More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2266 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2266  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 
279 aa  580  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  97.49 
 
 
278 aa  564  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3387  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  85.25 
 
 
281 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0778  formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  77.49 
 
 
277 aa  461  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1060  formate dehydrogenase beta subunit  78.46 
 
 
277 aa  449  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0770769 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  42.91 
 
 
744 aa  235  6e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1199  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.58 
 
 
263 aa  231  8.000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0169  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.51 
 
 
262 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.875219  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0462  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.82 
 
 
261 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1115  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.19 
 
 
269 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  38.98 
 
 
729 aa  228  6e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.9 
 
 
731 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.25 
 
 
731 aa  224  9e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  41.26 
 
 
731 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_122  Ni/Fe hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit  42.35 
 
 
267 aa  222  4e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0256  formate dehydrogenase beta subunit  42.35 
 
 
267 aa  221  8e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0112  [Ni/Fe] hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  41.57 
 
 
267 aa  217  1e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.240975  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1579  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.86 
 
 
262 aa  212  7e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2944  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.22 
 
 
255 aa  208  9e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.308792  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4620  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.62 
 
 
258 aa  205  6e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2601  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40.32 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2251  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.3 
 
 
353 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000010611  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0284  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.02 
 
 
244 aa  195  5.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0528113  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1871  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.05 
 
 
300 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3522  hydrogenase 2 protein HybA  36.5 
 
 
293 aa  191  9e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.43405 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0665  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.61 
 
 
302 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1800  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.83 
 
 
295 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.51699  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.67 
 
 
300 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.393314  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2406  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.4 
 
 
370 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0152332 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.55 
 
 
372 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0569  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.25 
 
 
352 aa  189  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  42.64 
 
 
298 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0652  hypothetical protein  38.4 
 
 
367 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0678  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.97 
 
 
302 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000723832 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0291  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.89 
 
 
253 aa  186  5e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105514  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0876  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.26 
 
 
352 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3653  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.46 
 
 
307 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00120014  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1705  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.76 
 
 
302 aa  175  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.295488  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1043  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.47 
 
 
280 aa  175  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2639  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  36.36 
 
 
263 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.276206 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1944  hydrogenase 2 protein HybA  35.29 
 
 
311 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.422273  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2592  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.38 
 
 
275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3138  hydrogenase 2 protein HybA  33.69 
 
 
309 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1124  hydrogenase 2 protein HybA  33.69 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1574  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  36.88 
 
 
262 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0783  hydrogenase 2 protein HybA  34.88 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.311575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0145  hydrogenase 2 protein HybA  36.8 
 
 
313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3373  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.21 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1824  formate dehydrogenase beta subunit  36.84 
 
 
270 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21830  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  40.37 
 
 
296 aa  160  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0866582 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4238  hydrogenase 2 protein HybA  32.51 
 
 
308 aa  159  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2533  hydrogenase 2 protein HybA  35.15 
 
 
338 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.412002  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2039  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.27 
 
 
367 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0798  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  44.02 
 
 
266 aa  155  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1681  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.51 
 
 
307 aa  153  4e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.175927  normal  0.368411 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1411  hydrogenase 2 protein HybA  33.11 
 
 
338 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11270  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  36.93 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.594365  normal  0.467131 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4270  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.88 
 
 
271 aa  152  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0508  hydrogenase 2 protein HybA  32.75 
 
 
317 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0525  hydrogenase 2 protein HybA  33.33 
 
 
316 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1209  formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  39.41 
 
 
290 aa  149  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.796434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0545  formate dehydrogenase, beta subunit  34.64 
 
 
318 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4519  formate dehydrogenase, beta subunit  40.39 
 
 
312 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0480  hydrogenase 2 protein HybA  37.02 
 
 
317 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0513  hydrogenase 2 protein HybA  36.6 
 
 
317 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0490  formate dehydrogenase, beta subunit  35.74 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4089  hydrogenase 2 protein HybA  34.33 
 
 
331 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224971  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0524  formate dehydrogenase, beta subunit  35.74 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2699  formate dehydrogenase beta subunit  39.71 
 
 
311 aa  145  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2099  formate dehydrogenase beta subunit  34.08 
 
 
304 aa  145  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.860048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3973  hydrogenase 2 protein HybA  30.7 
 
 
351 aa  145  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.253471  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3378  formate dehydrogenase, beta subunit  34.77 
 
 
304 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749557  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3880  formate dehydrogenase, beta subunit  34.77 
 
 
304 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.670171  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01433  formate dehydrogenase-N, Fe-S (beta) subunit, nitrate-inducible  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2172  formate dehydrogenase, beta subunit  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402414  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0533  formate dehydrogenase, beta subunit  39.41 
 
 
316 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2182  formate dehydrogenase, beta subunit  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01445  hypothetical protein  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1699  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.808171  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1558  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1657  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  36.54 
 
 
294 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0708  formate dehydrogenase, beta subunit  33.21 
 
 
304 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4596  formate dehydrogenase, beta subunit  36.05 
 
 
304 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.247951  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3262  formate dehydrogenase, beta subunit  40.1 
 
 
305 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0439  formate dehydrogenase, beta subunit  39.41 
 
 
300 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1738  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  36.06 
 
 
294 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.213918  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4381  formate dehydrogenase, beta subunit  34.92 
 
 
304 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.762924  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3985  formate dehydrogenase, beta subunit  34.92 
 
 
304 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2090  formate dehydrogenase beta subunit  39.8 
 
 
300 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134298 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3543  formate dehydrogenase, beta subunit  34.92 
 
 
304 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0467052  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3046  formate dehydrogenase, beta subunit  38.81 
 
 
302 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02872  hydrogenase 2 4Fe-4S ferredoxin-type component  35.48 
 
 
328 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0700  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.48 
 
 
328 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3282  hydrogenase 2 protein HybA  35.48 
 
 
328 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02821  hypothetical protein  35.48 
 
 
328 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6559  formate dehydrogenase, beta subunit  32.6 
 
 
310 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  hitchhiker  0.00275448 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4308  hydrogenase 2 protein HybA  35.48 
 
 
328 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3465  hydrogenase 2 protein HybA  35.48 
 
 
328 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3423  hydrogenase 2 protein HybA  34.63 
 
 
328 aa  143  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2087  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  36.06 
 
 
292 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>