21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2060 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2060  putative transmembrane protein  100 
 
 		 181 aa  350  7e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1619  putative transmembrane protein  44.31 
 
 		 165 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2002  hypothetical protein  36.69 
 
 		 206 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0966406  normal  0.742672 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2439  hypothetical protein  36.93 
 
 		 180 aa  101  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.911214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2289  putative transmembrane protein  34.13 
 
 		 173 aa  91.3  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259537  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3371  hypothetical protein  45.4 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2760  hypothetical protein  35.88 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1259  hypothetical protein  39.63 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.31261  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1459  hypothetical protein  34.27 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3900  hypothetical protein  41.21 
 
 		 191 aa  74.3  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2549  hypothetical protein  39.23 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3007  hypothetical protein  35.22 
 
 		 184 aa  67.8  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.131036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2339  hypothetical protein  30.07 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.134432 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1142  hypothetical protein  30.63 
 
 		 156 aa  56.6  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.310409 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1858  transmembrane protein  32.65 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1368  hypothetical protein  32.39 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.75302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1304  putative transmembrane protein  31.25 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291809  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1427  hypothetical protein  31.65 
 
 		 173 aa  45.1  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0220837  hitchhiker  0.00312062 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4789  hypothetical protein  28.77 
 
 		 138 aa  43.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0307864  hitchhiker  0.00167919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4894  hypothetical protein  29.93 
 
 		 140 aa  41.6  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56190  hypothetical protein  29.93 
 
 		 140 aa  41.2  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>