38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1954 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1954  SWIB/MDM2  100 
 
 		 144 aa  261  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.182223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2404  SWIB/MDM2 domain-containing protein  79.12 
 
 		 96 aa  148  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.609198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1444  SWIB/MDM2 domain protein  79.12 
 
 		 96 aa  148  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2865  SWIB/MDM2 domain-containing protein  82.93 
 
 		 101 aa  142  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4619  SWIB/MDM2 domain-containing protein  82.93 
 
 		 99 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.392701  hitchhiker  0.000924002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1866  SWIB/MDM2 domain protein  79.27 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.967571  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3086  SWIB/MDM2 domain-containing protein  74.39 
 
 		 99 aa  131  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275079  normal  0.150685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2373  SWIB/MDM2 domain-containing protein  75.29 
 
 		 134 aa  130  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.460369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2811  SWIB complex, BAF60b  79.27 
 
 		 152 aa  130  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.403228  normal  0.191861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0195  SWIB/MDM2 domain-containing protein  62.61 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0056  hypothetical protein  73.17 
 
 		 133 aa  124  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.55535  normal  0.101968 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0747  SWIB/MDM2 domain-containing protein  70.37 
 
 		 84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  hitchhiker  0.0000000000199042 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4742  SWIB/MDM2 domain protein  58 
 
 		 106 aa  108  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.166438  hitchhiker  0.00240226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  69.44 
 
 		 1002 aa  107  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  65.28 
 
 		 992 aa  101  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0745  hypothetical protein  53.66 
 
 		 86 aa  100  7e-21  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.352276  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1274  SWIB/MDM2 domain-containing protein  57.5 
 
 		 114 aa  99  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0502815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  62.5 
 
 		 975 aa  97.4  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1834  SWIB/MDM2 domain protein  60.26 
 
 		 108 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0550627 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  61.11 
 
 		 990 aa  95.1  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3522  SWIB/MDM2 domain-containing protein  58.44 
 
 		 119 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  61.43 
 
 		 982 aa  92.8  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  45.19 
 
 		 980 aa  92.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1312  SWIB/MDM2 domain protein  50.47 
 
 		 110 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3127  SWIB/MDM2 domain-containing protein  48.6 
 
 		 110 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.13314 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3448  SWIB/MDM2 domain protein  48.6 
 
 		 110 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  56.52 
 
 		 981 aa  88.2  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  56.52 
 
 		 981 aa  88.2  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0910  SWIB/MDM2 domain-containing protein  60 
 
 		 76 aa  87  9e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0796897  normal  0.962652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0926  SWIB/MDM2 domain-containing protein  48.98 
 
 		 120 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0300157  normal  0.400144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3324  SWIB/MDM2 domain protein  54.55 
 
 		 110 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02810  conserved hypothetical protein  37.5 
 
 		 252 aa  80.9  0.000000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32255  predicted protein  35.83 
 
 		 294 aa  64.7  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00360  SWIB/MDM2 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G02020)  32.32 
 
 		 279 aa  63.5  0.0000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.156113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61327  predicted protein  41.46 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.86289  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0012  DNA topoisomerase I/SWI domain fusion protein  43.84 
 
 		 865 aa  59.3  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25431  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10524  SWI-SNF complex subunit (BAF60b), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06310)  32.84 
 
 		 472 aa  47.8  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0451  hypothetical protein  34.62 
 
 		 682 aa  40.8  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.935118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>