More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4089 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4089  hydrogenase 2 protein HybA  100 
 
 
331 aa  684    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224971  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3973  hydrogenase 2 protein HybA  70.81 
 
 
351 aa  503  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.253471  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2505  hydrogenase 2 protein HybA  50.91 
 
 
340 aa  348  7e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.13164 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1411  hydrogenase 2 protein HybA  46.29 
 
 
338 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3423  hydrogenase 2 protein HybA  44.98 
 
 
328 aa  297  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3176  hydrogenase 2 protein HybA  44.68 
 
 
328 aa  295  6e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0697  hydrogenase 2 protein HybA  44.68 
 
 
328 aa  294  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02872  hydrogenase 2 4Fe-4S ferredoxin-type component  44.68 
 
 
328 aa  294  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0700  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.68 
 
 
328 aa  294  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3465  hydrogenase 2 protein HybA  44.68 
 
 
328 aa  294  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4308  hydrogenase 2 protein HybA  44.68 
 
 
328 aa  294  2e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3282  hydrogenase 2 protein HybA  44.68 
 
 
328 aa  294  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02821  hypothetical protein  44.68 
 
 
328 aa  294  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2533  hydrogenase 2 protein HybA  45.99 
 
 
338 aa  291  9e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.412002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3497  hydrogenase 2 protein HybA  44.98 
 
 
328 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.21582  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3402  hydrogenase 2 protein HybA  44.98 
 
 
328 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.38482  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3396  hydrogenase 2 protein HybA  44.98 
 
 
328 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3331  hydrogenase 2 protein HybA  44.98 
 
 
328 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.791401  normal  0.586002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3322  hydrogenase 2 protein HybA  44.98 
 
 
328 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.521009  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1944  hydrogenase 2 protein HybA  41.89 
 
 
311 aa  261  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.422273  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0145  hydrogenase 2 protein HybA  41.52 
 
 
313 aa  259  4e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1124  hydrogenase 2 protein HybA  41.07 
 
 
309 aa  256  4e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3138  hydrogenase 2 protein HybA  41.07 
 
 
309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0783  hydrogenase 2 protein HybA  42.42 
 
 
305 aa  251  1e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.311575  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3522  hydrogenase 2 protein HybA  44.13 
 
 
293 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.43405 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4238  hydrogenase 2 protein HybA  39.75 
 
 
308 aa  222  7e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0525  hydrogenase 2 protein HybA  41.67 
 
 
316 aa  215  7e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0508  hydrogenase 2 protein HybA  40.53 
 
 
317 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0513  hydrogenase 2 protein HybA  40.42 
 
 
317 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0480  hydrogenase 2 protein HybA  39.34 
 
 
317 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1800  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.25 
 
 
295 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.51699  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0569  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.47 
 
 
352 aa  176  6e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0112  [Ni/Fe] hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  40.6 
 
 
267 aa  171  2e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.240975  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_122  Ni/Fe hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit  39.24 
 
 
267 aa  168  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0256  formate dehydrogenase beta subunit  39.24 
 
 
267 aa  168  1e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2251  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.55 
 
 
353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000010611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  37.07 
 
 
298 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1871  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.52 
 
 
300 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3387  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.41 
 
 
281 aa  160  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1199  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.89 
 
 
263 aa  159  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1115  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.02 
 
 
269 aa  159  8e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.18 
 
 
300 aa  158  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.393314  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2406  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.75 
 
 
370 aa  156  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0152332 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0652  hypothetical protein  30.51 
 
 
367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0284  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.97 
 
 
244 aa  155  7e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0528113  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35 
 
 
372 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1043  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.33 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0665  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.91 
 
 
302 aa  152  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1705  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.48 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.295488  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.51 
 
 
731 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0876  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.91 
 
 
352 aa  152  8e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  35.14 
 
 
731 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2944  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.32 
 
 
255 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.308792  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.52 
 
 
278 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.14 
 
 
731 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0678  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.55 
 
 
302 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000723832 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0291  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.43 
 
 
253 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105514  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0462  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.07 
 
 
261 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0169  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.32 
 
 
262 aa  149  9e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.875219  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1060  formate dehydrogenase beta subunit  37.82 
 
 
277 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0770769 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2266  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.33 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.18 
 
 
744 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0778  formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  34.68 
 
 
277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.44 
 
 
729 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2601  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  36.44 
 
 
261 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2039  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.07 
 
 
367 aa  143  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1579  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.23 
 
 
262 aa  143  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3653  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.94 
 
 
307 aa  142  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00120014  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0798  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  35.15 
 
 
266 aa  139  8.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4620  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.29 
 
 
258 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03820  formate dehydrogenase, beta subunit  36.36 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217322  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0105  formate dehydrogenase, beta subunit  35.35 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0106  formate dehydrogenase, beta subunit  35.35 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0101  formate dehydrogenase, beta subunit  35.35 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3326  formate dehydrogenase, beta subunit  39.5 
 
 
302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.760474 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2828  formate dehydrogenase, beta subunit  37.5 
 
 
332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.73714  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1334  formate dehydrogenase, beta subunit  29.53 
 
 
302 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1751  formate dehydrogenase beta subunit  35.05 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.587203  hitchhiker  0.00082122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2699  formate dehydrogenase beta subunit  39.13 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.120385 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01433  formate dehydrogenase-N, Fe-S (beta) subunit, nitrate-inducible  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1558  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2661  formate dehydrogenase, beta subunit  34.17 
 
 
302 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.577915  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2172  formate dehydrogenase, beta subunit  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402414  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3489  formate dehydrogenase, beta subunit  37.19 
 
 
309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0543502  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01445  hypothetical protein  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1738  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.213918  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2182  formate dehydrogenase, beta subunit  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1657  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.16 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1699  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.16 
 
 
294 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.808171  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0524  formate dehydrogenase, beta subunit  37.3 
 
 
316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0490  formate dehydrogenase, beta subunit  37.3 
 
 
316 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2087  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.17 
 
 
292 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0708  formate dehydrogenase, beta subunit  36.63 
 
 
304 aa  126  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2518  formate dehydrogenase, beta subunit  34.33 
 
 
300 aa  126  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.583749  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0729  formate dehydrogenase, beta subunit  36.14 
 
 
304 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2090  formate dehydrogenase beta subunit  37.14 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134298 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2395  formate dehydrogenase, beta subunit  36.14 
 
 
304 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496326  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1682  formate dehydrogenase, beta subunit  36.14 
 
 
304 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.777312  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1900  formate dehydrogenase, beta subunit  36.14 
 
 
304 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2258  formate dehydrogenase, beta subunit  36.14 
 
 
304 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.103418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>