More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_122 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_122  Ni/Fe hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit  100 
 
 
267 aa  563  1e-160  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0256  formate dehydrogenase beta subunit  98.88 
 
 
267 aa  559  1e-158  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0112  [Ni/Fe] hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  95.51 
 
 
267 aa  543  1e-154  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.240975  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1060  formate dehydrogenase beta subunit  45.75 
 
 
277 aa  236  4e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0770769 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3387  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.51 
 
 
281 aa  231  7.000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0778  formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  43.02 
 
 
277 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2266  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.35 
 
 
279 aa  222  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.29 
 
 
278 aa  222  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.74 
 
 
744 aa  221  9e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1579  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.32 
 
 
262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.93 
 
 
729 aa  216  4e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1115  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.7 
 
 
269 aa  209  5e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.49 
 
 
731 aa  208  7e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.18 
 
 
731 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  39.06 
 
 
731 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1800  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.78 
 
 
295 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.51699  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1199  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.23 
 
 
263 aa  201  9e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0284  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.91 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0528113  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.17 
 
 
372 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0169  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.49 
 
 
262 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.875219  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0665  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.78 
 
 
302 aa  189  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  39.7 
 
 
298 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1043  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.46 
 
 
280 aa  188  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3522  hydrogenase 2 protein HybA  43.58 
 
 
293 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.43405 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0462  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.6 
 
 
261 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1871  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.2 
 
 
300 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0678  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.64 
 
 
302 aa  185  7e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000723832 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2944  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  35.47 
 
 
255 aa  185  7e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.308792  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.83 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.393314  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0783  hydrogenase 2 protein HybA  37.74 
 
 
305 aa  183  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.311575  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1124  hydrogenase 2 protein HybA  44.44 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4620  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.62 
 
 
258 aa  182  6e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1944  hydrogenase 2 protein HybA  43.93 
 
 
311 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.422273  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3138  hydrogenase 2 protein HybA  42.79 
 
 
309 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2251  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.75 
 
 
353 aa  180  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000010611  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0291  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.71 
 
 
253 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105514  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0145  hydrogenase 2 protein HybA  36.9 
 
 
313 aa  180  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0798  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  39.47 
 
 
266 aa  180  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0652  hypothetical protein  37.59 
 
 
367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4238  hydrogenase 2 protein HybA  37.26 
 
 
308 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2406  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.26 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0152332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2601  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  36.11 
 
 
261 aa  179  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3373  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43 
 
 
258 aa  177  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0569  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.31 
 
 
352 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0525  hydrogenase 2 protein HybA  42.4 
 
 
316 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0508  hydrogenase 2 protein HybA  37.5 
 
 
317 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0876  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.71 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0513  hydrogenase 2 protein HybA  42.66 
 
 
317 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0106  formate dehydrogenase, beta subunit  38.43 
 
 
303 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2090  formate dehydrogenase beta subunit  39.23 
 
 
300 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134298 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0102  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  42.13 
 
 
304 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0480  hydrogenase 2 protein HybA  42.66 
 
 
317 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2592  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.58 
 
 
275 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3653  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.96 
 
 
307 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00120014  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1574  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  35.69 
 
 
262 aa  169  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4270  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.38 
 
 
271 aa  168  8e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4089  hydrogenase 2 protein HybA  39.24 
 
 
331 aa  168  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224971  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0439  formate dehydrogenase, beta subunit  41.62 
 
 
300 aa  168  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0101  formate dehydrogenase, beta subunit  37.96 
 
 
303 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0105  formate dehydrogenase, beta subunit  37.96 
 
 
303 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2699  formate dehydrogenase beta subunit  43.94 
 
 
311 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2639  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  41.06 
 
 
263 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.276206 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0085  formate dehydrogenase, beta subunit  36.7 
 
 
299 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0098  formate dehydrogenase beta subunit  41.62 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63580  nitrate-inducible formate dehydrogenase, beta subunit  42.93 
 
 
309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0103  formate dehydrogenase beta subunit  41.62 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3046  formate dehydrogenase, beta subunit  40.61 
 
 
302 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2053  formate dehydrogenase beta subunit  40.1 
 
 
294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1705  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.72 
 
 
302 aa  164  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.295488  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0490  formate dehydrogenase, beta subunit  42.93 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3973  hydrogenase 2 protein HybA  35.37 
 
 
351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.253471  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0103  formate dehydrogenase beta subunit  41.62 
 
 
304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0533  formate dehydrogenase, beta subunit  36.54 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1334  formate dehydrogenase, beta subunit  39.59 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5530  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit beta  42.93 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2518  formate dehydrogenase, beta subunit  40 
 
 
300 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.583749  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0524  formate dehydrogenase, beta subunit  42.93 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0545  formate dehydrogenase, beta subunit  42.93 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01433  formate dehydrogenase-N, Fe-S (beta) subunit, nitrate-inducible  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02872  hydrogenase 2 4Fe-4S ferredoxin-type component  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0700  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2172  formate dehydrogenase, beta subunit  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402414  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4308  hydrogenase 2 protein HybA  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01445  hypothetical protein  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3423  hydrogenase 2 protein HybA  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3465  hydrogenase 2 protein HybA  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1558  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1699  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.808171  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3282  hydrogenase 2 protein HybA  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2182  formate dehydrogenase, beta subunit  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02821  hypothetical protein  33.22 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1657  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  40.1 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1738  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  40.1 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.213918  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0697  hydrogenase 2 protein HybA  33.22 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2505  hydrogenase 2 protein HybA  31.76 
 
 
340 aa  162  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.13164 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1751  formate dehydrogenase beta subunit  40.1 
 
 
295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.587203  hitchhiker  0.00082122 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2087  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  40.1 
 
 
292 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1285  formate dehydrogenase, beta subunit  40.1 
 
 
302 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.519399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1428  formate dehydrogenase, beta subunit  40.5 
 
 
300 aa  162  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3176  hydrogenase 2 protein HybA  32.88 
 
 
328 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>