28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3183 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3183  transport protein ShiF  100 
 
 		 397 aa  766    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4635  ShiF protein  90.82 
 
 		 397 aa  632  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0946  major facilitator superfamily MFS_1  77.84 
 
 		 403 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0923  major facilitator transporter  58.07 
 
 		 407 aa  388  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.462621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0188  major facilitator transporter  55.56 
 
 		 407 aa  352  5.9999999999999994e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.625816  hitchhiker  0.000266696 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0715  major facilitator transporter  55.05 
 
 		 407 aa  348  6e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0788  major facilitator transporter  55.05 
 
 		 407 aa  348  1e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0149  MFS transporter  37.03 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0584  major facilitator transporter  32.47 
 
 		 403 aa  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  hitchhiker  0.00471507 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3258  major facilitator transporter  27.5 
 
 		 392 aa  75.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0632671  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0868  major facilitator transporter  25.62 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201883 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2020  major facilitator transporter  25.79 
 
 		 449 aa  72.8  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34408 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03815  putative mfs transporter  24.39 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  25.77 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3283  major facilitator transporter  24.34 
 
 		 405 aa  57  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5063  major facilitator transporter  33.94 
 
 		 435 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.97469  hitchhiker  0.00674562 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2520  major facilitator transporter  23.68 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1927  major facilitator transporter  23.26 
 
 		 408 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0097  major facilitator transporter  25.68 
 
 		 440 aa  48.5  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0190  major facilitator transporter  23.51 
 
 		 388 aa  45.4  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1815  hypothetical protein  25.08 
 
 		 395 aa  45.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000414725  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  24.4 
 
 		 428 aa  45.1  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  24.73 
 
 		 392 aa  44.3  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  24.26 
 
 		 426 aa  43.9  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1570  major facilitator superfamily MFS_1  23.44 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0314  major facilitator superfamily MFS_1  30.58 
 
 		 396 aa  43.1  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  24.19 
 
 		 387 aa  43.1  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2993  major facilitator superfamily MFS_1  27.69 
 
 		 394 aa  43.1  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0641153  normal  0.947318 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>