More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3162 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3162  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 		 222 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3286  GTP cyclohydrolase I  75.36 
 
 		 227 aa  337  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06235  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 217 aa  315  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4566  GTP cyclohydrolase I  69.95 
 
 		 219 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235543 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000481  GTP cyclohydrolase I type 1  70 
 
 		 217 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582087  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0372  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 216 aa  310  9e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0397  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 216 aa  310  9e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000172091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0383  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 216 aa  310  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0244609 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0371  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 216 aa  310  9e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3842  GTP cyclohydrolase I  69.01 
 
 		 219 aa  310  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0558  GTP cyclohydrolase I  70.48 
 
 		 230 aa  310  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4254  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 216 aa  308  4e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0458  GTP cyclohydrolase I  69.52 
 
 		 214 aa  308  4e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0467391  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3486  GTP cyclohydrolase I  69.19 
 
 		 214 aa  308  5e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3834  GTP cyclohydrolase I  69.52 
 
 		 216 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0380  GTP cyclohydrolase I  67.61 
 
 		 219 aa  305  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000683928 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3602  GTP cyclohydrolase I  69.05 
 
 		 216 aa  304  6e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3775  GTP cyclohydrolase I  69.05 
 
 		 216 aa  304  6e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.86022 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0354  GTP cyclohydrolase I  69.05 
 
 		 216 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0322  GTP cyclohydrolase I  70 
 
 		 216 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0321  GTP cyclohydrolase I  69.52 
 
 		 217 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02082  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228252  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1505  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02041  hypothetical protein  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.205869  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2449  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1495  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2300  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.014502 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0813  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2287  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3287  GTP cyclohydrolase I  69.34 
 
 		 222 aa  295  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2470  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2568  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3014  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228937 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1560  GTP cyclohydrolase I  69.05 
 
 		 221 aa  293  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2405  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 222 aa  291  5e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.626916  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00675  GTP cyclohydrolase I  63.76 
 
 		 227 aa  291  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2432  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 222 aa  291  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.363143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2428  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 222 aa  291  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.821616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2339  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 222 aa  291  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2384  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 222 aa  291  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2542  GTP cyclohydrolase I  68.4 
 
 		 222 aa  291  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  normal  0.157886 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2753  GTP cyclohydrolase I  67.92 
 
 		 222 aa  291  8e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1670  GTP cyclohydrolase I  67.45 
 
 		 220 aa  271  6e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.731499  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1941  GTP cyclohydrolase I  68.1 
 
 		 220 aa  271  7e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0853389  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0910  GTP cyclohydrolase I  59.43 
 
 		 218 aa  271  7e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.834078  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2306  GTP cyclohydrolase I  68.1 
 
 		 222 aa  270  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0394  GTP cyclohydrolase I  62.74 
 
 		 220 aa  266  2e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.457978  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1933  GTP cyclohydrolase I  68.08 
 
 		 217 aa  265  2.9999999999999995e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669415  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2270  GTP cyclohydrolase I  53.76 
 
 		 223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759649  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0468  GTP cyclohydrolase I  52.02 
 
 		 214 aa  199  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00942975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1059  GTP cyclohydrolase  52.28 
 
 		 239 aa  198  5e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.479491 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00785  GTP cyclohydrolase I  52.31 
 
 		 225 aa  192  4e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1006  GTP cyclohydrolase I  50.5 
 
 		 241 aa  191  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.53094 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0955  GTP cyclohydrolase  50.25 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.14078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1333  GTP cyclohydrolase I  48.98 
 
 		 227 aa  185  5e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848552 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0055  GTP cyclohydrolase I  50.27 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4850  GTP cyclohydrolase  43.86 
 
 		 218 aa  144  9e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1014  GTP cyclohydrolase I  39.78 
 
 		 189 aa  137  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2639  GTP cyclohydrolase I  42.2 
 
 		 211 aa  136  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0530307  normal  0.512289 
 
 
-
 
NC_002936  DET1204  GTP cyclohydrolase I  39.78 
 
 		 189 aa  135  5e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0748  GTP cyclohydrolase I  38.54 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_987  GTP cyclohydrolase I  39.78 
 
 		 189 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1665  GTP cyclohydrolase  41.67 
 
 		 212 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.109192 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13641  GTP cyclohydrolase I  42.78 
 
 		 202 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012115 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3643  GTP cyclohydrolase I  41.82 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0117786  normal  0.0659308 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0408  GTP cyclohydrolase  41.34 
 
 		 185 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.503604  normal  0.0142935 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0594  GTP cyclohydrolase I  41.99 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0811  GTP cyclohydrolase I  40.66 
 
 		 188 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000676289  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1278  GTP cyclohydrolase I  39.13 
 
 		 192 aa  129  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00712716  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3354  GTP cyclohydrolase  40.12 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2980  GTP cyclohydrolase I  40.11 
 
 		 185 aa  129  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000239263  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11630  GTP cyclohydrolase I  43.1 
 
 		 198 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_34960  GTP cyclohydrolase I (GTP-CH-I)  38.42 
 
 		 270 aa  128  5.0000000000000004e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1758  GTP cyclohydrolase I  41.52 
 
 		 187 aa  128  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4504  GTP cyclohydrolase I  40.11 
 
 		 210 aa  128  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12810  GTP cyclohydrolase I  38.89 
 
 		 188 aa  128  8.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.106699  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2960  GTP cyclohydrolase  37.43 
 
 		 206 aa  128  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666668 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1233  GTP cyclohydrolase I  38.89 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5371  GTP cyclohydrolase I  41.99 
 
 		 202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021481 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0859  GTP cyclohydrolase I  36.84 
 
 		 219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.765891  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0976  GTP cyclohydrolase I  38.02 
 
 		 219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.49412  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2203  GTP cyclohydrolase I  40.66 
 
 		 187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128412  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9174  GTP cyclohydrolase I  40 
 
 		 193 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1417  GTP cyclohydrolase I  41.44 
 
 		 202 aa  125  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0939042  normal  0.395983 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1363  GTP cyclohydrolase I  40.56 
 
 		 188 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.0760374 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0445  GTP cyclohydrolase I  39.44 
 
 		 205 aa  125  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0553  GTP cyclohydrolase I  39.23 
 
 		 188 aa  124  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0205  GTP cyclohydrolase I  40 
 
 		 200 aa  124  8.000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.224052 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2986  GTP cyclohydrolase I  40.56 
 
 		 202 aa  124  9e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.472949  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1431  GTP cyclohydrolase I  38.62 
 
 		 181 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.33903  normal  0.426591 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5155  GTP cyclohydrolase I  39.66 
 
 		 201 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.780248 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1850  GTP cyclohydrolase I  40.59 
 
 		 199 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892033  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4769  GTP cyclohydrolase I  39.66 
 
 		 201 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1299  GTP cyclohydrolase  38.92 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4855  GTP cyclohydrolase I  39.66 
 
 		 201 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8425  GTP cyclohydrolase I  40.88 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0859  GTP cyclohydrolase I  40.8 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.323599 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7919  GTP cyclohydrolase I  39.44 
 
 		 202 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.907663  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24880  GTP cyclohydrolase I  41.9 
 
 		 194 aa  123  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6827  GTP cyclohydrolase I  38.67 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>