More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3363 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3363  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  507  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.638861 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2758  transcriptional regulator  54.74 
 
 		 236 aa  249  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00797611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1940  GntR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.331294  normal  0.596392 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 240 aa  90.1  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  30.91 
 
 		 247 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 256 aa  87  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  31.73 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 251 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 240 aa  85.5  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 240 aa  85.5  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1994  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.84 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  28.24 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  27.04 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5190  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702411  normal  0.0588532 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3031  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  26.98 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.921184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  31.2 
 
 		 241 aa  79.7  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 267 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  29.88 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  30.21 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0757  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0349  transcriptional regulatory protein  26.64 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1764  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.140741  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0214  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892015  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0949  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1885  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0431  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1390  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1800  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00723826  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4360  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3595  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3933  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4434  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  25.63 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4833  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  30.13 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  25.75 
 
 		 243 aa  72  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3370  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  27.47 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 244 aa  72  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2326  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 287 aa  72  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 241 aa  72  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0773  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 241 aa  72  0.000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 284 aa  72  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  25.42 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1064  transcriptional regulator, GntR family  26.12 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.296534  normal  0.0288799 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 268 aa  71.6  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  27.7 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  27.89 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>