73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1728 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1728  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 333 aa  677    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5990  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.15 
 
 		 341 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.626097 
 
 
-
 
NC_003296  RS03032  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  49.21 
 
 		 346 aa  308  9e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.08661 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4122  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  48.58 
 
 		 342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4009  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  48.58 
 
 		 342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4505  NLPA lipoprotein  45.69 
 
 		 342 aa  300  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.826664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3455  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  48.7 
 
 		 347 aa  297  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6690  putative periplasmic substrate-binding subunit (ABC transporter)  47.13 
 
 		 338 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5982  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.79 
 
 		 334 aa  292  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5195  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.21 
 
 		 339 aa  292  6e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1399  ABC transporter periplasmic binding protein  44.91 
 
 		 341 aa  291  8e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.117419  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0340  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.04 
 
 		 339 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  45.48 
 
 		 345 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00383664  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3152  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.28 
 
 		 335 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2205  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 		 337 aa  288  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1797  ABC transporter periplasmic binding protein  44.01 
 
 		 340 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3889  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.97 
 
 		 335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.475299  normal  0.125658 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1299  ABC transporter periplasmic binding protein  48.21 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4137  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  46.39 
 
 		 341 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1388  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.53 
 
 		 317 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30920  ABC transporter, periplasmic binding protein  45.28 
 
 		 343 aa  283  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34770  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  43.28 
 
 		 340 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.429191  normal  0.0167014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0138  NLPA lipoprotein  44.31 
 
 		 341 aa  279  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2677  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.67 
 
 		 343 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  44.13 
 
 		 338 aa  278  7e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3151  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.23 
 
 		 330 aa  278  7e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30880  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.44 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0512  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.77 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3888  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.9 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0154  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.88 
 
 		 350 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0191  ABC transporter periplasmic-binding protein  44.95 
 
 		 339 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0170  ABC transporter, periplasmic binding protein  44.95 
 
 		 339 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  44.13 
 
 		 338 aa  275  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4888  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  43.03 
 
 		 332 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.962716  normal  0.144986 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5057  ABC transporter, periplasmic binding protein  44.65 
 
 		 339 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6192  ABC transporter substrate binding protein  46.6 
 
 		 343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6588  ABC transporter substrate binding protein  46.6 
 
 		 343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1244  ABC transporter substrate binding protein  46.6 
 
 		 343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.803249  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3603  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.49 
 
 		 350 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6250  ABC transporter substrate binding protein  45.71 
 
 		 351 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2170  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  43.11 
 
 		 350 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0189  ABC transporter, periplasmic binding protein  45.13 
 
 		 339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.366153 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6535  ABC transporter substrate binding protein  45.95 
 
 		 351 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3450  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.83 
 
 		 343 aa  266  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302208  hitchhiker  0.000774086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1606  NLPA lipoprotein  44.59 
 
 		 346 aa  265  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000297803 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0343  ABC transporter substrate-binding protein  44.59 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.658815  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6049  ABC transporter substrate binding protein  44.98 
 
 		 351 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2032  ABC transporter substrate binding protein  44.59 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596707  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1687  ABC transporter substrate binding protein  44.59 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0818  ABC transporter substrate binding protein  44.59 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106898  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1878  ABC transporter substrate binding protein  44.59 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.314195  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1866  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.59 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.346438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1120  ABC transporter, periplasmic binding protein  40.3 
 
 		 334 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0536  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  38.44 
 
 		 342 aa  235  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00532956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5060  ABC transporter substrate-binding protein  38.36 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2525  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.94 
 
 		 338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74884  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6244  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  38.17 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3590  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.13 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5326  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.74 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3930  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.13 
 
 		 341 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3496  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.42 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0231638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3259  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  36.19 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5095  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.5 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.296668  normal  0.288347 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.12 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5012  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.2 
 
 		 369 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0114898  normal  0.178041 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1211  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.56 
 
 		 321 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1573  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 		 326 aa  50.4  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.817202  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0481  NMT1/THI5 like domain protein  24.26 
 
 		 327 aa  48.9  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  22.12 
 
 		 349 aa  46.2  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  25.98 
 
 		 340 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3117  NLPA lipoprotein  23.67 
 
 		 385 aa  43.5  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4209  ABC taurine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.88 
 
 		 340 aa  43.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.494827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7798  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate- binding protein SsuA  28.57 
 
 		 300 aa  42.7  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>