156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0024 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179281  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_326  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00688078  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0007  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000187685  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>