88 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bcen2424_3176  CDS  NC_008543  12063  12797  -  735  fucose-binding lectin II  YP_836815  normal  1  decreased coverage  0.00638725  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_3366  CDS  NC_008543  197834  198160  +  327  hypothetical protein  YP_836998  decreased coverage  0.00258482  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_3620  CDS  NC_008543  465516  466433  +  918  LysR family transcriptional regulator  YP_837252  decreased coverage  0.00938056  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_3743  CDS  NC_008543  599658  600569  -  912  LysR family transcriptional regulator  YP_837374  normal  1  decreased coverage  0.00613556  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_3744  CDS  NC_008543  600712  601173  +  462  hypothetical protein  YP_837375  normal  1  decreased coverage  0.00547053  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_3745  CDS  NC_008543  601218  601340  +  123  hypothetical protein  YP_837376  normal  1  decreased coverage  0.00506497  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4042  CDS  NC_008543  933430  934587  +  1158  salicylate 1-monooxygenase  YP_837671  decreased coverage  0.00369253  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4109  CDS  NC_008543  1010519  1011460  +  942  hypothetical protein  YP_837738  decreased coverage  0.00537725  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4136  CDS  NC_008543  1045402  1046424  -  1023  malate/L-lactate dehydrogenase  YP_837765  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4157  CDS  NC_008543  1068415  1069602  -  1188  porin  YP_837786  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4158  CDS  NC_008543  1069716  1072136  -  2421  glycoside hydrolase family protein  YP_837787  normal  1  decreased coverage  0.00315991  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4159  CDS  NC_008543  1072164  1073435  -  1272  major facilitator transporter  YP_837788  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4160  CDS  NC_008543  1073906  1074850  +  945  RpiR family transcriptional regulator  YP_837789  normal  1  decreased coverage  0.00226863  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4161  CDS  NC_008543  1074847  1075884  +  1038  peptidase T2, asparaginase 2  YP_837790  normal  1  decreased coverage  0.00224968  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4162  CDS  NC_008543  1075911  1077815  +  1905  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_837791  normal  0.699138  decreased coverage  0.00270054  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4163  CDS  NC_008543  1077944  1079506  +  1563  extracellular solute-binding protein  YP_837792  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4256  CDS  NC_008543  1190379  1191464  -  1086  alkanesulfonate monooxygenase  YP_837884  decreased coverage  0.0000537862  normal  0.286044  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4509  CDS  NC_008543  1464460  1465221  +  762  uroporphyrin-III C-methyltransferase  YP_838136  decreased coverage  0.000349091  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4510  CDS  NC_008543  1465279  1465938  +  660  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  YP_838137  decreased coverage  0.000166869  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4582  CDS  NC_008543  1552931  1553842  +  912  LysR family transcriptional regulator  YP_838209  decreased coverage  0.00622026  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4592  CDS  NC_008543  1565759  1566829  +  1071  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_838219  decreased coverage  0.00157663  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4603  CDS  NC_008543  1575855  1578026  +  2172  hypothetical protein  YP_838230  decreased coverage  0.00222585  normal  0.0280376  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4608  CDS  NC_008543  1582616  1583713  +  1098  hypothetical protein  YP_838235  normal  1  decreased coverage  0.00707127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4609  CDS  NC_008543  1583775  1584728  +  954  putative esterase  YP_838236  normal  1  decreased coverage  0.006335  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4683  CDS  NC_008543  1666558  1671399  +  4842  NAD-glutamate dehydrogenase  YP_838310  normal  1  decreased coverage  0.00323881  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4701  CDS  NC_008543  1687364  1688854  -  1491  betaine-aldehyde dehydrogenase  YP_838328  decreased coverage  0.00415207  normal  0.173855  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4702  CDS  NC_008543  1688927  1689754  -  828  L-aspartate dehydrogenase  YP_838329  decreased coverage  0.000199944  normal  0.165404  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4721  CDS  NC_008543  1705901  1707967  +  2067  fusaric acid resistance protein region  YP_838348  normal  1  decreased coverage  0.00201941  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4722  CDS  NC_008543  1707954  1709498  +  1545  outer membrane efflux protein  YP_838349  normal  0.0674524  decreased coverage  0.00195148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4832  CDS  NC_008543  1819409  1819732  -  324  hypothetical protein  YP_838459  normal  0.71407  decreased coverage  0.00101949  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4833  