66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1120 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1120  ABC transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 334 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4888  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  41.12 
 
 		 332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.962716  normal  0.144986 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34770  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  42.51 
 
 		 340 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.429191  normal  0.0167014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0138  NLPA lipoprotein  41.59 
 
 		 341 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3455  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  43.04 
 
 		 347 aa  265  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3889  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.19 
 
 		 335 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.475299  normal  0.125658 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3152  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.24 
 
 		 335 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  41.38 
 
 		 345 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00383664  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6588  ABC transporter substrate binding protein  42.11 
 
 		 343 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6192  ABC transporter substrate binding protein  42.11 
 
 		 343 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1244  ABC transporter substrate binding protein  42.11 
 
 		 343 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.803249  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2170  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  41.32 
 
 		 350 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541715  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5195  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.05 
 
 		 339 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0154  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.12 
 
 		 350 aa  259  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30920  ABC transporter, periplasmic binding protein  42.21 
 
 		 343 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3603  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.77 
 
 		 350 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0340  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.12 
 
 		 339 aa  256  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0512  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.16 
 
 		 366 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6535  ABC transporter substrate binding protein  42.72 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5057  ABC transporter, periplasmic binding protein  40.98 
 
 		 339 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6250  ABC transporter substrate binding protein  42.15 
 
 		 351 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2677  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.39 
 
 		 343 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1399  ABC transporter periplasmic binding protein  38.74 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.117419  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0191  ABC transporter periplasmic-binding protein  40.67 
 
 		 339 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1797  ABC transporter periplasmic binding protein  38.44 
 
 		 340 aa  249  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0170  ABC transporter, periplasmic binding protein  40.67 
 
 		 339 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2205  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.94 
 
 		 337 aa  249  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4137  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  41.75 
 
 		 341 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5990  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.92 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.626097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30880  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.48 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0189  ABC transporter, periplasmic binding protein  40.37 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.366153 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1388  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.48 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6049  ABC transporter substrate binding protein  42.07 
 
 		 351 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1728  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.01 
 
 		 333 aa  241  9e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03032  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  41.27 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.08661 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1878  ABC transporter substrate binding protein  41.53 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.314195  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2032  ABC transporter substrate binding protein  41.53 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596707  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0818  ABC transporter substrate binding protein  41.53 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106898  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1687  ABC transporter substrate binding protein  41.53 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0343  ABC transporter substrate-binding protein  41.53 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.658815  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1866  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.53 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.346438  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4505  NLPA lipoprotein  40.91 
 
 		 342 aa  238  9e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.826664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1299  ABC transporter periplasmic binding protein  38.64 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5982  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.18 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4122  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  39.75 
 
 		 342 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4009  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  39.75 
 
 		 342 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3151  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.17 
 
 		 330 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3888  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.84 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3450  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.25 
 
 		 343 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302208  hitchhiker  0.000774086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1606  NLPA lipoprotein  38.11 
 
 		 346 aa  212  9e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000297803 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6244  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  38.08 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6690  putative periplasmic substrate-binding subunit (ABC transporter)  36.08 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5060  ABC transporter substrate-binding protein  37.3 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0536  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  36.13 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00532956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2525  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.1 
 
 		 338 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74884  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  34.28 
 
 		 338 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3259  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  37.5 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  34.7 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940543  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3590  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.07 
 
 		 341 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3930  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.74 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5326  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.41 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3496  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.08 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0231638 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5095  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.35 
 
 		 119 aa  53.5  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.296668  normal  0.288347 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5012  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.68 
 
 		 369 aa  47.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0114898  normal  0.178041 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0400  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  23.83 
 
 		 316 aa  44.7  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.882612  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  24.56 
 
 		 349 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.778479 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>