More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2153 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2153  response regulator receiver protein  100 
 
 		 167 aa  339  9e-93  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0689732  normal  0.426146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2205  response regulator receiver protein  62.96 
 
 		 153 aa  168  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0837995  normal  0.255714 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3011  response regulator receiver protein  61.48 
 
 		 145 aa  167  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0415054  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0540  response regulator receiver protein  61.48 
 
 		 153 aa  167  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4269  response regulator receiver protein  61.48 
 
 		 153 aa  166  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.306283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1115  response regulator receiver protein  61.03 
 
 		 149 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3261  response regulator  61.48 
 
 		 150 aa  160  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1813  response regulator receiver protein  58.82 
 
 		 156 aa  159  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0092  response regulator receiver protein  57.78 
 
 		 152 aa  156  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4420  response regulator receiver protein  58.52 
 
 		 149 aa  155  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.390394 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3218  response regulator receiver domain-containing protein  57.35 
 
 		 150 aa  154  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000302211  hitchhiker  0.000261654 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1826  response regulator receiver domain-containing protein  52.21 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1192  response regulator receiver domain-containing protein  57.66 
 
 		 147 aa  154  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0582118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0290  response regulator receiver protein  54.01 
 
 		 151 aa  153  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000140993  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0934  response regulator receiver protein  57.78 
 
 		 160 aa  152  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.152024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1795  response regulator receiver protein  55.56 
 
 		 153 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.225692 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0974  response regulator receiver protein  55.56 
 
 		 162 aa  152  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3142  response regulator receiver protein  54.17 
 
 		 164 aa  152  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.460947  normal  0.158986 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1757  response regulator receiver  55.15 
 
 		 149 aa  151  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.282821  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2794  response regulator receiver protein  53.47 
 
 		 155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.531019 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3286  response regulator receiver protein  54.81 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2355  response regulator receiver protein  54.81 
 
 		 153 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1955  response regulator receiver protein  54.81 
 
 		 153 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.205931  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3340  response regulator receiver protein  54.81 
 
 		 153 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1283  response regulator receiver protein  55.07 
 
 		 153 aa  145  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0282174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4198  response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 		 146 aa  142  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2198  response regulator receiver protein  51.63 
 
 		 152 aa  140  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.718868  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0679  response regulator receiver protein  48.95 
 
 		 144 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145382  normal  0.0176538 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4644  response regulator receiver protein  52.24 
 
 		 145 aa  136  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0382992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4413  response regulator receiver protein  48.15 
 
 		 152 aa  134  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0271352 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4351  response regulator receiver protein  48.15 
 
 		 152 aa  134  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2298  response regulator receiver domain-containing protein  52.03 
 
 		 146 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12586  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0449  response regulator receiver protein  50.37 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1008  response regulator  49.24 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04305  two-component system regulatory protein  46.72 
 
 		 146 aa  128  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2409  response regulator receiver protein  47.83 
 
 		 151 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0909  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0381  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2451  response regulator receiver  43.07 
 
 		 148 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.694561  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0473  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1933  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0175  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1843  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.682299  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1433  response regulator  48.2 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.826903  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2540  response regulator receiver protein  50.38 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2566  two component signal transduction response regulator  50.74 
 
 		 151 aa  127  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01274  putative two-component response regulator  46.62 
 
 		 150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3434  response regulator receiver protein  45.26 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0662678 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2131  response regulator receiver protein  45.07 
 
 		 148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.159262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1954  response regulator receiver protein  46.53 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2262  response regulator receiver protein  46.53 
 
 		 146 aa  124  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5135  response regulator receiver protein  43.06 
 
 		 146 aa  124  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000600577 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2693  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 154 aa  124  9e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5035  response regulator receiver protein  48.12 
 
 		 145 aa  123  9e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1869  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 146 aa  123  1e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.124922  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0554  response regulator receiver protein  46.67 
 
 		 156 aa  122  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1124  response regulator receiver protein  48.48 
 
 		 165 aa  122  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0708  response regulator receiver protein  46.72 
 
 		 154 aa  122  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0149  response regulator receiver protein  54.41 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.549388  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8462  response regulator receiver protein  48.12 
 
 		 149 aa  122  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0133  response regulator receiver protein  52.05 
 
 		 149 aa  121  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1654  response regulator receiver domain-containing protein  48.15 
 
 		 139 aa  121  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00207304  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3063  response regulator receiver domain-containing protein  45.11 
 
 		 147 aa  121  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0907373  normal  0.427952 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1811  response regulator receiver protein  46.48 
 
 		 153 aa  120  7e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.121023 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4791  response regulator receiver protein  47.37 
 
 		 147 aa  120  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.612255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4344  response regulator receiver domain-containing protein  46.21 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.676678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1704  response regulator receiver  45.45 
 
 		 139 aa  118  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.635187  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0789  response regulator receiver protein  43.17 
 
 		 148 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4332  response regulator receiver protein  49.25 
 
 		 144 aa  117  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3016  response regulator receiver protein  46.67 
 
 		 148 aa  116  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0684  response regulator receiver protein  45.26 
 
 		 148 aa  116  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0817521 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1265  response regulator receiver protein  46.72 
 
 		 149 aa  116  9.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2989  response regulator receiver protein  45.26 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.539609  normal  0.704166 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0039  response regulator receiver protein  46.21 
 
 		 149 aa  116  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138289 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22950  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  44.12 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.213656 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1519  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 181 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1578  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.649884  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2817  response regulator receiver protein  45.93 
 
 		 148 aa  114  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0947814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2877  response regulator receiver domain-containing protein  42.75 
 
 		 154 aa  114  8.999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2664  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 147 aa  113  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.213222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1549  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681265 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2147  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2342  response regulator receiver  45.26 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00382381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1144  response regulator receiver protein  44.36 
 
 		 150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.497845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2528  response regulator receiver protein  47.73 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1899  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 139 aa  112  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.727216  normal  0.206125 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3060  response regulator receiver protein  42.75 
 
 		 147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.527476  hitchhiker  0.00457067 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5359  response regulator receiver protein  44.36 
 
 		 148 aa  111  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0036  response regulator receiver protein  45.11 
 
 		 148 aa  110  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3878  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 146 aa  110  9e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.205471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3513  response regulator receiver domain-containing protein  41.73 
 
 		 150 aa  110  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.126367  normal  0.123274 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2268  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1356  response regulator receiver domain-containing protein  39.44 
 
 		 151 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2734  response regulator receiver protein  43.57 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.192545  normal  0.228442 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2690  response regulator receiver protein  43.57 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0483585  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4153  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 152 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4222  response regulator receiver protein  37.59 
 
 		 144 aa  110  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2720  response regulator receiver protein  43.57 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.227152  normal  0.416438 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6521  response regulator receiver protein  42.96 
 
 		 146 aa  109  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66047  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3248  response regulator receiver  43.18 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.264895  normal  0.0679711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>