CDS  NC_008543  1820190  1820441  -  252  hypothetical protein  YP_838460  normal  1  decreased coverage  0.00110114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4834  CDS  NC_008543  1821418  1821801  +  384  hypothetical protein  YP_838461  normal  1  decreased coverage  0.00102836  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4835  CDS  NC_008543  1822026  1822949  -  924  AraC family transcriptional regulator  YP_838462  normal  1  decreased coverage  0.00108272  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4836  CDS  NC_008543  1823131  1823592  +  462  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  YP_838463  normal  1  decreased coverage  0.00102836  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4837  CDS  NC_008543  1823595  1825805  +  2211  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  YP_838464  normal  0.962719  decreased coverage  0.00201941  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4838  CDS  NC_008543  1826255  1826653  +  399  response regulator receiver protein  YP_838465  normal  0.0133671  decreased coverage  0.00111071  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4839  CDS  NC_008543  1827036  1828190  +  1155  type III secretion system apparatus protein YscQ/HrcQ  YP_838466  hitchhiker  0.0073947  decreased coverage  0.0012825  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4840  CDS  NC_008543  1828194  1828868  +  675  type III secretion system protein  YP_838467  decreased coverage  0.00372455  decreased coverage  0.00110114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4841  CDS  NC_008543  1828865  1829653  +  789  lytic transglycosylase, catalytic  YP_838468  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4847  CDS  NC_008543  1848257  1849633  -  1377  type III secretion apparatus H+-transporting two-sector ATPase  YP_838474  decreased coverage  0.000294494  normal  0.851882  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4849  CDS  NC_008543  1850241  1850990  -  750  hypothetical protein  YP_838476  decreased coverage  0.0000641172  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4928  CDS  NC_008543  1926329  1926529  +  201  hypothetical protein  YP_838555  decreased coverage  0.00000000124086  normal  0.0470528  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
 
Bcen2424_4929  CDS  NC_008543  1927012  1927950  -  939  Beta-lactamase  YP_838556  decreased coverage  0.0000000432948  normal  0.0487719  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
 
Bcen2424_4930  CDS  NC_008543  1928087  1928977  +  891  LysR family transcriptional regulator  YP_838557  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_4994  CDS  NC_008543  2004046  2005812  -  1767  ABC transporter related  YP_838621  decreased coverage  0.00642068  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5023  CDS  NC_008543  2041830  2046314  -  4485  YD repeat-containing protein  YP_838650  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5146  CDS  NC_008543  2193627  2194313  +  687  lytic transglycosylase, catalytic  YP_838772  decreased coverage  0.00474071  normal  1  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5171  CDS  NC_008543  2218033  2218929  -  897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_838797  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5172  CDS  NC_008543  2218922  2220091  -  1170  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  YP_838798  decreased coverage  0.00993584  normal  0.408818  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5196  CDS  NC_008543  2247386  2249074  +  1689  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_838822  normal  0.0125456  decreased coverage  0.0027232  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5197  CDS  NC_008543  2249398  2250540  -  1143  LysR family transcriptional regulator  YP_838823  normal  0.093521  decreased coverage  0.00215851  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5295  CDS  NC_008543  2382826  2384280  -  1455  aldehyde dehydrogenase  YP_838921  hitchhiker  0.000000061233  decreased coverage  0.00659366  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5346  CDS  NC_008543  2437126  2437977  +  852  alpha/beta hydrolase fold  YP_838972  decreased coverage  0.00669533  normal  0.437988  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5393  CDS  NC_008543  2492291  2493337  -  1047  amidohydrolase 2  YP_839019  normal  1  decreased coverage  0.00358895  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5394  CDS  NC_008543  2493348  2494499  -  1152  porin  YP_839020  normal  1  decreased coverage  0.00342687  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5395  CDS  NC_008543  2494549  2495928  -  1380  major facilitator transporter  YP_839021  normal  1  decreased coverage  0.00372993  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5396  CDS  NC_008543  2496015  2496956  -  942  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  YP_839022  normal  1  decreased coverage  0.003099  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5397  CDS  NC_008543  2496978  2497925  -  948  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_839023  normal  1  decreased coverage  0.00329797  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5398  CDS  NC_008543  2497925  2498623  -  699  dimethylmenaquinone methyltransferase  YP_839024  