42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2996 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2996  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 462 aa  946    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958202  normal  0.49053 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1875  TIR protein  41.94 
 
 		 564 aa  232  8.000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0361  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  30.47 
 
 		 387 aa  141  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6446  hypothetical protein  31.99 
 
 		 395 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0878976  normal  0.0413594 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.67 
 
 		 651 aa  69.7  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.35 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.16 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  22.98 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  26.69 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.89 
 
 		 318 aa  57  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  24.32 
 
 		 344 aa  55.1  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.24 
 
 		 308 aa  53.1  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.22 
 
 		 348 aa  52.8  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.26 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.69 
 
 		 323 aa  52.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.86 
 
 		 366 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.8 
 
 		 329 aa  51.2  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 		 317 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.06 
 
 		 358 aa  50.4  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.83 
 
 		 329 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.99 
 
 		 349 aa  49.3  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  27.34 
 
 		 357 aa  48.9  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  22.61 
 
 		 324 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.61 
 
 		 324 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.39 
 
 		 315 aa  48.5  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  26.16 
 
 		 319 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  24.62 
 
 		 316 aa  47.8  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.93 
 
 		 333 aa  48.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.12 
 
 		 317 aa  47.4  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.86 
 
 		 346 aa  47.4  0.0005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.79 
 
 		 329 aa  46.6  0.0009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  25.61 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  29.41 
 
 		 329 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  23.53 
 
 		 350 aa  45.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  32.91 
 
 		 313 aa  45.8  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2149  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.3 
 
 		 295 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0737588  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.23 
 
 		 323 aa  45.1  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.66 
 
 		 299 aa  43.5  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.49 
 
 		 333 aa  43.9  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.78 
 
 		 316 aa  43.5  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.15 
 
 		 317 aa  43.1  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  22.38 
 
 		 312 aa  43.1  0.01  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>