135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1715 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1715  Hydroxypyruvate reductase  100 
 
 		 421 aa  831    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.497663 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3451  glycerate 2-kinase  70.63 
 
 		 443 aa  534  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3263  glycerate 2-kinase  70.63 
 
 		 420 aa  533  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1595  glycerate 2-kinase  66.11 
 
 		 424 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618023  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2329  hydroxypyruvate reductase  62.59 
 
 		 432 aa  520  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162481  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3294  glycerate 2-kinase  69.62 
 
 		 435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.805027  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2309  hydroxypyruvate reductase  66.11 
 
 		 426 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.866459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3625  hydroxypyruvate reductase  65.63 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3865  hydroxypyruvate reductase  65.39 
 
 		 424 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.57883  normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3177  hydroxypyruvate reductase  66.35 
 
 		 428 aa  513  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000791929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4300  hydroxypyruvate reductase  65.16 
 
 		 424 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0976  hydroxypyruvate reductase  64.03 
 
 		 429 aa  509  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0906913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1569  hydroxypyruvate reductase  64.92 
 
 		 424 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.305775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2118  glycerate 2-kinase  64.75 
 
 		 426 aa  505  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3154  Hydroxypyruvate reductase  68.66 
 
 		 439 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.941324 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1449  hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  62.38 
 
 		 446 aa  499  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.618251  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3481  Hydroxypyruvate reductase  67.7 
 
 		 439 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2772  glycerate 2-kinase  65.16 
 
 		 424 aa  487  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0569344  normal  0.431109 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45030  hypothetical protein  61.81 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3833  hypothetical protein  61.81 
 
 		 421 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4659  Hydroxypyruvate reductase  66.11 
 
 		 419 aa  480  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3609  MOFRL domain protein  60.05 
 
 		 419 aa  481  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3717  Hydroxypyruvate reductase  59.57 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2115  hydroxypyruvate reductase  62 
 
 		 440 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1122  hydroxypyruvate reductase  61.31 
 
 		 440 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468975  normal  0.520204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3921  Hydroxypyruvate reductase  61.45 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1042  Hydroxypyruvate reductase  61.54 
 
 		 440 aa  464  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1434  hydroxypyruvate reductase  59.91 
 
 		 438 aa  458  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1132  hydroxypyruvate reductase  64.2 
 
 		 435 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1319  hydroxypyruvate reductase  60.38 
 
 		 422 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0654  MOFRL domain protein  62.98 
 
 		 419 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1018  hydroxypyruvate reductase  59.12 
 
 		 448 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4311  hydroxypyruvate reductase  56.25 
 
 		 422 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1644  Hydroxypyruvate reductase  56.01 
 
 		 421 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_004310  BR0355  hydroxypyruvate reductase, putative  54.5 
 
 		 428 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2464  hydroxypyruvate reductase  61.87 
 
 		 421 aa  428  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0372  putative hydroxypyruvate reductase  54.5 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.236389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3104  hydroxypyruvate reductase  57.89 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1113  hydroxypyruvate reductase  59.44 
 
 		 448 aa  428  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0461  hydroxypyruvate reductase  54.68 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38588  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2372  hydroxypyruvate reductase  68.27 
 
 		 424 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.137273  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1461  Hydroxypyruvate reductase  55.13 
 
 		 424 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.012769  normal  0.0639524 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0928  hydroxypyruvate reductase  59.35 
 
 		 460 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1721  hydroxypyruvate reductase  56.06 
 
 		 447 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374264  normal  0.0199208 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1160  hydroxypyruvate reductase  59.23 
 
 		 439 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.370064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2839  MOFRL  54.76 
 
 		 421 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127402  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3046  Hydroxypyruvate reductase  57.14 
 
 		 415 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0405  MOFRL  55.04 
 
 		 432 aa  388  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0774334 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9119  hydroxypyruvate reductase  54.74 
 
 		 411 aa  388  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0377  Hydroxypyruvate reductase  57.11 
 
 		 432 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.487635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0463  hydroxypyruvate reductase  55.22 
 
 		 437 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00870475  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2209  hydroxypyruvate reductase  57.28 
 
 		 444 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3163  hydroxypyruvate reductase  53.1 
 
