 
 
 		 1350 bp  46.1  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1992  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1185 bp  46.1  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36900  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1233 bp  46.1  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0846344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1734  peptidase M20D, amidohydrolase  93.55 
 
 		 1170 bp  46.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  0.0172136 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1887  amidohydrolase  93.55 
 
 		 1170 bp  46.1  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>