More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3872 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3872  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 		 229 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276085  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2184  GTP cyclohydrolase I  89.08 
 
 		 229 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0182088 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3248  GTP cyclohydrolase I  88.65 
 
 		 229 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.182392  normal  0.472848 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3114  GTP cyclohydrolase I  82.33 
 
 		 234 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.942606  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1657  GTP cyclohydrolase I  79.31 
 
 		 234 aa  391  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5183  GTP cyclohydrolase I  79.04 
 
 		 232 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.58549  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1329  GTP cyclohydrolase I  74.79 
 
 		 241 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1649  GTP cyclohydrolase I  70.47 
 
 		 242 aa  291  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.993885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1004  GTP cyclohydrolase I  59.24 
 
 		 222 aa  258  7e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0356  GTP cyclohydrolase I  64.55 
 
 		 213 aa  255  3e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0218515 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1041  GTP cyclohydrolase I  61.83 
 
 		 213 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.25698  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1576  GTP cyclohydrolase I  61.66 
 
 		 213 aa  253  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.191303  normal  0.0635518 
 
 
-
 
NC_004310  BR1075  GTP cyclohydrolase I  61.29 
 
 		 213 aa  252  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.76008  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4639  GTP cyclohydrolase I  58.69 
 
 		 272 aa  251  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7173  GTP cyclohydrolase I  61.7 
 
 		 219 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.418482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6320  GTP cyclohydrolase I  61.17 
 
 		 219 aa  248  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0252905  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2222  GTP cyclohydrolase I  54.87 
 
 		 269 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0899114 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1849  GTP cyclohydrolase I  63.35 
 
 		 204 aa  241  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.254954  normal  0.0136517 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2540  GTP cyclohydrolase I  53.54 
 
 		 269 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.131431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2265  GTP cyclohydrolase I  53.54 
 
 		 269 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254544  normal  0.204953 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2664  GTP cyclohydrolase I  54.82 
 
 		 222 aa  238  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0491858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2158  GTP cyclohydrolase I  60.75 
 
 		 213 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284755  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2049  GTP cyclohydrolase I  61.78 
 
 		 204 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1049  GTP cyclohydrolase I  62.9 
 
 		 205 aa  234  9e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.399467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2207  GTP cyclohydrolase I  57.73 
 
 		 201 aa  231  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137028  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2660  GTP cyclohydrolase I  53.17 
 
 		 212 aa  231  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00979899  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4454  GTP cyclohydrolase I  56.08 
 
 		 209 aa  230  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.402948 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1238  GTP cyclohydrolase I  57.53 
 
 		 205 aa  228  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4310  GTP cyclohydrolase I  55.56 
 
 		 212 aa  228  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.208107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0641  GTP cyclohydrolase  55.56 
 
 		 212 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104084 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0043  GTP cyclohydrolase I  56.22 
 
 		 258 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0064  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 236 aa  223  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.262666  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4530  GTP cyclohydrolase I  54.12 
 
 		 213 aa  223  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0043  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 242 aa  223  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0242  GTP cyclohydrolase I  54.4 
 
 		 206 aa  224  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.850043 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1549  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0053  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0051  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1480  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.668242  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1197  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.980634  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0271  GTP cyclohydrolase I  55.68 
 
 		 234 aa  222  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3155  GTP cyclohydrolase I  54.21 
 
 		 209 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5014  GTP cyclohydrolase I  54.21 
 
 		 209 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0644  GTP cyclohydrolase I  52.72 
 
 		 206 aa  221  7e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.343443  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5291  GTP cyclohydrolase I  53.16 
 
 		 209 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.797621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3132  GTP cyclohydrolase I  53.16 
 
 		 210 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5116  GTP cyclohydrolase I  53.16 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19568  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5743  GTP cyclohydrolase I  53.16 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0917084  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3739  GTP cyclohydrolase I  53.76 
 
 		 190 aa  219  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4480  GTP cyclohydrolase I  52.63 
 
