141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3529 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3529  hypothetical protein  100 
 
 		 186 aa  392  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3595  hypothetical protein  95.16 
 
 		 186 aa  380  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0192  hypothetical protein  48 
 
 		 150 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000685306  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2622  hypothetical protein  40.67 
 
 		 152 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0102  hypothetical protein  38 
 
 		 152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2735  hypothetical protein  25.56 
 
 		 194 aa  72  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3272  Protein-disulfide reductase  32.71 
 
 		 611 aa  61.6  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0226485 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.35 
 
 		 810 aa  57.4  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0805  Thioredoxin domain protein  27.36 
 
 		 270 aa  57  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.19 
 
 		 592 aa  55.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0591  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region/thioredoxin-related  33.02 
 
 		 471 aa  55.1  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.945166  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  34.65 
 
 		 603 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.07 
 
 		 565 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.62 
 
 		 608 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0217  protein of unknown function DUF255  29.41 
 
 		 517 aa  52.8  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.07 
 
 		 565 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.35 
 
 		 583 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.33 
 
 		 567 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.26 
 
 		 563 aa  52  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.97 
 
 		 565 aa  52.4  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  32.38 
 
 		 752 aa  52  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.33 
 
 		 567 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.33 
 
 		 567 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1568  protein-disulfide reductase  30 
 
 		 622 aa  51.2  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.314287  normal  0.0195641 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 		 604 aa  51.2  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  32.65 
 
 		 642 aa  51.2  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  30.43 
 
 		 618 aa  51.2  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0426  hypothetical protein  23.96 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0272126  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.32 
 
 		 567 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.37 
 
 		 583 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.32 
 
 		 567 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  22.73 
 
 		 449 aa  50.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.69 
 
 		 602 aa  50.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.13 
 
 		 466 aa  50.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.47 
 
 		 789 aa  50.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  31.58 
 
 		 626 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.7 
 
 		 610 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  33.93 
 
 		 586 aa  49.7  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.29 
 
 		 586 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0427  hypothetical protein  34.72 
 
 		 155 aa  50.1  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00405131  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3039  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  31.13 
 
 		 627 aa  49.7  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.67 
 
 		 602 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5366  Protein-disulfide reductase  34.38 
 
 		 648 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  30.85 
 
 		 575 aa  50.1  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.9 
 
 		 610 aa  49.7  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1792  Protein-disulfide reductase  34.38 
 
 		 645 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.611458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 		 613 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 		 613 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  31.48 
 
 		 603 aa  49.3  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2683  protein-disulfide reductase  31.82 
 
 		 654 aa  48.9  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 		 613 aa  48.9  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0278  protein-disulfide reductase  30.11 
 
 		 614 aa  48.9  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.108061 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  33.93 
 
 		 586 aa  48.5  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.72 
 
 		 619 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.13 
 
 		 624 aa  48.5  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2592  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.64 
 
 		 654 aa  48.5  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.63 
 
 		 613 aa  48.5  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3719  hypothetical protein  30.1 
 
 		 173 aa  48.5  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0526022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.72 
 
 		 619 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3717  thiol:disulfide interchange protein, putative  30.53 
 
 		 627 aa  48.5  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2602  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  30.53 
 
 		 627 aa  48.5  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3747  thiol:disulfide interchange protein DsbD  30.53 
 
 		 627 aa  48.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14193  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3140  putative thiol:disulfide interchange protein DsbD  30.53 
 
 		 627 aa  48.5  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1953  putative thiol:disulfide interchange protein DsbD  30.53 
 
 		 627 aa  48.5  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.684775  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3507  putative thiol:disulfide interchange protein DsbD  30.53 
 
 		 627 aa  48.5  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.456139  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1312  Protein-disulfide reductase  31.58 
 
 		 625 aa  48.5  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0091784  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 		 609 aa  48.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.72 
 
 		 631 aa  47.8  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.03 
 
 		 616 aa  47.8  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  29.03 
 
 		 616 aa  47.8  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2921  Protein-disulfide reductase  28.57 
 
 		 604 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351714 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2790  thiol:disulfide interchange protein DsbD  31.43 
 
 		 589 aa  47  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0343  protein-disulfide reductase  30.21 
 
 		 631 aa  47.4  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0138358 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0806  protein of unknown function DUF255  22.38 
 
 		 274 aa  47.8  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.862822  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 		 607 aa  47.4  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3775  thiol:disulfide interchange protein, putative  30.53 
 
 		 627 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0617  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.46 
 
 		 471 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  31.37 
 
 		 750 aa  47.4  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7116  thioredoxin domain protein  26.6 
 
 		 161 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  31.11 
 
 		 731 aa  47  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  29.79 
 
 		 570 aa  47  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.55 
 
 		 611 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  30.43 
 
 		 649 aa  46.6  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0305  protein-disulfide reductase  29.03 
 
 		 611 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.069977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0626  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.34 
 
 		 471 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.690861  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  30.61 
 
 		 600 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1087  thiol:disulfide interchange protein DsbD  28.26 
 
 		 582 aa  45.8  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524195  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  30.3 
 
 		 630 aa  46.2  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1913  thiol:disulfide interchange protein DsbD  30.3 
 
 		 489 aa  45.8  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00493276  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  31.96 
 
 		 605 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  30.67 
 
 		 581 aa  45.4  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.79 
 
 		 595 aa  45.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6280  protein-disulfide reductase  31.18 
 
 		 623 aa  45.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.432431 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.79 
 
 		 595 aa  45.4  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>