More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5872 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5872  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 235 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 235 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 234 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 245 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  36.18 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0778  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 253 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 234 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 238 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 246 aa  109  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3638  hypothetical protein  38.36 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.513406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 226 aa  106  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3339  GntR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 237 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4065  GntR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 237 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 221 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 225 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 225 aa  103  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 		 236 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 252 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 235 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  34.97 
 
 		 259 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 255 aa  102  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3471  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4855  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5342  transcriptional regulator, GntR family  33.62 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.912563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 254 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3666  transcriptional regulator, GntR family  28.81 
 
 		 260 aa  99.8  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  33.5 
 
 		 239 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 231 aa  99  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  34.43 
 
 		 249 aa  99  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  35.67 
 
 		 250 aa  98.6  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 260 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4320  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 247 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  32.09 
 
 		 236 aa  96.3  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 234 aa  95.9  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1099  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 231 aa  95.5  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 242 aa  95.5  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1964  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 		 233 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117742 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 221 aa  95.1  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 235 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 259 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 232 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2161  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 231 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111337  normal  0.915655 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 233 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3930  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 237 aa  92.4  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.709239  normal  0.547681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 251 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  36.77 
 
 		 249 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01480  hypothetical protein  32.65 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.909575 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3189  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 268 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 244 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 251 aa  85.9  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>