45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1639 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1639  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  290  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.866433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  97.14 
 
 		 272 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  82.35 
 
 		 272 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  82.35 
 
 		 272 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  82.35 
 
 		 272 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  74.07 
 
 		 275 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 265 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 301 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 266 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  62.96 
 
 		 262 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 261 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  37.37 
 
 		 183 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  48.72 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  48.72 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  48.72 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  48.72 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  48.72 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  36.36 
 
 		 183 aa  43.5  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  48.72 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  48.72 
 
 		 209 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  41.07 
 
 		 184 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  48.72 
 
 		 199 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  54.05 
 
 		 227 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 263 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  46.15 
 
 		 184 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  46.15 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  46.15 
 
 		 169 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  46.15 
 
 		 184 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  46.15 
 
 		 184 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 274 aa  40.8  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 280 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 280 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  46.15 
 
 		 169 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 257 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 266 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 266 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 257 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 266 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 257 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  43.64 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 299 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 257 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  35.51 
 
 		 190 aa  40.4  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  46.15 
 
 		 162 aa  40  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>