20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4620 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4620  hypothetical protein  100 
 
 		 545 aa  1088    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2335  hypothetical protein  38.87 
 
 		 554 aa  250  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.755849 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4576  hypothetical protein  34.97 
 
 		 956 aa  73.6  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000693966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3374  hypothetical protein  42.86 
 
 		 787 aa  65.1  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.592026  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0272  hypothetical protein  37.31 
 
 		 783 aa  63.5  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.654602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0555  carbohydrate-binding CenC domain-containing protein  34.01 
 
 		 1426 aa  57.8  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3452  hypothetical protein  32.39 
 
 		 282 aa  56.6  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3624  hypothetical protein  28.57 
 
 		 601 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2021  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000885135  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05133  hypothetical protein  31.88 
 
 		 380 aa  50.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0149  hypothetical protein  30.08 
 
 		 579 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001259  hypothetical protein  31.45 
 
 		 477 aa  47.8  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3581  hypothetical protein  36.19 
 
 		 757 aa  47.4  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.09299  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4328  hypothetical protein  25.7 
 
 		 491 aa  45.8  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0144  hypothetical protein  42 
 
 		 577 aa  46.2  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0144  hypothetical protein  42.55 
 
 		 577 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0737  hypothetical protein  40.43 
 
 		 625 aa  45.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0681  structural toxin protein RtxA  26.92 
 
 		 7919 aa  45.1  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0717  hypothetical protein  33.33 
 
 		 588 aa  44.7  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.877737 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0699  structural toxin protein RtxA  26.28 
 
 		 7679 aa  43.5  0.01  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>