120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0036 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000203357  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0060  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000216222  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0010  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000189735  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0080  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0031  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647879  normal  0.980358 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0025  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0007  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00278469  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0272  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2522  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2533  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122772  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0263  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.534581  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2226  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000065452  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0002  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000768997  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163929  normal  0.13344 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0063  tRNA-Pro  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>