273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0404 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0404  thymidylate synthase  100 
 
 		 290 aa  609  1e-173  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1789  thymidylate synthase  85.86 
 
 		 290 aa  539  9.999999999999999e-153  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.748216  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1760  thymidylate synthase  72.01 
 
 		 265 aa  418  1e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2730  thymidylate synthase  72.22 
 
 		 267 aa  416  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0137265 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3018  thymidylate synthase  71.85 
 
 		 267 aa  416  9.999999999999999e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0786237  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2176  thymidylate synthase  71.48 
 
 		 270 aa  411  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.160989  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4922  Thymidylate synthase  69.17 
 
 		 265 aa  409  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17460  thymidylate synthase  69.2 
 
 		 276 aa  409  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.171384  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23310  thymidylate synthase  66.91 
 
 		 271 aa  403  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245903  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2834  thymidylate synthase  69.12 
 
 		 272 aa  404  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2099  thymidylate synthase  70.15 
 
 		 266 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.121978 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4439  Thymidylate synthase  68.28 
 
 		 268 aa  398  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.613573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2112  thymidylate synthase  70.15 
 
 		 266 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.343754  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4007  thymidylate synthase  70.68 
 
 		 266 aa  397  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.211563  normal  0.0387456 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12777  thymidylate synthase  70.3 
 
 		 263 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.470596 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2158  thymidylate synthase  70.15 
 
 		 266 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.46216 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1527  thymidylate synthase  66.18 
 
 		 278 aa  392  1e-108  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2380  thymidylate synthase  69.4 
 
 		 266 aa  394  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.029199 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29370  thymidylate synthase  67.41 
 
 		 267 aa  390  1e-107  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2864  thymidylate synthase  66.92 
 
 		 275 aa  387  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.292477 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3946  thymidylate synthase  65.3 
 
 		 272 aa  384  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.464916  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0947  thymidylate synthase  66.54 
 
 		 264 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.014257 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0915  thymidylate synthase  67.17 
 
 		 264 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0889  thymidylate synthase  62.89 
 
 		 280 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04480  thymidylate synthase  65.66 
 
 		 264 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5812  thymidylate synthase  65.81 
 
 		 277 aa  379  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.454051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0818  thymidylate synthase  66.17 
 
 		 264 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0436  thymidylate synthase  65.28 
 
 		 264 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4491  thymidylate synthase  66.43 
 
 		 276 aa  376  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232863 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1197  thymidylate synthase  65.81 
 
 		 277 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48170  thymidylate synthase  64.53 
 
 		 264 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1116  thymidylate synthase  65.44 
 
 		 277 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4970  thymidylate synthase  63.77 
 
 		 274 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3172  thymidylate synthase  65.82 
 
 		 298 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1450  thymidylate synthase  62.68 
 
 		 279 aa  368  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.810743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1146  thymidylate synthase  64.53 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.153676  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1335  thymidylate synthase  64.91 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1030  thymidylate synthase  62.83 
 
 		 266 aa  367  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1265  thymidylate synthase  64.15 
 
 		 264 aa  364  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.678251  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3125  thymidylate synthase  64.53 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  0.408001 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2986  thymidylate synthase  63.41 
 
 		 277 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1188  thymidylate synthase  64.53 
 
 		 264 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1664  thymidylate synthase  63.57 
 
 		 289 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2861  thymidylate synthase  64.91 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.390329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2943  thymidylate synthase  64.91 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0433853  normal  0.782101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1232  thymidylate synthase  64.15 
 
 		 264 aa  364  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.902192  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3039  thymidylate synthase  64.91 
 
 		 264 aa  364  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.448535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4213  thymidylate synthase  61.89 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0381  thymidylate synthase  62.64 
 
 		 264 aa  363  1e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0387  thymidylate synthase  62.26 
 
 		 264 aa  362  3e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.610342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1260  thymidylate synthase  63.12 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000721083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2568  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  362  4e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239334  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02675  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0328967  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2973  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.942182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02636  hypothetical protein  63.4 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0282174  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0888  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2772  thymidylate synthase  63.6 
 
 		 276 aa  360  1e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.023604 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3147  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00502438  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0864  Thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3148  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3165  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.623255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4093  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00531915  normal  0.186397 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2974  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0248193  normal  0.0110834 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3214  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0238211 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1823  thymidylate synthase  61.21 
 
 		 284 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.10557  hitchhiker  0.00355293 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3228  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434826 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3328  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937763 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2781  thymidylate synthase  63.77 
 
 		 264 aa  359  3e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3035  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  359  3e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2927  thymidylate synthase  63.4 
 
 		 264 aa  358  4e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2832  thymidylate synthase  63.02 
 
 		 264 aa  358  6e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0867  thymidylate synthase  63.77 
 
 		 264 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3269  thymidylate synthase  63.02 
 
 		 264 aa  357  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0325419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2051  thymidylate synthase  60.63 
 
 		 283 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.266097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2779  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.629836  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0371  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  355  5e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.634386  normal  0.315482 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2027  thymidylate synthase  61.62 
 
 		 285 aa  353  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.242999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2351  thymidylate synthase  62.64 
 
 		 264 aa  353  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.914614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1036  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0984  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00298799  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2747  Thymidylate synthase  60.22 
 
 		 277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0907  thymidylate synthase  62.26 
 
 		 264 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2730  thymidylate synthase  63.02 
 
 		 264 aa  352  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3238  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  352  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3385  thymidylate synthase  60.98 
 
 		 283 aa  352  4e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0906  thymidylate synthase  62.64 
 
 		 264 aa  350  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1050  thymidylate synthase  62.64 
 
 		 264 aa  350  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3354  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819498 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3396  thymidylate synthase  62.26 
 
 		 264 aa  351  1e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0862662  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3821  thymidylate synthase  62.26 
 
 		 264 aa  350  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0782248  normal  0.435378 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1422  thymidylate synthase  61.51 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.54015 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2036  thymidylate synthase  61.28 
 
 		 264 aa  348  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2887  Thymidylate synthase  62.26 
 
 		 264 aa  348  7e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.189852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3014  thymidylate synthase  60.75 
 
 		 264 aa  347  9e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4007  thymidylate synthase  61.51 
 
 		 264 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.997554  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1751  thymidylate synthase  61.51 
 
 		 264 aa  347  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575891  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6100  thymidylate synthase  61.13 
 
 		 264 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.50271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2802  thymidylate synthase  60.75 
 
 		 264 aa  346  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395384  normal  0.702269 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1289  thymidylate synthase  60.38 
 
 		 264 aa  346  2e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.994913  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3195  thymidylate synthase  60.75 
 
 		 264 aa  346  2e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>