134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5562 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5562  hydroxypyruvate reductase  100 
 
 		 404 aa  799    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.912561  normal  0.104542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1644  Hydroxypyruvate reductase  64.94 
 
 		 421 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1461  Hydroxypyruvate reductase  63.48 
 
 		 424 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.012769  normal  0.0639524 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4311  hydroxypyruvate reductase  62.07 
 
 		 422 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_004310  BR0355  hydroxypyruvate reductase, putative  60.64 
 
 		 428 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2839  MOFRL  60.59 
 
 		 421 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127402  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0372  putative hydroxypyruvate reductase  60.93 
 
 		 448 aa  451  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.236389  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0461  hydroxypyruvate reductase  60.25 
 
 		 424 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38588  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0477  hydroxypyruvate reductase  63.37 
 
 		 374 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3163  hydroxypyruvate reductase  57.28 
 
 		 423 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2329  hydroxypyruvate reductase  49.38 
 
 		 432 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162481  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0976  hydroxypyruvate reductase  51.28 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0906913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1434  hydroxypyruvate reductase  47.48 
 
 		 438 aa  361  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2115  hydroxypyruvate reductase  50.24 
 
 		 440 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3294  glycerate 2-kinase  54.15 
 
 		 435 aa  359  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.805027  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1122  hydroxypyruvate reductase  49.4 
 
 		 440 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468975  normal  0.520204 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1042  Hydroxypyruvate reductase  49.4 
 
 		 440 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3451  glycerate 2-kinase  53.44 
 
 		 443 aa  354  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3921  Hydroxypyruvate reductase  49.51 
 
 		 446 aa  353  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3154  Hydroxypyruvate reductase  52.64 
 
 		 439 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.941324 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1018  hydroxypyruvate reductase  48.57 
 
 		 448 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1449  hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  48.39 
 
 		 446 aa  347  3e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.618251  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3263  glycerate 2-kinase  51.28 
 
 		 420 aa  344  1e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3481  Hydroxypyruvate reductase  52.75 
 
 		 439 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3609  MOFRL domain protein  48.4 
 
 		 419 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3717  Hydroxypyruvate reductase  48.76 
 
 		 420 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3865  hydroxypyruvate reductase  48.03 
 
 		 424 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.57883  normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3177  hydroxypyruvate reductase  49.49 
 
 		 428 aa  333  4e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000791929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4300  hydroxypyruvate reductase  48.03 
 
 		 424 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1569  hydroxypyruvate reductase  48.03 
 
 		 424 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.305775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3625  hydroxypyruvate reductase  47.54 
 
 		 424 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0928  hydroxypyruvate reductase  49.16 
 
 		 460 aa  329  5.0000000000000004e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1113  hydroxypyruvate reductase  48.33 
 
 		 448 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2309  hydroxypyruvate reductase  47.54 
 
 		 426 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.866459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2118  glycerate 2-kinase  46.17 
 
 		 426 aa  327  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0377  Hydroxypyruvate reductase  44.88 
 
 		 432 aa  325  9e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.487635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1721  hydroxypyruvate reductase  47.07 
 
 		 447 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374264  normal  0.0199208 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1715  Hydroxypyruvate reductase  50.25 
 
 		 421 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.497663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3104  hydroxypyruvate reductase  45.07 
 
 		 418 aa  319  3.9999999999999996e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3833  hypothetical protein  46.29 
 
 		 421 aa  319  7e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2464  hydroxypyruvate reductase  51.15 
 
 		 421 aa  315  7e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45030  hypothetical protein  46.04 
 
 		 421 aa  315  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1595  glycerate 2-kinase  45.81 
 
 		 424 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618023  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2209  hydroxypyruvate reductase  49.02 
 
 		 444 aa  310  4e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1160  hydroxypyruvate reductase  49.23 
 
 		 439 aa  309  6.999999999999999e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.370064  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9119  hydroxypyruvate reductase  48.89 
 
 		 411 aa  308  8e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0463  hydroxypyruvate reductase  45.15 
 
 		 437 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00870475  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0486  putative hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  45.34 
 
 		 432 aa  306  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0362  Hydroxypyruvate reductase  43.9 
 
 		 432 aa  306  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.228357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0405  MOFRL  45.26 
 
 		 432 aa  305  8.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0774334 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3046  Hydroxypyruvate reductase  47.41 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4659  Hydroxypyruvate reductase  48.35 
 
