245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2239 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2239  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 56 aa  113  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.108053  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0097  50S ribosomal protein L30  78.57 
 
 		 56 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.108985 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1747  50S ribosomal protein L30  69.64 
 
 		 56 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.652105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2047  ribosomal protein L30  65.45 
 
 		 60 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000587812  hitchhiker  0.00892932 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0678  ribosomal protein L30  60 
 
 		 58 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2756  ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 56 aa  60.8  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.133324  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09820  LSU ribosomal protein L30P  55.36 
 
 		 63 aa  58.2  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0340252  hitchhiker  0.0000167701 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 		 61 aa  57  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000128267  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3425  50S ribosomal protein L30  54.72 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0865  50S ribosomal protein L30P  53.57 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.012953  hitchhiker  0.0056399 
 
 
-
 
NC_002950  PG1920  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 		 58 aa  55.1  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  50.94 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  54.72 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000107725  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0379  50S ribosomal protein L30  54.72 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2693  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  53.9  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2754  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.21278  normal  0.252738 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3931  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  52.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  50.91 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 62 aa  53.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000321281  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 		 65 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2889  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201439  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 59 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 65 aa  52  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000491198  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 64 aa  51.2  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  47.27 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 59 aa  50.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 59 aa  50.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  50.4  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 66 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  50.91 
 
 		 61 aa  50.1  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2601  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 58 aa  50.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00274852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3001  50S ribosomal protein L30  46.3 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 61 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 58 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 62 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1849  50S ribosomal protein L30  50.94 
 
 		 62 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.935152 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000866459  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 58 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000219229  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000664675  unclonable  0.000000038279 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  47.27 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 61 aa  48.9  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 61 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000405636 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 62 aa  48.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  41.82 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  48.1  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  50.94 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0493  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  49.09 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0338  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0500477  hitchhiker  0.00104601 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0273  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 59 aa  47.8  0.00005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0832356  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 59 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1632  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 63 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 63 aa  47.4  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 		 60 aa  47.4  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  47.27 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0068  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 62 aa  47.4  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.02253  hitchhiker  0.000000000000613726 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 58 aa  47.4  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>