More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0098 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0098  formate dehydrogenase beta subunit  100 
 
 
304 aa  635    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0103  formate dehydrogenase beta subunit  100 
 
 
304 aa  635    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0103  formate dehydrogenase beta subunit  99.67 
 
 
304 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0102  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  98.97 
 
 
304 aa  607  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0105  formate dehydrogenase, beta subunit  84.25 
 
 
303 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0101  formate dehydrogenase, beta subunit  84.25 
 
 
303 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0106  formate dehydrogenase, beta subunit  84.25 
 
 
303 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2090  formate dehydrogenase beta subunit  80.28 
 
 
300 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134298 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0439  formate dehydrogenase, beta subunit  69.79 
 
 
300 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1657  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.11 
 
 
294 aa  344  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2172  formate dehydrogenase, beta subunit  54.11 
 
 
294 aa  344  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402414  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2182  formate dehydrogenase, beta subunit  54.11 
 
 
294 aa  344  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1558  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.11 
 
 
294 aa  344  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01433  formate dehydrogenase-N, Fe-S (beta) subunit, nitrate-inducible  53.77 
 
 
294 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01445  hypothetical protein  53.77 
 
 
294 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1699  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  55.52 
 
 
294 aa  343  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.808171  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2087  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.11 
 
 
292 aa  343  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1683  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.9 
 
 
292 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1685  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.9 
 
 
294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1774  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.9 
 
 
294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0796568  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1746  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  54.9 
 
 
294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.644795  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1596  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  54.9 
 
 
294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1738  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  53.77 
 
 
294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.213918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03820  formate dehydrogenase, beta subunit  54.2 
 
 
297 aa  338  7e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217322  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1428  formate dehydrogenase, beta subunit  52.58 
 
 
300 aa  338  8e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3262  formate dehydrogenase, beta subunit  54.9 
 
 
305 aa  336  3.9999999999999995e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1334  formate dehydrogenase, beta subunit  50.5 
 
 
302 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2699  formate dehydrogenase beta subunit  52.63 
 
 
311 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3046  formate dehydrogenase, beta subunit  53.02 
 
 
302 aa  335  7e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1285  formate dehydrogenase, beta subunit  51.57 
 
 
302 aa  335  7e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.519399  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0039  formate dehydrogenase, beta subunit  54.39 
 
 
323 aa  333  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2661  formate dehydrogenase, beta subunit  50.17 
 
 
302 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.577915  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3769  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  54.39 
 
 
323 aa  333  3e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4118  putative aerobic formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  54.39 
 
 
323 aa  333  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2053  formate dehydrogenase beta subunit  52.78 
 
 
294 aa  332  5e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2518  formate dehydrogenase, beta subunit  52.65 
 
 
300 aa  332  6e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.583749  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1751  formate dehydrogenase beta subunit  53.74 
 
 
295 aa  332  7.000000000000001e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.587203  hitchhiker  0.00082122 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4086  formate dehydrogenase beta subunit  49.5 
 
 
307 aa  331  1e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.681709  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0524  formate dehydrogenase, beta subunit  51.5 
 
 
316 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0085  formate dehydrogenase, beta subunit  51.75 
 
 
299 aa  329  4e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0490  formate dehydrogenase, beta subunit  51.16 
 
 
316 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5343  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  6e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.82838 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4422  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03778  formate dehydrogenase-O, Fe-S subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4121  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4091  formate dehydrogenase, beta subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03727  hypothetical protein  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4125  formate dehydrogenase, beta subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0545  formate dehydrogenase, beta subunit  50.16 
 
 
318 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0533  formate dehydrogenase, beta subunit  51.5 
 
 
316 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4279  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4372  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  325  7e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3880  formate dehydrogenase, beta subunit  50 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.670171  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3378  formate dehydrogenase, beta subunit  50 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749557  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4427  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.68 
 
 
300 aa  318  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4316  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4271  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4249  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.896409  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5530  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit beta  49.17 
 
 
309 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4362  formate dehydrogenase-O iron-sulfur subunit  50.34 
 
 
300 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63580  nitrate-inducible formate dehydrogenase, beta subunit  49.17 
 
 
309 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1682  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.777312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0729  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1693  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1900  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2395  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496326  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2258  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.103418  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0572  formate dehydrogenase, beta subunit  49.67 
 
 
304 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0383957  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0708  formate dehydrogenase, beta subunit  49.35 
 
 
304 aa  315  4e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4596  formate dehydrogenase, beta subunit  51.41 
 
 
304 aa  315  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.247951  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3326  formate dehydrogenase, beta subunit  50.66 
 
 
302 aa  315  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.760474 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2099  formate dehydrogenase beta subunit  48.69 
 
 
304 aa  315  8e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.860048 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1209  formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  53.74 
 
 
290 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.796434  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6559  formate dehydrogenase, beta subunit  49.02 
 
 
310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  hitchhiker  0.00275448 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1817  formate dehydrogenase beta subunit  50.88 
 
 
295 aa  312  4.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.814404  normal  0.117149 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4381  formate dehydrogenase, beta subunit  51.41 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.762924  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3985  formate dehydrogenase, beta subunit  51.41 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3543  formate dehydrogenase, beta subunit  51.41 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0467052  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3489  formate dehydrogenase, beta subunit  50 
 
 
309 aa  308  9e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0543502  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4519  formate dehydrogenase, beta subunit  46.41 
 
 
312 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2552  formate dehydrogenase beta subunit  50 
 
 
310 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3895  formate dehydrogenase, beta subunit  53.77 
 
 
291 aa  302  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3755  formate dehydrogenase beta subunit  53.42 
 
 
291 aa  300  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3811  formate dehydrogenase, beta subunit  53.08 
 
 
291 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1091  formate dehydrogenase, beta subunit  48.94 
 
 
311 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  0.917887 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0661  formate dehydrogenase, beta subunit  48.18 
 
 
323 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.205102  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2009  formate dehydrogenase, beta subunit  46.98 
 
 
290 aa  285  5e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.340438  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2864  formate dehydrogenase, beta subunit  47.19 
 
 
313 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00319725  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2828  formate dehydrogenase, beta subunit  45.48 
 
 
332 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.73714  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0869  formate dehydrogenase beta subunit  41.64 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3373  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.01 
 
 
258 aa  212  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4270  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.81 
 
 
271 aa  209  5e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2639  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  38.29 
 
 
263 aa  209  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.276206 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1574  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  39.61 
 
 
262 aa  207  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1824  formate dehydrogenase beta subunit  42.62 
 
 
270 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0798  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  39.02 
 
 
266 aa  201  9e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2592  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.27 
 
 
275 aa  200  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1681  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.27 
 
 
307 aa  172  5e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.175927  normal  0.368411 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11270  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  36.4 
 
 
299 aa  168  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.594365  normal  0.467131 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_122  Ni/Fe hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit  41.62 
 
 
267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>