38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0195 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0195  SWIB/MDM2 domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  254  4e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1444  SWIB/MDM2 domain protein  67.03 
 
 		 96 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2404  SWIB/MDM2 domain-containing protein  67.03 
 
 		 96 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.609198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0056  hypothetical protein  70.37 
 
 		 133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.55535  normal  0.101968 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1954  SWIB/MDM2  72.84 
 
 		 144 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.182223  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4619  SWIB/MDM2 domain-containing protein  70.37 
 
 		 99 aa  122  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.392701  hitchhiker  0.000924002 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2865  SWIB/MDM2 domain-containing protein  70.37 
 
 		 101 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1866  SWIB/MDM2 domain protein  70.37 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.967571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2811  SWIB complex, BAF60b  66.67 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.403228  normal  0.191861 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0747  SWIB/MDM2 domain-containing protein  68.35 
 
 		 84 aa  114  5e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  hitchhiker  0.0000000000199042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2373  SWIB/MDM2 domain-containing protein  63.53 
 
 		 134 aa  113  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.460369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3086  SWIB/MDM2 domain-containing protein  62.96 
 
 		 99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275079  normal  0.150685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4742  SWIB/MDM2 domain protein  53.77 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.166438  hitchhiker  0.00240226 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3448  SWIB/MDM2 domain protein  52.83 
 
 		 110 aa  104  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3127  SWIB/MDM2 domain-containing protein  52.83 
 
 		 110 aa  104  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.13314 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1274  SWIB/MDM2 domain-containing protein  58.33 
 
 		 114 aa  103  8e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0502815 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1834  SWIB/MDM2 domain protein  58.97 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0550627 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  61.64 
 
 		 980 aa  97.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0910  SWIB/MDM2 domain-containing protein  64.47 
 
 		 76 aa  94.7  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0796897  normal  0.962652 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3324  SWIB/MDM2 domain protein  53.41 
 
 		 110 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_002620  TC0745  hypothetical protein  51.9 
 
 		 86 aa  91.3  4e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.352276  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  57.53 
 
 		 1002 aa  90.1  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3522  SWIB/MDM2 domain-containing protein  53.16 
 
 		 119 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1312  SWIB/MDM2 domain protein  46.6 
 
 		 110 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  57.53 
 
 		 992 aa  89.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0926  SWIB/MDM2 domain-containing protein  45.63 
 
 		 120 aa  89  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0300157  normal  0.400144 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  53.42 
 
 		 990 aa  84.3  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  52.86 
 
 		 981 aa  84.3  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  52.86 
 
 		 981 aa  84.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  55.07 
 
 		 982 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00360  SWIB/MDM2 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G02020)  36.26 
 
 		 279 aa  77  0.00000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.156113  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02810  conserved hypothetical protein  36.05 
 
 		 252 aa  70.5  0.000000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32255  predicted protein  49.23 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0012  DNA topoisomerase I/SWI domain fusion protein  46.58 
 
 		 865 aa  62.8  0.000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25431  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61327  predicted protein  40 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.86289  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10524  SWI-SNF complex subunit (BAF60b), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06310)  36.21 
 
 		 472 aa  47  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28032  predicted protein  38.46 
 
 		 273 aa  43.1  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0307251  normal  0.690356 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  40 
 
 		 975 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>