More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0036 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
305 aa  596  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.76 
 
 
301 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  70.81 
 
 
300 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.81 
 
 
300 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.13 
 
 
300 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.44 
 
 
319 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  68.77 
 
 
301 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.99 
 
 
310 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.43 
 
 
311 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.42 
 
 
311 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.42 
 
 
300 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.9 
 
 
310 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.88 
 
 
301 aa  368  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67 
 
 
308 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
304 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.39 
 
 
300 aa  352  5e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.61 
 
 
307 aa  348  9e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.05 
 
 
305 aa  346  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.79 
 
 
304 aa  345  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.69 
 
 
307 aa  345  5e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  61.84 
 
 
304 aa  343  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.37 
 
 
300 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.16 
 
 
310 aa  341  8e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
310 aa  341  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.57 
 
 
301 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  59.45 
 
 
301 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
304 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
304 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
304 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
304 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
304 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  62.75 
 
 
313 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  62.75 
 
 
313 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  62.75 
 
 
313 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.93 
 
 
301 aa  328  6e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  62.42 
 
 
313 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  62.42 
 
 
313 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  62.42 
 
 
313 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  62.42 
 
 
313 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  59.47 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
304 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.25 
 
 
296 aa  324  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  62.08 
 
 
313 aa  322  7e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.49 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.06 
 
 
311 aa  319  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
304 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  60.86 
 
 
304 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.57 
 
 
300 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 
300 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.07 
 
 
277 aa  282  5.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
289 aa  275  6e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.11 
 
 
278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3553  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  55.11 
 
 
278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4038  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  55.11 
 
 
278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  49.66 
 
 
300 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
286 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  47.46 
 
 
301 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.64 
 
 
290 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  47.67 
 
 
300 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 
300 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.12 
 
 
291 aa  262  4.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.89 
 
 
299 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  48.89 
 
 
299 aa  258  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  48.89 
 
 
299 aa  258  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.89 
 
 
299 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  48.89 
 
 
299 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.36 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
300 aa  249  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.73 
 
 
325 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.31 
 
 
302 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  48.39 
 
 
302 aa  242  5e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
302 aa  242  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
311 aa  242  6e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
299 aa  242  7e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.59 
 
 
296 aa  241  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
287 aa  241  1e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.94 
 
 
285 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
295 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
302 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  47.83 
 
 
304 aa  238  8e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
304 aa  237  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  48 
 
 
303 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
304 aa  236  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.71 
 
 
296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.67 
 
 
301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  48.03 
 
 
293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.88 
 
 
303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.54 
 
 
303 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
287 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
289 aa  232  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
294 aa  232  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.54 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.54 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.54 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
303 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  44.24 
 
 
279 aa  231  1e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  43.2 
 
 
303 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
303 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>