 		 423 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5562  hydroxypyruvate reductase  50.25 
 
 		 404 aa  375  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.912561  normal  0.104542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4629  hydroxypyruvate reductase  55.92 
 
 		 440 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1267  hydroxypyruvate reductase  54.48 
 
 		 422 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315917  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3926  hydroxypyruvate reductase  51.57 
 
 		 407 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0362  Hydroxypyruvate reductase  56.5 
 
 		 432 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.228357  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0486  putative hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  55.92 
 
 		 432 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2230  hydroxypyruvate reductase  50 
 
 		 451 aa  352  8e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3906  hypothetical protein  53.96 
 
 		 427 aa  345  8e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.394161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2747  hydroxypyruvate reductase  50.71 
 
 		 437 aa  343  4e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2974  Hydroxypyruvate reductase  50.71 
 
 		 437 aa  342  9e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.845005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5964  MOFRL domain protein  52.53 
 
 		 434 aa  342  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3797  hydroxypyruvate reductase  55.64 
 
 		 423 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.430898  normal  0.277754 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0477  hydroxypyruvate reductase  53.6 
 
 		 374 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5205  hydroxypyruvate reductase  52.53 
 
 		 434 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.37508  normal  0.0772192 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3071  putative hydroxypyruvate reductase/glycerate kinase  55.64 
 
 		 423 aa  336  5e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212031  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0433  hydroxypyruvate reductase  53.9 
 
 		 424 aa  335  7.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3775  MOFRL domain-containing protein  54.13 
 
 		 413 aa  334  2e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2869  Hydroxypyruvate reductase  50.71 
 
 		 437 aa  329  6e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1573  hydroxypyruvate reductase  50.27 
 
 		 452 aa  328  9e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0993833  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1425  Hydroxypyruvate reductase  54.39 
 
 		 424 aa  326  5e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1889  hydroxypyruvate reductase  47.16 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000303684  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5683  Hydroxypyruvate reductase  50.59 
 
 		 428 aa  322  6e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1897  hydroxypyruvate reductase  52.2 
 
 		 438 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.216641 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2615  hydroxypyruvate reductase  49.07 
 
 		 422 aa  320  3.9999999999999996e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7083  putative hydroxypyruvate reductase  51.3 
 
 		 426 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0126  hydroxypyruvate reductase  48.74 
 
 		 439 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.448884 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3915  MOFRL domain-containing protein  44.75 
 
 		 443 aa  306  4.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03376  Hydroxypyruvate reductase  45.22 
 
 		 409 aa  306  6e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0566  hypothetical protein  50.35 
 
 		 428 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0659  hydroxypyruvate reductase  50.12 
 
 		 428 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0944  Hydroxypyruvate reductase  47.18 
 
 		 439 aa  301  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0451317  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2031  hydroxypyruvate reductase  48.95 
 
 		 447 aa  299  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2000  Hydroxypyruvate reductase  50 
 
 		 426 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0207  hydroxypyruvate reductase  45.23 
 
 		 459 aa  292  7e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2759  Hydroxypyruvate reductase  52.23 
 
 		 317 aa  285  2.0000000000000002e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3389  Hydroxypyruvate reductase  49.71 
 
 		 453 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.911945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3567  hydroxypyruvate reductase  50.47 
 
 		 426 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.187616  normal  0.669404 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0099  Hydroxypyruvate reductase  43.96 
 
 		 443 aa  279  5e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1207  hydroxypyruvate reductase  40.81 
 
 		 417 aa  278  9e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103634  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1248  hydroxypyruvate reductase  40.81 
 
 		 417 aa  278  1e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3272  hydroxypyruvate reductase  50.82 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.571627 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0534  hydroxypyruvate reductase  37.96 
 
 		 415 aa  272  7e-72  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0143531  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0336  hydroxypyruvate reductase  44.36 
 
 		 412 aa  271  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1502  Hydroxypyruvate reductase  43.26 
 
 		 446 aa  269  8e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1997  hydroxypyruvate reductase  47.5 
 
 		 458 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.05256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0771  hydroxypyruvate reductase  66.98 
 
 		 235 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2751  glycerate 2-kinase  41.63 
 
 		 486 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>