85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3385 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3385  protein-disulfide isomerase  100 
 
 		 167 aa  341  2.9999999999999997e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0861  protein-disulfide isomerase  87.43 
 
 		 167 aa  288  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0870  protein-disulfide isomerase  54.11 
 
 		 164 aa  157  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2967  protein-disulfide isomerase  49.29 
 
 		 159 aa  145  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2956  protein-disulfide isomerase-like protein  51.06 
 
 		 242 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1327  protein-disulfide isomerase-like protein  52.17 
 
 		 242 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00347079  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2546  protein-disulfide isomerase-like protein  48.23 
 
 		 235 aa  130  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000407273  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0850  hypothetical protein  45.11 
 
 		 268 aa  120  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.842936  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0323  protein-disulfide isomerase  43.38 
 
 		 250 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0260  protein-disulfide isomerase  44.85 
 
 		 250 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3784  protein-disulfide isomerase  38.81 
 
 		 253 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00018308  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1150  hypothetical protein  42.34 
 
 		 267 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000405305  normal  0.155093 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2587  hypothetical protein  36.25 
 
 		 179 aa  101  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0358064  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2143  putative thiol:disulphide interchange protein  32.61 
 
 		 241 aa  67  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0944083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6235  putative thiol:disulfide interchange protein  30.58 
 
 		 256 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2892  thiol:disulfide interchange protein  42.11 
 
 		 248 aa  62  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1535  hypothetical protein  35.66 
 
 		 264 aa  61.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.480424  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0933  hypothetical protein  29.32 
 
 		 254 aa  61.2  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.430203  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0346  disulfide isomerase  42.67 
 
 		 281 aa  61.2  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142829  normal  0.435746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1803  hypothetical protein  33.08 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000076837  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1124  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  33.33 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0525  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 245 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3584  thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 245 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.826532  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2917  thiol:disulfide interchange protein DsbC, putative  33.09 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0652  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0948  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3564  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3591  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.404848  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1918  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.09 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4180  protein-disulfide isomerase  36.84 
 
 		 249 aa  57.8  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0898923  hitchhiker  0.00161761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2768  thiol:disulfide interchange protein  38.16 
 
 		 248 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.342173 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3134  putative thiol:disulfide interchange protein  38.16 
 
 		 248 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.649028 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3663  putative protein disulfide-isomerase  31.34 
 
 		 242 aa  57  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.463587  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3035  thiol:disulfide interchange protein  30.77 
 
 		 249 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3505  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.32 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.616038  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3613  protein-disulfide isomerase-like  30.47 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0455  protein-disulfide isomerase-like protein  30.88 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0600413 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0526  protein-disulfide isomerase-like protein  29.69 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0431  protein-disulfide isomerase-like protein  29.85 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2579  protein-disulfide isomerase-like  29.69 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2868  protein-disulfide isomerase-like protein  29.69 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0799094  normal  0.459288 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0498  protein-disulfide isomerase-like protein  29.69 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3190  putative thiol:disulfide interchange protein  34.18 
 
 		 252 aa  54.7  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00541638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0985  thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.58 
 
 		 262 aa  53.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2250  hypothetical protein  29.32 
 
 		 284 aa  53.9  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000197952  decreased coverage  1.85525e-19 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2331  thiol:disulfide interchange protein DsbC  35.8 
 
 		 236 aa  53.1  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.442113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0463  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  28.77 
 
 		 246 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3509  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  27.69 
 
 		 233 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.074793 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6169  thiol-disulfide isomerase  32.54 
 
 		 238 aa  53.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00370649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3367  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  33.33 
 
 		 245 aa  51.6  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2681  hypothetical protein  29.2 
 
 		 262 aa  51.6  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000484489 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3504  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  35.14 
 
 		 241 aa  51.2  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478883  normal  0.0108218 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.19 
 
 		 247 aa  51.2  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2651  periplasmic thiol:disulfide interchange protein  29.13 
 
 		 272 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3004  protein-disulfide isomerase-like protein  29.2 
 
 		 262 aa  50.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0227664  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2445  putative thiol:disulphide interchange protein  30.65 
 
 		 239 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.547611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2318  periplasmic thiol:disulfide interchange protein  29.13 
 
 		 272 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0453  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  35.14 
 
 		 241 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2706  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  34.29 
 
 		 241 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3621  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.13 
 
 		 236 aa  48.1  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0884  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  26.98 
 
 		 246 aa  48.1  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.776267  normal  0.695906 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2931  Thioredoxin, conserved site  31.13 
 
 		 236 aa  48.1  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.353115  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0140  putative thiol:disulfide interchange protein  28.12 
 
 		 237 aa  48.1  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.303259  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0982  Protein-disulfide isomerase-like protein  27.27 
 
 		 294 aa  47.4  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00356461  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4644  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.21 
 
 		 240 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0452  hypothetical protein  27.59 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.912774  hitchhiker  0.000257257 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0275  thiol:disulfide interchange domain protein  27.59 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6799  protein-disulfide isomerase  37.7 
 
 		 276 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.475783  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0592  putative thiol:disulfide interchange protein  28.57 
 
 		 246 aa  45.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0154668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1537  periplasmic thiol:disulfide interchange protein  26.12 
 
 		 282 aa  45.1  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.584285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1531  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.03 
 
 		 272 aa  44.7  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.200888 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0796  thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.33 
 
 		 241 aa  44.7  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3227  thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.33 
 
 		 241 aa  44.7  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3330  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.82 
 
 		 241 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0153  putative thiol:disulfide interchange protein  27.64 
 
 		 238 aa  43.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.313521 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2787  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  26.81 
 
 		 254 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.856388  normal  0.976704 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0951  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.62 
 
 		 241 aa  42.4  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0748  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.72 
 
 		 242 aa  42.4  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000286403  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0664  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.39 
 
 		 251 aa  42.4  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0629017  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2069  protein disulfide isomerase  27.19 
 
 		 269 aa  42.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.191559999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2009  protein-disulfide isomerase-like protein  28.45 
 
 		 277 aa  42.7  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0221449  normal  0.336717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0806  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.08 
 
 		 241 aa  41.6  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0267  putative thiol:disulfide interchange protein  28.33 
 
 		 235 aa  41.6  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231487 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2172  DSBA oxidoreductase  26.43 
 
 		 267 aa  41.2  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2157  thiol:disulfide interchange protein DsbC  36.36 
 
 		 265 aa  40.4  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>