More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0533 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0533  formate dehydrogenase, beta subunit  100 
 
 
316 aa  657    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0490  formate dehydrogenase, beta subunit  97.47 
 
 
316 aa  646    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0545  formate dehydrogenase, beta subunit  95.91 
 
 
318 aa  635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0524  formate dehydrogenase, beta subunit  97.15 
 
 
316 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2699  formate dehydrogenase beta subunit  86.08 
 
 
311 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5530  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit beta  82.08 
 
 
309 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63580  nitrate-inducible formate dehydrogenase, beta subunit  81.76 
 
 
309 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2099  formate dehydrogenase beta subunit  70.75 
 
 
304 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.860048 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1682  formate dehydrogenase, beta subunit  69.73 
 
 
304 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.777312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0729  formate dehydrogenase, beta subunit  70.07 
 
 
304 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0708  formate dehydrogenase, beta subunit  70.07 
 
 
304 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1693  formate dehydrogenase, beta subunit  69.73 
 
 
304 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1900  formate dehydrogenase, beta subunit  69.73 
 
 
304 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2395  formate dehydrogenase, beta subunit  70.07 
 
 
304 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496326  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2258  formate dehydrogenase, beta subunit  69.73 
 
 
304 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.103418  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0572  formate dehydrogenase, beta subunit  69.73 
 
 
304 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0383957  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3880  formate dehydrogenase, beta subunit  69.39 
 
 
304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.670171  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3378  formate dehydrogenase, beta subunit  69.39 
 
 
304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749557  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3543  formate dehydrogenase, beta subunit  71.63 
 
 
304 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0467052  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4596  formate dehydrogenase, beta subunit  71.63 
 
 
304 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.247951  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4381  formate dehydrogenase, beta subunit  71.63 
 
 
304 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.762924  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3985  formate dehydrogenase, beta subunit  71.63 
 
 
304 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4519  formate dehydrogenase, beta subunit  69.31 
 
 
312 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1428  formate dehydrogenase, beta subunit  69.34 
 
 
300 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0085  formate dehydrogenase, beta subunit  66.78 
 
 
299 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1091  formate dehydrogenase, beta subunit  70.14 
 
 
311 aa  421  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  0.917887 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2518  formate dehydrogenase, beta subunit  69.61 
 
 
300 aa  423  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.583749  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1209  formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  73.02 
 
 
290 aa  419  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.796434  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3262  formate dehydrogenase, beta subunit  68.66 
 
 
305 aa  419  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4086  formate dehydrogenase beta subunit  69.82 
 
 
307 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.681709  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0039  formate dehydrogenase, beta subunit  69.01 
 
 
323 aa  414  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1817  formate dehydrogenase beta subunit  68.68 
 
 
295 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.814404  normal  0.117149 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03820  formate dehydrogenase, beta subunit  67.59 
 
 
297 aa  414  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217322  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6559  formate dehydrogenase, beta subunit  67.24 
 
 
310 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  hitchhiker  0.00275448 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3769  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  69.01 
 
 
323 aa  414  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2552  formate dehydrogenase beta subunit  68.21 
 
 
310 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1285  formate dehydrogenase, beta subunit  70.24 
 
 
302 aa  414  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.519399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4118  putative aerobic formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  69.01 
 
 
323 aa  414  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3489  formate dehydrogenase, beta subunit  70.88 
 
 
309 aa  411  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0543502  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4362  formate dehydrogenase-O iron-sulfur subunit  67.57 
 
 
300 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03778  formate dehydrogenase-O, Fe-S subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4121  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4091  formate dehydrogenase, beta subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03727  hypothetical protein  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4271  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.23 
 
 
300 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4316  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.23 
 
 
300 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4422  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4279  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4249  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.23 
 
 
300 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.896409  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2661  formate dehydrogenase, beta subunit  67.82 
 
 
302 aa  408  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.577915  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5343  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  66.78 
 
 
300 aa  407  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.82838 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4125  formate dehydrogenase, beta subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3046  formate dehydrogenase, beta subunit  70.11 
 
 
302 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4372  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  67.13 
 
 
300 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3326  formate dehydrogenase, beta subunit  69.5 
 
 
302 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.760474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1334  formate dehydrogenase, beta subunit  67.47 
 
 
302 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4427  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  66.55 
 
 
300 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01433  formate dehydrogenase-N, Fe-S (beta) subunit, nitrate-inducible  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2172  formate dehydrogenase, beta subunit  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402414  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3811  formate dehydrogenase, beta subunit  67.25 
 
 
291 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1558  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1699  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.808171  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2182  formate dehydrogenase, beta subunit  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1738  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  66.32 
 
 
294 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.213918  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01445  hypothetical protein  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1657  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  65.97 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3755  formate dehydrogenase beta subunit  66.78 
 
 
291 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2087  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  65.97 
 
 
292 aa  397  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3895  formate dehydrogenase, beta subunit  66.9 
 
 
291 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1683  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  62.72 
 
 
292 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1774  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  62.72 
 
 
294 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0796568  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1596  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  62.72 
 
 
294 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1685  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  62.72 
 
 
294 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1746  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  62.72 
 
 
294 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.644795  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2053  formate dehydrogenase beta subunit  63.54 
 
 
294 aa  385  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1751  formate dehydrogenase beta subunit  64.89 
 
 
295 aa  381  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.587203  hitchhiker  0.00082122 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2864  formate dehydrogenase, beta subunit  65.85 
 
 
313 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00319725  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0661  formate dehydrogenase, beta subunit  63.1 
 
 
323 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.205102  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2009  formate dehydrogenase, beta subunit  62.37 
 
 
290 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.340438  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2828  formate dehydrogenase, beta subunit  62.32 
 
 
332 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.73714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0098  formate dehydrogenase beta subunit  51.5 
 
 
304 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0103  formate dehydrogenase beta subunit  51.5 
 
 
304 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0103  formate dehydrogenase beta subunit  51.5 
 
 
304 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0102  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  53.47 
 
 
304 aa  322  4e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0105  formate dehydrogenase, beta subunit  52.43 
 
 
303 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0101  formate dehydrogenase, beta subunit  52.43 
 
 
303 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0106  formate dehydrogenase, beta subunit  52.43 
 
 
303 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2090  formate dehydrogenase beta subunit  52.08 
 
 
300 aa  315  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134298 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0869  formate dehydrogenase beta subunit  51.45 
 
 
296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0439  formate dehydrogenase, beta subunit  49.83 
 
 
300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3373  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.41 
 
 
258 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1574  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  41.79 
 
 
262 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2639  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  39.78 
 
 
263 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.276206 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4270  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  48.47 
 
 
271 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2592  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.16 
 
 
275 aa  199  7e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0798  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  38.19 
 
 
266 aa  185  9e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1824  formate dehydrogenase beta subunit  42.5 
 
 
270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2292  formate dehydrogenase beta subunit  41.04 
 
 
260 aa  182  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.317566  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0861  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.91 
 
 
270 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21830  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  41.87 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0866582 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>