245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0709 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0709  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  100 
 
 		 279 aa  554  1e-157  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2754  alpha-L-glutamate ligase  41.45 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0894554  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.6 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 338 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 331 aa  106  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 336 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  34.6 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  34.6 
 
 		 336 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  34.6 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.66 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3037  alpha-L-glutamate ligase  32.58 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.342883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3770  S6 modification enzyme RimK  35.07 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  33.96 
 
 		 459 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  33.49 
 
 		 456 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  33.18 
 
 		 303 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.39 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  38.06 
 
 		 299 aa  88.6  9e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  35.71 
 
 		 300 aa  88.6  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0655  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.92 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.922088  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  33.65 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0012  alpha-L-glutamate ligase  33.94 
 
 		 329 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  32.38 
 
 		 458 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.56 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.33 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  31.02 
 
 		 302 aa  86.3  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  31.02 
 
 		 302 aa  86.3  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  40.79 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  35.78 
 
 		 265 aa  86.3  6e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0011  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.75 
 
 		 327 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.991277  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  34.47 
 
 		 301 aa  85.9  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.98 
 
 		 327 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.532418  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.36 
 
 		 282 aa  85.9  7e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.98 
 
 		 327 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.58 
 
 		 271 aa  85.5  8e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  40.13 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.81 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  32.23 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  33.18 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.84 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  32.23 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  31.75 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  31.28 
 
 		 286 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  30.63 
 
 		 267 aa  83.2  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  35.07 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  35.07 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  35.07 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  35.07 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  35.07 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  33.04 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.33 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.54 
 
 		 302 aa  82  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21920  RimK-like protein  36.65 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0852539  normal  0.847097 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  33.49 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  33.18 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  39.22 
 
 		 411 aa  81.3  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.05 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  36.36 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  37.01 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  34.42 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.23 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  35.06 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  35.06 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.71 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  35.71 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  35.71 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  35.71 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  35.06 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  30 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  31.9 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  30.48 
 
 		 290 aa  78.6  0.00000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.94 
 
 		 471 aa  78.2  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  31.31 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.68 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  32.38 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.84 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  36.18 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.53 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  35.53 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.53 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.53 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.53 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  35.53 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  30.66 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  35.53 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  33.77 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.2 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5981  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.02 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  33.12 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  34.78 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>