More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3115 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3115  inducible ATP-independent RNA helicase  100 
 
 
457 aa  934    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09353  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  48.64 
 
 
372 aa  362  9e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.170333  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2850  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.83 
 
 
444 aa  333  3e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.8 
 
 
581 aa  303  6.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0434047 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.12 
 
 
584 aa  290  3e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0086  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.41 
 
 
604 aa  290  4e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.389821 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0666  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.97 
 
 
625 aa  286  7e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477317  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2402  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.84 
 
 
634 aa  280  3e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.208521  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.91 
 
 
538 aa  280  4e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08811  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  40.05 
 
 
623 aa  279  6e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490393  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.43 
 
 
546 aa  279  7e-74  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.14 
 
 
541 aa  278  2e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.14 
 
 
546 aa  278  2e-73  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.04 
 
 
529 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.18 
 
 
590 aa  273  6e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.93 
 
 
528 aa  271  1e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1307  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.55 
 
 
657 aa  271  1e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.398232  normal  0.396333 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.26 
 
 
530 aa  271  2e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000341148  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0981  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.57 
 
 
405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00015169  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0145  ATP-dependent RNA helicase  39.37 
 
 
579 aa  270  4e-71  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432053  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18210  DNA/RNA helicase, superfamily II  38.02 
 
 
614 aa  269  7e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.461192  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.46 
 
 
664 aa  267  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.46 
 
 
664 aa  267  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4337  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.62 
 
 
485 aa  267  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.590668 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4277  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.62 
 
 
485 aa  267  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.46 
 
 
664 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  39.84 
 
 
527 aa  266  5e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.11 
 
 
621 aa  266  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2473  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.69 
 
 
530 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.11 
 
 
625 aa  265  8.999999999999999e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.11 
 
 
632 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.83 
 
 
653 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.11 
 
 
655 aa  265  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  38.21 
 
 
629 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.21 
 
 
629 aa  263  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.58 
 
 
507 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.21 
 
 
629 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.21 
 
 
629 aa  263  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  38.21 
 
 
629 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.21 
 
 
651 aa  263  4e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.21 
 
 
651 aa  263  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.21 
 
 
629 aa  263  4e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.21 
 
 
651 aa  263  4e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.13 
 
 
606 aa  263  6e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3203  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  41.06 
 
 
581 aa  261  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185856  normal  0.0248784 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  41.16 
 
 
529 aa  260  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.16 
 
 
525 aa  260  4e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  41.16 
 
 
528 aa  260  4e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  41.16 
 
 
525 aa  260  4e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14060  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.25 
 
 
669 aa  260  4e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.16 
 
 
528 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  41.16 
 
 
528 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.16 
 
 
528 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  41.16 
 
 
528 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  41.16 
 
 
533 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.63 
 
 
533 aa  259  5.0000000000000005e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.26 
 
 
629 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.45 
 
 
538 aa  259  6e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.26 
 
 
629 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.83 
 
 
624 aa  259  6e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.26 
 
 
629 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.32 
 
 
511 aa  259  6e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.67 
 
 
498 aa  259  7e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0681922  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.23 
 
 
594 aa  259  7e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.26 
 
 
629 aa  259  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  40.86 
 
 
574 aa  259  9e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.2 
 
 
527 aa  259  9e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4475  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.67 
 
 
457 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.29 
 
 
530 aa  258  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.09 
 
 
643 aa  258  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.97 
 
 
629 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.57 
 
 
528 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.989648  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  37.79 
 
 
580 aa  258  2e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0642  DEAD/DEAH box helicase-like  37.43 
 
 
513 aa  256  4e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.770015  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2900  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  37.6 
 
 
450 aa  256  4e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000426255  normal  0.0366346 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2223  ATP-dependent RNA helicase  37.6 
 
 
450 aa  256  6e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.81 
 
 
591 aa  256  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2496  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  37.6 
 
 
450 aa  256  6e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1166  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.96 
 
 
565 aa  256  6e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.400384 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0454  superfamily II DNA/RNA helicase  37.94 
 
 
528 aa  256  6e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.02 
 
 
589 aa  256  6e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.49 
 
 
482 aa  256  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2509  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.6 
 
 
447 aa  256  8e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000655646  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2269  ATP-dependent RNA helicase  37.6 
 
 
450 aa  256  8e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.64 
 
 
514 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2301  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.6 
 
 
450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2475  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.6 
 
 
450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1767  DEAD/DEAH box helicase-like  40.17 
 
 
540 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2430  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  37.05 
 
 
458 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2571  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  37.05 
 
 
454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.108731  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  39.57 
 
 
414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17560  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.88 
 
 
731 aa  254  2.0000000000000002e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0588083  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.9 
 
 
545 aa  253  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.46 
 
 
509 aa  254  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.05 
 
 
450 aa  254  3e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000706088  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  35.96 
 
 
482 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  35.96 
 
 
482 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  35.96 
 
 
482 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2005  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.68 
 
 
589 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.343146 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  35.96 
 
 
481 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>