 		 211 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6827  GTP cyclohydrolase I  54.59 
 
 		 211 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2399  GTP cyclohydrolase I  51 
 
 		 205 aa  218  7e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0990  GTP cyclohydrolase I  52.46 
 
 		 203 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2960  GTP cyclohydrolase  52.66 
 
 		 206 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666668 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0871  GTP cyclohydrolase I  51.37 
 
 		 203 aa  211  1e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4006  GTP cyclohydrolase I  49.73 
 
 		 203 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.580102  normal  0.063729 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03535  GTP cyclohydrolase I  51.37 
 
 		 190 aa  206  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1832  GTP cyclohydrolase  54.89 
 
 		 210 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1597  GTP cyclohydrolase I  49.26 
 
 		 213 aa  199  3e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.473501 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4064  GTP cyclohydrolase I  51.11 
 
 		 197 aa  196  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.999809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0617  GTP cyclohydrolase I  54.89 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0939  GTP cyclohydrolase I  48.98 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0912  GTP cyclohydrolase I  48.98 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2156  GTP cyclohydrolase I  54.17 
 
 		 193 aa  193  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3350  GTP cyclohydrolase I  51.67 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0372  GTP cyclohydrolase I  49.72 
 
 		 223 aa  191  6e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.884596  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0890  GTP cyclohydrolase I  47.83 
 
 		 214 aa  191  9e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.273347  normal  0.916518 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0864  GTP cyclohydrolase I  47.83 
 
 		 214 aa  191  9e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0301  GTP cyclohydrolase I  45.98 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000150261  normal  0.11188 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0582  GTP cyclohydrolase  51.69 
 
 		 206 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.931041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2103  GTP cyclohydrolase I  53.59 
 
 		 200 aa  188  5e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1230  GTP cyclohydrolase  49.72 
 
 		 211 aa  188  7e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0748  GTP cyclohydrolase I  50.25 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3446  GTP cyclohydrolase I  52.36 
 
 		 194 aa  187  1e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0793851  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3367  GTP cyclohydrolase I  47.69 
 
 		 235 aa  187  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501269  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0859  GTP cyclohydrolase I  47.8 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.323599 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2537  GTP cyclohydrolase I  47.18 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2007  GTP cyclohydrolase  47.83 
 
 		 204 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.39333  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3847  GTP cyclohydrolase I  50.81 
 
 		 218 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0402  GTP cyclohydrolase I  49.19 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.160762  normal  0.817545 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0859  GTP cyclohydrolase I  50.28 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.765891  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0705  GTP cyclohydrolase I  50.56 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0206  GTP cyclohydrolase I  50.57 
 
 		 202 aa  186  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01250  GTP cyclohydrolase I  49.25 
 
 		 206 aa  186  4e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0976  GTP cyclohydrolase I  45.19 
 
 		 219 aa  185  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.49412  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0445  GTP cyclohydrolase I  51.08 
 
 		 205 aa  185  5e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0187  GTP cyclohydrolase I  50.56 
 
 		 190 aa  185  6e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1949  GTP cyclohydrolase I  44.71 
 
 		 216 aa  185  6e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.414952 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4616  GTP cyclohydrolase I  49.21 
 
 		 212 aa  185  6e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0762321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0297  GTP cyclohydrolase I  52.85 
 
 		 257 aa  185  7e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.172833 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32080  GTP cyclohydrolase I  47.85 
 
 		 219 aa  184  7e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0204  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 190 aa  184  9e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1116  GTP cyclohydrolase I  46.77 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0315  GTP cyclohydrolase I  52.33 
 
 		 214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0225  GTP cyclohydrolase I  49.44 
 
 		 190 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0969  GTP cyclohydrolase  48.11 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0257975  normal  0.517316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8425  GTP cyclohydrolase I  49.76 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4504  GTP cyclohydrolase I  51.37 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2986  GTP cyclohydrolase I  51.91 
 
 		 202 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.472949  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3635  GTP cyclohydrolase  49.72 
 
 		 192 aa  182  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>