More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3873 on replicon NC_010580
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010580  Bind_3873  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 114 aa  224  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3302  histone family protein DNA-binding protein  56.31 
 
 		 103 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2223  histone-like DNA-binding protein  56.31 
 
 		 99 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167078  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1892  histone-like DNA-binding protein  56.31 
 
 		 99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.127774  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0506  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 113 aa  110  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2889  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2570  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 103 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153963  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2397  histone-like DNA-binding protein  58.62 
 
 		 104 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.806116  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  44 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  42.67 
 
 		 90 aa  70.1  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  48.65 
 
 		 91 aa  70.1  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  42.5 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  41.25 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  42.5 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  42.5 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  42.5 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43920  histone-like DNA-binding protein  42.67 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2379  histone family protein DNA-binding protein  44.3 
 
 		 90 aa  67  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.18589  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1488  histone-like DNA-binding protein  44.3 
 
 		 90 aa  67  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2467  histone family protein DNA-binding protein  44.3 
 
 		 90 aa  67  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.327101  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  45.07 
 
 		 90 aa  67  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3494  histone family protein DNA-binding protein  38.27 
 
 		 90 aa  67  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000668206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 		 92 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3756  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000231467  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3778  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000704337  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1474  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000112809  hitchhiker  0.00000484208 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3574  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000204463  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3473  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.59147e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3486  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000148823  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3827  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000818253  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1918  histone family protein DNA-binding protein  40.7 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000225021  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1454  integration host factor subunit alpha  38.14 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  45.33 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3858  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000587043  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0070  nucleoid protein Hbs  37.33 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0240129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3740  DNA-binding protein HU  38.27 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000145695 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  41.25 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2394  integration host factor subunit alpha  38.14 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  41.25 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  42.67 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000237544  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  43.24 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  42.5 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  42.67 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2853  integration host factor subunit alpha  35.42 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.769617  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  41.25 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  43.66 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0525  nucleoid protein Hbs  40.24 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00046461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  40 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  42.67 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2848  integration host factor subunit alpha  34.69 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504476 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  37.78 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  44 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1882  integration host factor alpha-subunit  36.96 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.027165 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  42.67 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  42.67 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  43.75 
 
 		 91 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4610  integration host factor subunit alpha  39.36 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428618  normal  0.0608017 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  33 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  37.65 
 
 		 91 aa  63.9  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  41.86 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  34.83 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0186  histone family protein DNA-binding protein  42.47 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  42.67 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  44 
 
 		 105 aa  63.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  41.33 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1031  histone family protein DNA-binding protein  36.49 
 
 		 94 aa  63.5  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl201  histone-like DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.25153  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3095  integration host factor subunit alpha  34.38 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0706803 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4202  histone family protein DNA-binding protein  39.24 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.806562  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1342  integration host factor, alpha subunit  36.96 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>