More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3833 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3833  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
242 aa  474  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.644681  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2161  GntR family transcriptional regulator  72.73 
 
 
231 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111337  normal  0.915655 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 
233 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
234 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
230 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
234 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
234 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
234 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
234 aa  148  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  39.51 
 
 
246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
230 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
242 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
238 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
234 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
228 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
234 aa  141  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  40.39 
 
 
224 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 
251 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 
263 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 
236 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 
236 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  34.96 
 
 
246 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  36.87 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  34.96 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
259 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  37.85 
 
 
229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
225 aa  129  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 
235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0403  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
238 aa  128  6e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000148823  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
226 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3189  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
268 aa  128  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
255 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
221 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  37.93 
 
 
249 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  40.59 
 
 
255 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 
260 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  37.19 
 
 
231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1096  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
277 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
234 aa  118  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  35.35 
 
 
239 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  38.42 
 
 
249 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 
250 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  38.42 
 
 
225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0899  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 
240 aa  113  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0657  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 
240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.322488  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2469  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
256 aa  111  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
247 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
235 aa  111  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 
245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
232 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0778  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4855  GntR domain-containing protein  34.47 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5342  transcriptional regulator, GntR family  34.47 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.912563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1964  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.117742 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
236 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 
245 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3930  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
237 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.709239  normal  0.547681 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  33.82 
 
 
250 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
229 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4320  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
247 aa  106  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196319  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
259 aa  106  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3339  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
237 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4065  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
237 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
228 aa  105  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
246 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0834  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 
247 aa  105  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
259 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0914  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
249 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 
252 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.968354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>