More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2758 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2758  transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00797611 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3363  GntR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 249 aa  249  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.638861 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1940  GntR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 244 aa  206  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.331294  normal  0.596392 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 245 aa  91.7  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 251 aa  91.7  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5190  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702411  normal  0.0588532 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  32.97 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0349  transcriptional regulatory protein  27.27 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0525  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1800  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00723826  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0949  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1390  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1885  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0431  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0214  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892015  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  32.63 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  26.74 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  26.92 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  29.24 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1096  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113015  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2509  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.31596  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  29.24 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  32.86 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.95 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0757  GntR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  27.54 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5299  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3370  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1994  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  29.31 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5975  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0894  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.08 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3031  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.92 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.921184 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0732  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.128467  decreased coverage  0.000000465533 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3595  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3933  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4434  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 376 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  29.31 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>