 		 419 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1267  hydroxypyruvate reductase  48.79 
 
 		 422 aa  300  3e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315917  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1319  hydroxypyruvate reductase  49.23 
 
 		 422 aa  299  5e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2772  glycerate 2-kinase  47.04 
 
 		 424 aa  291  1e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0569344  normal  0.431109 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3906  hypothetical protein  47.94 
 
 		 427 aa  285  9e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.394161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0654  MOFRL domain protein  49.11 
 
 		 419 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1132  hydroxypyruvate reductase  47.06 
 
 		 435 aa  279  7e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3797  hydroxypyruvate reductase  48.65 
 
 		 423 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.430898  normal  0.277754 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2230  hydroxypyruvate reductase  43.22 
 
 		 451 aa  276  3e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2372  hydroxypyruvate reductase  47.83 
 
 		 424 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.137273  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4629  hydroxypyruvate reductase  45.82 
 
 		 440 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03376  Hydroxypyruvate reductase  41.38 
 
 		 409 aa  265  8.999999999999999e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0433  hydroxypyruvate reductase  44.58 
 
 		 424 aa  264  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3071  putative hydroxypyruvate reductase/glycerate kinase  48.32 
 
 		 423 aa  262  8e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212031  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3915  MOFRL domain-containing protein  44.39 
 
 		 443 aa  261  1e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3926  hydroxypyruvate reductase  43.84 
 
 		 407 aa  260  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3775  MOFRL domain-containing protein  47.21 
 
 		 413 aa  259  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0207  hydroxypyruvate reductase  41.46 
 
 		 459 aa  258  1e-67  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1889  hydroxypyruvate reductase  40.8 
 
 		 450 aa  258  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000303684  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2615  hydroxypyruvate reductase  42.34 
 
 		 422 aa  249  6e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1425  Hydroxypyruvate reductase  43.27 
 
 		 424 aa  247  3e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1573  hydroxypyruvate reductase  41.58 
 
 		 452 aa  246  8e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0993833  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1253  hydroxypyruvate reductase  36.23 
 
 		 412 aa  243  3.9999999999999997e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000356699  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0099  Hydroxypyruvate reductase  38.93 
 
 		 443 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5964  MOFRL domain protein  40.53 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0806  Hydroxypyruvate reductase  39.51 
 
 		 496 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.490664  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0534  hydroxypyruvate reductase  35.16 
 
 		 415 aa  233  4.0000000000000004e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0143531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5205  hydroxypyruvate reductase  40.53 
 
 		 434 aa  233  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.37508  normal  0.0772192 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1207  hydroxypyruvate reductase  36.57 
 
 		 417 aa  232  7.000000000000001e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103634  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1248  hydroxypyruvate reductase  36.78 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0336  hydroxypyruvate reductase  38.44 
 
 		 412 aa  230  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2747  hydroxypyruvate reductase  38.85 
 
 		 437 aa  230  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3389  Hydroxypyruvate reductase  44.22 
 
 		 453 aa  229  7e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.911945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2974  Hydroxypyruvate reductase  38.85 
 
 		 437 aa  229  9e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.845005 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2751  glycerate 2-kinase  39.9 
 
 		 486 aa  227  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2759  Hydroxypyruvate reductase  42.31 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1502  Hydroxypyruvate reductase  37.14 
 
 		 446 aa  220  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2421  Hydroxypyruvate reductase  41.28 
 
 		 454 aa  219  6e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1997  hydroxypyruvate reductase  40 
 
 		 458 aa  219  8.999999999999998e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.05256 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2854  glycerate 2-kinase  42.49 
 
 		 428 aa  217  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0472  hydroxypyruvate reductase  38.74 
 
 		 442 aa  218  2e-55  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.488589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2869  Hydroxypyruvate reductase  38.85 
 
 		 437 aa  217  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1233  glycerate 2-kinase  39.69 
 
 		 441 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.273528 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2454  Hydroxypyruvate reductase  40.57 
 
 		 439 aa  215  9e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.50925  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2205  hydroxypyruvate reductase  41.58 
 
 		 454 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.870447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7083  putative hydroxypyruvate reductase  41.05 
 
 		 426 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0944  Hydroxypyruvate reductase  39.75 
 
 		 439 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0451317  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2031  hydroxypyruvate reductase  38.33 
 
 		 447 aa  212  7e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560327 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0380  MOFRL domain protein  40.75 
 
 		 504 aa  212  1e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.328441  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>