normal  1  decreased coverage  0.00314819  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5399  CDS  NC_008543  2498789  2499499  +  711  IclR family transcriptional regulator  YP_839025  normal  0.438865  decreased coverage  0.00269642  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5400  CDS  NC_008543  2499703  2500341  +  639  TetR family transcriptional regulator  YP_839026  normal  1  decreased coverage  0.00236367  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5403  CDS  NC_008543  2502092  2503435  -  1344  beta-lactamase  YP_839029  normal  1  decreased coverage  0.00345414  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5410  CDS  NC_008543  2510256  2510579  +  324  hypothetical protein  YP_839036  normal  1  decreased coverage  0.00255426  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5411  CDS  NC_008543  2510596  2511546  +  951  luciferase family protein  YP_839037  normal  0.841448  decreased coverage  0.00286902  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5412  CDS  NC_008543  2511698  2512504  +  807  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  YP_839038  normal  0.948984  decreased coverage  0.00302815  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5413  CDS  NC_008543  2512574  2513689  +  1116  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_839039  normal  1  decreased coverage  0.00342687  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5414  CDS  NC_008543  2513709  2514653  +  945  cyclase family protein  YP_839040  normal  1  decreased coverage  0.00312327  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5415  CDS  NC_008543  2514792  2515310  +  519  hypothetical protein  YP_839041  normal  1  decreased coverage  0.00284666  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5416  CDS  NC_008543  2515433  2516098  -  666  O-methyltransferase family protein  YP_839042  normal  1  decreased coverage  0.00312327  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5417  CDS  NC_008543  2516147  2516824  +  678  TetR family transcriptional regulator  YP_839043  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5418  CDS  NC_008543  2517354  2518742  +  1389  xanthine/uracil/vitamin C permease  YP_839044  normal  0.72099  decreased coverage  0.00408682  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5629  CDS  NC_008543  2740065  2741297  -  1233  diaminopropionate ammonia-lyase  YP_839255  normal  1  decreased coverage  0.00139675  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5630  CDS  NC_008543  2741487  2741963  +  477  AsnC family transcriptional regulator  YP_839256  normal  1  decreased coverage  0.00107308  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5631  CDS  NC_008543  2742027  2743751  -  1725  feruloyl esterase  YP_839257  normal  0.967793  decreased coverage  0.00150641  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5632  CDS  NC_008543  2743785  2744933  -  1149  porin  YP_839258  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5633  CDS  NC_008543  2744999  2746204  -  1206  putative 3-hydroxyphenylpropionic transporter MhpT  YP_839259  normal  0.387515  decreased coverage  0.00133804  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5634  CDS  NC_008543  2746420  2748321  -  1902  feruloyl-CoA synthase  YP_839260  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5635  CDS  NC_008543  2748318  2749766  -  1449  aldehyde dehydrogenase  YP_839261  normal  0.517917  decreased coverage  0.00150641  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5636  CDS  NC_008543  2749838  2750668  -  831  p-hydroxycinnamoyl CoA hydratase/lyase  YP_839262  normal  0.603741  decreased coverage  0.00134982  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5643  CDS  NC_008543  2757242  2758171  -  930  dihydrodipicolinate synthetase  YP_839269  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5657  CDS  NC_008543  2773819  2775813  +  1995  Beta-galactosidase  YP_839283  decreased coverage  0.00663858  normal  0.40275  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5686  CDS  NC_008543  2807934  2808302  -  369  response regulator receiver protein  YP_839312  normal  0.280105  decreased coverage  0.000257331  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5687  CDS  NC_008543  2808323  2808664  +  342  hypothetical protein  YP_839313  normal  0.135613  decreased coverage  0.000254952  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5688  CDS  NC_008543  2808774  2811023  +  2250  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  YP_839314  hitchhiker  0.00115642  decreased coverage  0.000406473  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5689  CDS  NC_008543  2811096  2811650  -  555  NADPH-dependent FMN reductase  YP_839315  hitchhiker  0.0000000000053398  decreased coverage  0.000226287  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5690  CDS  NC_008543  2811965  2812618  +  654  RNA polymerase sigma factor  YP_839316  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5691  CDS  NC_008543  2812596  2812814  +  219  hypothetical protein  YP_839317  hitchhiker  0.000000220142  decreased coverage  0.000175008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen2424_5766  CDS  NC_008543  2886518  2886802  +  285  hypothetical protein  YP_839392  normal  1  decreased coverage  0.00195148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>