More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0380 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0380  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 		 219 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000683928 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4566  GTP cyclohydrolase I  92.69 
 
 		 219 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235543 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3842  GTP cyclohydrolase I  92.24 
 
 		 219 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3486  GTP cyclohydrolase I  88.21 
 
 		 214 aa  380  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0458  GTP cyclohydrolase I  88.57 
 
 		 214 aa  374  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0467391  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0372  GTP cyclohydrolase I  88.57 
 
 		 216 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0371  GTP cyclohydrolase I  88.57 
 
 		 216 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0397  GTP cyclohydrolase I  88.57 
 
 		 216 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000172091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0383  GTP cyclohydrolase I  88.57 
 
 		 216 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0244609 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0322  GTP cyclohydrolase I  89.05 
 
 		 216 aa  374  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4254  GTP cyclohydrolase I  87.62 
 
 		 216 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3602  GTP cyclohydrolase I  85.78 
 
 		 216 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0354  GTP cyclohydrolase I  85.78 
 
 		 216 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3775  GTP cyclohydrolase I  85.78 
 
 		 216 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.86022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3834  GTP cyclohydrolase I  86.67 
 
 		 216 aa  361  4e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0321  GTP cyclohydrolase I  85.24 
 
 		 217 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0558  GTP cyclohydrolase I  79.52 
 
 		 230 aa  350  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06235  GTP cyclohydrolase I  78.1 
 
 		 217 aa  349  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000481  GTP cyclohydrolase I type 1  78.1 
 
 		 217 aa  348  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582087  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3162  GTP cyclohydrolase I  67.61 
 
 		 222 aa  317  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2470  GTP cyclohydrolase I  72.38 
 
 		 220 aa  312  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2568  GTP cyclohydrolase I  72.38 
 
 		 220 aa  312  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3014  GTP cyclohydrolase I  72.38 
 
 		 220 aa  312  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228937 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2405  GTP cyclohydrolase I  70.75 
 
 		 222 aa  305  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.626916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3286  GTP cyclohydrolase I  68.25 
 
 		 227 aa  303  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1560  GTP cyclohydrolase I  70.95 
 
 		 221 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2753  GTP cyclohydrolase I  71.23 
 
 		 222 aa  298  4e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02082  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228252  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1505  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1495  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2449  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2287  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3287  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2300  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.014502 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0813  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02041  hypothetical protein  69.81 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.205869  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2542  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  294  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  normal  0.157886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2432  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  294  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.363143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2384  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  294  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2428  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  294  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.821616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2339  GTP cyclohydrolase I  69.81 
 
 		 222 aa  294  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1933  GTP cyclohydrolase I  76.89 
 
 		 217 aa  292  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669415  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00675  GTP cyclohydrolase I  62.91 
 
 		 227 aa  284  5.999999999999999e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1941  GTP cyclohydrolase I  70.75 
 
 		 220 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0853389  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2306  GTP cyclohydrolase I  71.23 
 
 		 222 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1670  GTP cyclohydrolase I  71.43 
 
 		 220 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.731499  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0910  GTP cyclohydrolase I  60.66 
 
 		 218 aa  280  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.834078  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0394  GTP cyclohydrolase I  64.32 
 
 		 220 aa  272  3e-72  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.457978  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0468  GTP cyclohydrolase I  50.25 
 
 		 214 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00942975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1059  GTP cyclohydrolase  52.24 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.479491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1006  GTP cyclohydrolase I  52.04 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.53094 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0955  GTP cyclohydrolase  50 
 
 		 229 aa  194  9e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.14078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1333  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 227 aa  191  5e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848552 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0055  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 223 aa  191  6e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00785  GTP cyclohydrolase I  49.23 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2270  GTP cyclohydrolase I  48.39 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759649  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2639  GTP cyclohydrolase I  39.6 
 
 		 211 aa  148  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0530307  normal  0.512289 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4850  GTP cyclohydrolase  42.94 
 
 		 218 aa  148  7e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1048  GTP cyclohydrolase I  45 
 
 		 187 aa  147  9e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11630  GTP cyclohydrolase I  45.9 
 
 		 198 aa  146  3e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0748  GTP cyclohydrolase I  38.05 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2980  GTP cyclohydrolase I  44.13 
 
 		 185 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000239263  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0594  GTP cyclohydrolase I  42.93 
 
 		 190 aa  143  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0205  GTP cyclohydrolase I  43.58 
 
 		 200 aa  143  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.224052 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6827  GTP cyclohydrolase I  40.66 
 
 		 211 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1233  GTP cyclohydrolase I  43.96 
 
 		 186 aa  142  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0408  GTP cyclohydrolase  42.22 
 
 		 185 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.503604  normal  0.0142935 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1758  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 		 187 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2960  GTP cyclohydrolase  36.81 
 
 		 206 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666668 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1665  GTP cyclohydrolase  41.42 
 
 		 212 aa  138  6e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.109192 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1014  GTP cyclohydrolase I  38.55 
 
 		 189 aa  138  6e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0811  GTP cyclohydrolase I  41.99 
 
 		 188 aa  138  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000676289  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0043  GTP cyclohydrolase I  40.11 
 
 		 258 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3643  GTP cyclohydrolase I  42.42 
 
 		 226 aa  137  8.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0117786  normal  0.0659308 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4454  GTP cyclohydrolase I  36.13 
 
 		 209 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.402948 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0051  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_34960  GTP cyclohydrolase I (GTP-CH-I)  40.31 
 
 		 270 aa  137  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0043  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1549  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1480  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.668242  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0053  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1197  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.980634  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1204  GTP cyclohydrolase I  37.99 
 
 		 189 aa  136  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3872  GTP cyclohydrolase I  37.5 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276085  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4971  GTP cyclohydrolase I  42.31 
 
 		 199 aa  136  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.853969 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0064  GTP cyclohydrolase I  39.56 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.262666  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3248  GTP cyclohydrolase I  37.16 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.182392  normal  0.472848 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0121  GTP cyclohydrolase I  43.78 
 
 		 189 aa  137  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.952569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1408  GTP cyclohydrolase I  40.33 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0190569  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0445  GTP cyclohydrolase I  42.7 
 
 		 205 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4310  GTP cyclohydrolase I  37.7 
 
 		 212 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.208107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2184  GTP cyclohydrolase I  37.16 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0182088 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_987  GTP cyclohydrolase I  37.99 
 
 		 189 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2660  GTP cyclohydrolase I  37.16 
 
 		 212 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00979899  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4480  GTP cyclohydrolase I  37.7 
 
 		 211 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2399  GTP cyclohydrolase I  38.33 
 
 		 205 aa  136  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1694  GTP cyclohydrolase I  42.39 
 
 		 195 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2103  GTP cyclohydrolase I  42.54 
 
 		 200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4006  GTP cyclohydrolase I  37.63 
 
 		 203 aa  135  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.580102  normal  0.063729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3114  GTP cyclohydrolase I  36.61 
 
 		 234 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.942606  normal  0.532138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>