More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4006 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  513  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  41.55 
 
 		 233 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 255 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 234 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 247 aa  123  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 225 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 251 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 234 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 251 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  36.99 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 228 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 221 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  32.76 
 
 		 255 aa  115  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 244 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  36.57 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 221 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 242 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 259 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  36.95 
 
 		 231 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 234 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 		 259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  33.65 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 236 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 245 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0778  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 253 aa  105  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2469  GntR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3833  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.644681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 259 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3930  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 237 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.709239  normal  0.547681 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  34.02 
 
 		 236 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 230 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 236 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  38.81 
 
 		 239 aa  102  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2161  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111337  normal  0.915655 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0834  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 247 aa  99.8  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 252 aa  98.6  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3339  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4065  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 237 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3666  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0899  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 235 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 228 aa  95.5  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  95.5  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0867  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 247 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  33.73 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3638  hypothetical protein  33.33 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.513406  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  34.29 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5872  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 246 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1099  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 231 aa  93.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322979  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2253  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218359  normal  0.132912 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0657  transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 		 240 aa  92  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.322488  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3485  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122835  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 249 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 232 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>