More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3276 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3276  multidrug resistance protein D  100 
 
 		 385 aa  751    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2788  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  53.72 
 
 		 389 aa  376  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0332558  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3485  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  52.93 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1082  major facilitator transporter  53.19 
 
 		 392 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.499902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3171  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  52.39 
 
 		 387 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229989  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3172  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  51.86 
 
 		 387 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1199  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  52.13 
 
 		 387 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3551  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  57.54 
 
 		 379 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3315  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  52.39 
 
 		 387 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0963  multidrug resistance protein D  55.17 
 
 		 379 aa  353  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0211536  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000423  multidrug resistance protein D  53.39 
 
 		 378 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.575568  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1082  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  52.82 
 
 		 395 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0579  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  48.76 
 
 		 395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0263  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  47.71 
 
 		 397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3307  multidrug resistance protein D  55.28 
 
 		 381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.635246  normal  0.942777 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04859  hypothetical protein  42.58 
 
 		 434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3263  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.37 
 
 		 399 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00113776  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3177  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.08 
 
 		 399 aa  231  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000683833  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3170  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.08 
 
 		 399 aa  231  2e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3478  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  39.37 
 
 		 399 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3518  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.37 
 
 		 399 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0261106  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2693  major facilitator superfamily MFS_1  43.06 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.693922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1787  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  38.51 
 
 		 399 aa  226  4e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3460  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  38.22 
 
 		 399 aa  219  5e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0137927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3491  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  37.5 
 
 		 399 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00320112  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_3235  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.08 
 
 		 399 aa  216  5e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154906  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_50050  MFS family transporter  35.82 
 
 		 385 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.012942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4263  MFS family transporter  35 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0514386  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_3477  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  52.5 
 
 		 126 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  27.15 
 
 		 409 aa  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.87 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4089  major facilitator transporter  28.15 
 
 		 415 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.57 
 
 		 394 aa  116  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1832  major facilitator superfamily drug efflux protein  28.65 
 
 		 420 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.27 
 
 		 411 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B1285  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.59 
 
 		 469 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5744  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.310357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3808  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.150016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4560  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3983  major facilitator transporter  30.83 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.134584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3448  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  29.19 
 
 		 400 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3668  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.81 
 
 		 411 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06295  hypothetical protein  27.86 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010552  BamMC406_4447  major facilitator transporter  30.43 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  27.64 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.64 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.61 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4159  MFS permease  28.17 
 
 		 392 aa  106  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.1 
 
 		 393 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2992  MFS transporter  28.49 
 
 		 401 aa  105  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0881  drug resistance translocator protein  28.49 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0515514  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B1765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.23 
 
 		 413 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.236916  hitchhiker  0.00655505 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.37 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.66 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.37 
 
 		 458 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.37 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0827  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.04 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.14 
 
 		 393 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25 
 
 		 434 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.11 
 
 		 420 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.69 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.02 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.61 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.33 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001431  multidrug resistance protein D  27.81 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000114311  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000830  multidrug resistance protein D  31.87 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131991  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2625  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.9 
 
 		 403 aa  102  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.13 
 
 		 409 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0707  major facilitator family transporter  26.42 
 
 		 393 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.73 
 
 		 405 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0413  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.61 
 
 		 400 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0743  major facilitator family transporter  26.42 
 
 		 393 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.23331  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.4 
 
 		 424 aa  101  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4138  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.76 
 
 		 402 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0196  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.76 
 
 		 402 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3062  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.02 
 
 		 412 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0196  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.76 
 
 		 402 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0819  major facilitator family transporter  26.95 
 
 		 393 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.23042e-52 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.14 
 
 		 401 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  26.09 
 
 		 420 aa  100  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.76 
 
 		 402 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0763382 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.87 
 
 		 393 aa  100  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.98 
 
 		 424 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0651  major facilitator family transporter  27.22 
 
 		 393 aa  99  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2445  putative multidrug resistance protein  28.03 
 
 		 400 aa  99.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.93 
 
 		 411 aa  99  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06739  multidrug resistance protein D  31.18 
 
 		 401 aa  99  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.31 
 
 		 411 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.31 
 
 		 400 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0813  major facilitator family transporter  26.98 
 
 		 393 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00358  permease  27.65 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.31 
 
 		 411 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0650  major facilitator family transporter  26.95 
 
 		 393 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.407315  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.31 
 
 		 400 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0898  major facilitator family transporter  26.98 
 
 		 393 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.31 
 
 		 400 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  27.31 
 
 		 411 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.31 
 
 		 400 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_3475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.09 
 
 		 268 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122964  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.07 
 
 		 400 aa  97.4  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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