More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0055 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0055  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 		 223 aa  464  9.999999999999999e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2270  GTP cyclohydrolase I  75.81 
 
 		 223 aa  358  5e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759649  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00785  GTP cyclohydrolase I  76.89 
 
 		 225 aa  349  2e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1059  GTP cyclohydrolase  59.53 
 
 		 239 aa  283  1.0000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.479491 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0955  GTP cyclohydrolase  59.26 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.14078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0468  GTP cyclohydrolase I  60.29 
 
 		 214 aa  280  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00942975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1333  GTP cyclohydrolase I  59.43 
 
 		 227 aa  276  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848552 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1006  GTP cyclohydrolase I  59.33 
 
 		 241 aa  274  7e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.53094 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000481  GTP cyclohydrolase I type 1  52.58 
 
 		 217 aa  198  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582087  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06235  GTP cyclohydrolase I  51.01 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0558  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2470  GTP cyclohydrolase I  45.58 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2568  GTP cyclohydrolase I  45.58 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3014  GTP cyclohydrolase I  45.58 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0380  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000683928 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0910  GTP cyclohydrolase I  48.89 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.834078  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0321  GTP cyclohydrolase I  50.54 
 
 		 217 aa  180  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00675  GTP cyclohydrolase I  46.39 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3162  GTP cyclohydrolase I  50.27 
 
 		 222 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0322  GTP cyclohydrolase I  51.35 
 
 		 216 aa  180  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2432  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.363143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2384  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2542  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  normal  0.157886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2428  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.821616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2339  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2753  GTP cyclohydrolase I  43.26 
 
 		 222 aa  178  7e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4566  GTP cyclohydrolase I  48.97 
 
 		 219 aa  177  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235543 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02082  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228252  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1505  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2449  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2300  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.014502 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02041  hypothetical protein  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.205869  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0813  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3287  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2287  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1495  GTP cyclohydrolase I  44.19 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3834  GTP cyclohydrolase I  50.27 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3602  GTP cyclohydrolase I  46.97 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0354  GTP cyclohydrolase I  46.97 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3775  GTP cyclohydrolase I  46.97 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.86022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2405  GTP cyclohydrolase I  47.98 
 
 		 222 aa  175  5e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.626916  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0458  GTP cyclohydrolase I  47.42 
 
 		 214 aa  175  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0467391  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3842  GTP cyclohydrolase I  50.85 
 
 		 219 aa  175  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1560  GTP cyclohydrolase I  47.47 
 
 		 221 aa  175  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3286  GTP cyclohydrolase I  48.11 
 
 		 227 aa  174  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0372  GTP cyclohydrolase I  46.91 
 
 		 216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0383  GTP cyclohydrolase I  46.91 
 
 		 216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0244609 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0397  GTP cyclohydrolase I  46.91 
 
 		 216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000172091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0371  GTP cyclohydrolase I  46.91 
 
 		 216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4254  GTP cyclohydrolase I  46.91 
 
 		 216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3486  GTP cyclohydrolase I  49.19 
 
 		 214 aa  172  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0394  GTP cyclohydrolase I  48.6 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.457978  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1665  GTP cyclohydrolase  44.12 
 
 		 212 aa  155  4e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.109192 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2306  GTP cyclohydrolase I  47.98 
 
 		 222 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1670  GTP cyclohydrolase I  46.73 
 
 		 220 aa  154  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.731499  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1941  GTP cyclohydrolase I  46.73 
 
 		 220 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0853389  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1933  GTP cyclohydrolase I  47.03 
 
 		 217 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669415  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1694  GTP cyclohydrolase I  42.55 
 
 		 195 aa  151  5.9999999999999996e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2639  GTP cyclohydrolase I  43.2 
 
 		 211 aa  150  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0530307  normal  0.512289 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0553  GTP cyclohydrolase I  45.9 
 
 		 188 aa  148  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2744  GTP cyclohydrolase I  44.26 
 
 		 181 aa  147  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0752455  normal  0.719118 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0205  GTP cyclohydrolase I  44.02 
 
 		 200 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.224052 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1048  GTP cyclohydrolase I  43.89 
 
 		 187 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2035  GTP cyclohydrolase I  42.11 
 
 		 181 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42850  GTP cyclohydrolase I  43.89 
 
 		 181 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1949  GTP cyclohydrolase I  39.71 
 
 		 216 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.414952 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3598  GTP cyclohydrolase I  43.89 
 
 		 181 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.812952  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1075  GTP cyclohydrolase I  43.24 
 
 		 213 aa  145  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.76008  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0859  GTP cyclohydrolase I  40.93 
 
 		 219 aa  145  5e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.765891  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0977  GTP cyclohydrolase I  43 
 
 		 207 aa  145  6e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.901691  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0703  GTP cyclohydrolase I  41.53 
 
 		 200 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.659577 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2117  GTP cyclohydrolase I  40.98 
 
 		 203 aa  144  8.000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1041  GTP cyclohydrolase I  42.7 
 
 		 213 aa  144  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.25698  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01250  GTP cyclohydrolase I  42.08 
 
 		 206 aa  144  9e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3847  GTP cyclohydrolase I  42.71 
 
 		 218 aa  144  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6956  GTP cyclohydrolase I  41.24 
 
 		 195 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.837765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12810  GTP cyclohydrolase I  43.65 
 
 		 188 aa  144  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.106699  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4850  GTP cyclohydrolase  39.31 
 
 		 218 aa  144  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0990  GTP cyclohydrolase I  40.86 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0315  GTP cyclohydrolase I  40.95 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2208  GTP cyclohydrolase  41.99 
 
 		 199 aa  143  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0579312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0859  GTP cyclohydrolase I  42.78 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.323599 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0041  GTP cyclohydrolase I  42.27 
 
 		 194 aa  142  3e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1014  GTP cyclohydrolase I  42.93 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1715  GTP cyclohydrolase I  43.72 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4616  GTP cyclohydrolase I  42.71 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0762321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1299  GTP cyclohydrolase  43.33 
 
 		 185 aa  142  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0152  GTP cyclohydrolase  41.63 
 
 		 214 aa  142  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1845  GTP cyclohydrolase I  41.58 
 
 		 181 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.350099 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0890  GTP cyclohydrolase I  41.8 
 
 		 214 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.273347  normal  0.916518 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0864  GTP cyclohydrolase I  41.8 
 
 		 214 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0131  GTP cyclohydrolase I  41.67 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2986  GTP cyclohydrolase I  41.53 
 
 		 202 aa  142  5e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.472949  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4149  GTP cyclohydrolase I  43.72 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0266568 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1496  GTP cyclohydrolase I  40.54 
 
 		 190 aa  142  6e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0871  GTP cyclohydrolase I  40.86 
 
 		 203 aa  142  6e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2103  GTP cyclohydrolase I  42.13 
 
 		 200 aa  141  7e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5371  GTP cyclohydrolase I  44.81 
 
 		 202 aa  141  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021481 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0408  GTP cyclohydrolase  42.86 
 
 		 185 aa  141  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.503604  normal  0.0142935 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0560  GTP cyclohydrolase I  46.33 
 
 		 198 aa  141  8e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>