22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_p840_14 on replicon NC_011311
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011311  VSAL_p840_14  conjugative transfer protein TraF  100 
 
 		 247 aa  518  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4508  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  54.51 
 
 		 291 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4432  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  55.24 
 
 		 291 aa  278  7e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4621  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  54.51 
 
 		 291 aa  278  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4529  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  55.24 
 
 		 291 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.92832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4384  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  54.12 
 
 		 291 aa  275  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4436  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  54.12 
 
 		 291 aa  275  6e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4299  conjugal pilus assembly protein TraF  30.13 
 
 		 261 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420185 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0020  conjugal pilus assembly protein TraF  31.06 
 
 		 247 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.458237  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0026  conjugal pilus assembly protein TraF  26.29 
 
 		 246 aa  96.3  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.366361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2329  hypothetical protein  30.57 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.370082  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2662  hypothetical protein  27.9 
 
 		 288 aa  85.9  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685452  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0034  hypothetical protein  25.97 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1526  hypothetical protein  28.57 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5381  TraF-like protein  23.87 
 
 		 271 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.342632 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3996  hypothetical protein  24.11 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4169  hypothetical protein  23.79 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.347848 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2167  hypothetical protein  24.87 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4235  hypothetical protein  22.75 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6813  hypothetical protein  23.39 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0187  type IV conjugative transfer system protein TraF  23.44 
 
 		 342 aa  49.3  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00056755 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0374  sex pilus assembly protein  21.61 
 
 		 317 aa  43.5  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>